NCBI查找基因序列:酵母菌的细胞色素C与异柠檬酸裂解酶

又是一个NCBI查找基因序列的实例分析。虽然我已经写过很多篇了，不过，这方面的需求还是挺大的。其实只要去google一下，就能找到我以前写的文章，看一看就会了。

一般而言，大多数人的问题是：在NCBI上面总是出来太多结果，无法筛选。

这次的NCBI查找基因序列的例子

菌名：酵母菌 (yeast、Saccharomyces cerevisiae)
基因：细胞色素C (Cytochrome C)、异柠檬酸裂解酶  (isocitrate lyase)

大概的思路

1，先确定英文名。上面已列出。不对的话请自行改正。呵呵。

2，打开NCBI，用yeast关键词在Taxonomy数据库搜索。得出yeast（其实是 baker’s yeast ）的拉丁文是Saccharomyces cerevisiae，并且有一个问题需注意，酵母菌下还是有一些种的。这个在后面继续会提到。再得出酵母菌的txid=4932。看下图：

酵母菌 (yeast、Saccharomyces cerevisiae)

2，知道了酵母菌的txid=4932后，接下来就好办了。

关键词：txid4932[Organism:noexp] 数据库：Protein 结果数为36,451

关键词：txid4932[Organism:exp] 数据库：Protein 结果数为64,448

第二个关键词是包含了酵母菌下的所有种，所以数量多些。至少这个的具体分析，请去找以前的文章吧。

3，上面已经定位到了酵母菌下的所有蛋白的基因了。上面如果要找核酸的，把数据库选择为Nucleotide就行了。接下来就是定位到基因某个基因了。

关键词：txid4932[Organism:noexp] “isocitrate lyase” 数据库：Protein 结果为11

关键词：txid4932[Organism:noexp] “Cytochrome C” 数据库：Protein 结果为616

异柠檬酸裂解酶 (isocitrate lyase) 的结果为11，那这11个基本就是的了。细胞色素C (Cytochrome C)的结果就偏多了，不大紧。接下来再选择属于Refseq（NCBI的参考序列）的。NCBI的参考序列都是经过专家注释过的，可信度较高。所以细胞色素C (Cytochrome C)的结果就只有48个了。看下图；