两个在线基因预测工具Glimmer和ORF Finder比较

ORF Finder和Glimmer两个都是基因预测的NCBI在线工具:

ORF Finder的主页是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/，

Glimmer在线的主页是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi

关于ORF Finder的详细介绍看：ORF Finder使用说明及基因预测
关于Glimmer的详细介绍看： 微生物基因组注释和基因预测工具:Glimmer

Glimmer和ORF Finder比较

1,用大肠杆菌的一个序列(Escherichia coli) : FJ598057

结果:

Glimmer为0

ORF Finder为6（其中一个是准确的，与NCBI原基因的注释一样） 

2, 用A型流感病毒(Influenza A virus): CY046940

结果:

Glimmer为0

ORF Finder为9（其中一个是准确的，与NCBI原基因的注释一样）

3, 大肠杆菌的全基因组序列Escherichia coli plasmid pColE8, complete sequence : NC_012882（5个基因）

结果:

Glimmer为 4/5 (预测5个中有4个正确)

ORF Finder为 4/结果较多 (其中也是有4个正确) 

总结

1，Glimmer的预测比较严格。ORF Finder的干扰结果较多，但都比较容易区分。

2，Glimmer适合微生物基因组的基因预测。ORF Finder任何DNA序列都可以。

3，除去Glimmer的限制条件，两个工具预测的准确度都挺高。

总的来说，ORF Finder还是好用好多，这是对在线而来的。如果需要对单个序列的基因预测，当然是推荐ORF Finder。当然Glimmer还有批量的功能。这里所说是在线的功能哦。