BlastN/MegaBlast/Discontiguous MegaBlast 的区别

三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法。

简单而言

BlastN : 应该是出现较早的算法。比对的速度慢，但允许更短序列的比对（如短到7个碱基的序列）。

MEGABLAST : 主要用来鉴定一段新的核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。 速度快。同一物种间的。

Discontiguous MEGABLAST : 灵敏度（sensitivity）更高，用于更精确的比对。主要用于跨物种之间的同源比对。

详细解释

1，MEGABLAST 常被用于鉴定核酸序列

MEGABLAST is the tool of choice to identify a nucleotide sequence.

MegaBLAST也是一种BLASTN程序，不过它主要是用来在非常相似的序列之间（来自同一物种）比对同源性的。

鉴定某一段核酸序列是否存在于数据库，最好的方法是选择MEGABLAST。如果比对到的序列在数据库中注释完整的话，那该序列丰富的注释可以当作新序列的参考。当然，BlastN/MEGABLAST/Discontiguous MEGABLAST，都可以完成这种事情。但MEGABLAST就是特别设计用于非常相似序列之间的比对，可用于寻找查询序列的最佳匹配的序列。
2，Discontiguous MEGABLAST 更好地用于查找不同物种的相似的核酸序列，而不是与查询序列相同（identical）物种的。

Discontiguous MEGABLAST is better at finding nucleotide sequences similar, but not identical, to your nucleotide query.

Discontiguous MEGABLAST，用于跨物种核酸序列快速比对。它使用非重叠群字段匹配算法（noncontiguous word match）来进行核酸比对。Discontiguous MegaBLAST比blastx等翻译后比对要快得多，同时它在比较编码区时也具有相当高的敏感度。

但是需要指出的是，核酸与核酸之间的比对并不是发现同源蛋白编码区域的最佳方法，直接在蛋白水平用Blastp比对更好。这是因为密码子的简并性。(Lc.注：翻译得有些拗口，多多见谅！)

Discontiguous MEGABLAST详细介绍：www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/discontiguous.html

原文：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/producttable.shtml#tab31