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Citation Sensor

Entrez系统扩展组件更有利于检索

Entrez系统增加新特征

在2009年3月4月份的NCBI NEWS 分别有提到了Entrez系统新的一些特征面貌。此次改版后,在文献和序列数据库,栓索的结果增加了一些相关的和可能感兴趣的链接,更加有利于用户的检索,更容易搜到期望的结果。

这些新的扩展组件叫做discovery components,主要有三种类别:Sensors, Database Ads, 和Analysis Tools

Sensors组件在搜索的同时提供一种潜在的更加相关的结果以供选择。对PubMed数据库而言,Citation Sensor是当用户在PubMed数据库搜索文献时显示的;Accession Sensor是用户在PubMed数据库搜索序列数据库相关的数据库显示的,提供在序列数据库的搜索结果;还有一个Hot Topic Sensor,也是在PubMed数据库栓索结果中显示的,例如最近显示是有关H1N1的一些信息。这个是经常改变的,以当前的热门话题为参考。Gene Sensor,精确匹配和显示Gene数据库的结果,开始只在PubMed数据库试用,现在protein 和 nucleotide 数据库一样支持。 阅读更多

NCBI Entrez系统简介

Entrez是面向生物学家的数据库查询系统,其特点之一是使用十分方便。它把序列、结构、文献、基因组、系统分类等不同类型的数据库有机地结合在一起,通过超文本链接,用户可以从一个数据库直接转入另一个数据库。

NCBI所有数据库
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/gquery 阅读更多

primer-blast

Primer-BLAST:NCBI的引物设计和特异性检验工具

Primer-BLAST介绍

Primer-BLAST,在线设计用于聚合酶链反应(PCR)的特异性寡核苷酸引物。Primer-BLAST可以直接从Blast主页(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)找到,或是直接用下面的链接进入:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ 阅读更多

NCBI服务器维护的紧急通知

NCBI服务器维护的紧急通知

NCBI将于美国东部时间(EDT时区)2009/06/11,星期四5:20 AM 到 6:00 AM 之间进行服务器维护。届时,NCBI的用户将受到影响。

有问题请联系:info@ncbi.nlm.nih.gov

换算成北京时间是:2009/06/11,星期四5:20 PM 到 6:00 PM 阅读更多

NCBI新的数据库和工具(2009年05月)

NCBI News, May 2009

H1N1流感资源

流感病毒最新数据和序列的页面:www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/SwineFlu.html
PubMed里关于流感的最新文献:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=swine+AND+(flu+OR+influenza+OR+h1n1)+AND+%22last+1+year%22%5bedat%5d 阅读更多

COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具)

COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具)

COBALT is a multiple sequence alignment tool that finds a collection of pairwise constraints derived from conserved domain database, protein motif database, and sequence similarity, using RPS-BLAST, BLASTP, and PHI-BLAST.
Pairwise constraints are then incorporated into a progressive multiple alignment.

COBALT是一个蛋白的多序列比对工具,其实用法跟ClustalW是很像的。算法应该是不一样的。在我看来,COBALT是应该更加精确的。因为COBALT在多序列比对的同时,也用到RPS-BLAST, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具,并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。最后比对的结果可以生成系统进化树。COBALT算是NCBI在线Blast功能的一个的延伸。 阅读更多

精选资料:2009 H1N1流感病毒序列

精选资料:2009 H1N1流感病毒序列

柳城博客:本文翻译自NCBI News, May 2009)2009年全球H1N1流感突然爆发,NCBI作为流感病毒序列的储存库,一直为加快序列的发布作出最大的努力。现在,你可以取到最新的H1N1流感病毒的序列,并且在一个专门为H1N1流感病毒设计的页面中找到最新的信息。 阅读更多

NCBI在线blast数据库的简要说明

Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库

nr
All non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF
所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库 阅读更多