Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍


Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。

1,Blastp: 标准的蛋白序列与蛋白序列之间的比对

Standard protein BLAST is designed for protein searches.

Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样,目的是要找到相似的区域。

2,PSI-BLAST : 敏感度更高的蛋白序列与蛋白序列之间的比对

PSI-BLAST is designed for more sensitive protein-protein similarity searches.

Position-Specific Iterated (PSI)-BLAST,是一种更加高灵敏的Blastp程序,对于发现远亲物种的相似蛋白或某个蛋白家族的新成员非常有效。当你使用标准的Blastp比对失败时,或比对的结果仅仅是一些假基因或推测的基因序列时(”hypothetical protein” or “similar to…”),你可以选择PSI-BLAST重新试试。

3,PHI-BLAST : 模式发现迭代BLAST

PHI-BLAST can do a restricted protein pattern search.

PHI-BLAST, 模式发现迭代BLAST, 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。仅仅找出那些查询序列中含有的特殊模式的对齐。

PHI的语法详细介绍看这里:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/html/PHIsyntax.html (不过,不是太明白)

Lc.注:翻译得不好,请多多见谅。


4条回应:“Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍”

  1. 没留心看,就在BLASTp打开后的Program Selection选项里。 [撇嘴]