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【生物信息学教程】3:序列比对和数据库搜索

3 序列比对数据库搜索

比较是科学研究中最常见的方法,通过将研究对象相互比较来寻找对象可能具备的特性。在生物信息学研究中,比对是最常用和最经典的研究手段。

最常见的比对是蛋白质序列之间或核酸序列之间的两两比对,通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点,寻找二者可能的分子进化关系。进一步的比对是将多个蛋白质或核酸同时进行比较,寻找这些有进化关系的序列之间共同的保守区域、位点和profile,从而探索导致它们产生共同功能的序列模式。此外,还可以把蛋白质序列与核酸序列相比来探索核酸序列可能的表达框架;把蛋白质序列与具有三维结构信息的蛋白质相比,从而获得蛋白质折叠类型的信息。

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phylip软件包建进化树

1. 打开ClustalX软件(对序列进行比对),点击“文件”→“载入序列”;点击“比对” →“输出格式选项” →“phylip格式”前打勾;点击“比对” →“完全比对”;比对完成后,关闭程序,并将生成的带.phy后缀的文件拷贝至phylip软件包的“exe”文件夹下。 阅读更多

dnaman

LIUCHENG.NAME教程:如何把clusterX的结果转为漂亮的图片

序列比对在分子生物学中是一个基本方法,用来发现特征序列,进行蛋白分类,证明序列间的同源性,帮助预测新序列二级结构与三级结构,确定PCR引物,以及在分子进化分析方面均有很大帮助,Clustal W(Dos版本)很适合这些方面的要求,Clustal X是window版本。 阅读更多