如何确定基因的内含子和外显子序列及基因结构图

这标题最长。哈哈。好吧,进入正题。

问题如下:

我想在NCBI上找猪KIT(FJ938289)基因的结构图以及其内含子外显子的序列?

基因的内含子外显子的序列

在NCBI找到基因序列之后,要确定其内含子和外显子的序列是比较简单的。如果是Refseq序列的话,那就更加容易了。简单的思路就是跟基因组序列比对就行了。

% 用NCBI的Splign工具,详见:图解:如何在NCBI上找到HNF-4基因第4个外显子的序列 。

% 但由于猪KIT(FJ938289)基因不是Refseq序列。这就比较难了,由该序列的注释可知(/chromosome=”8),该序列是属于第8号染色体。

% 所以先确定猪(Pig,Sus scrofa)的第8号染色体是否已经测完序了。先在Taxonomy数据库搜索,得到Taxonomy ID: 9823。直接用关键词 txid9823[Organism:noexp] 搜索Genome数据库。猪有19条染色体,结果为11。看图:

txid9823[Organism:noexp]

% 但其中并没有第8号染色体的。所以要确定猪KIT(FJ938289)基因的内含子和外显子的序列,好像就不大可能了。反正我是没办法了。

基因结构图

1,NCBI提供的Graphics工具

在NCBI搜索FJ938289之后,接下来用NCBI提供的Graphics工具来查看,就能知道基因的内含子和外显子的序列了(同时也是一个基因结构图哦)。看图:

用NCBI提供的Graphics工具来查看,就能知道基因的内含子和外显子的序列了

2,GSDS在线工具:基因结构图

猪KIT(FJ938289)基因运行后的结果看:http://gsds.cbi.pku.edu.cn/GeSS_result.php?ran=A1R376&scale=0.198466396031

这个网站界面都很简单,所以就不多讲了,不过不够智能。

3,用BioPerl也用画基因结构图

详看:Bioperl:把Genbank格式的序列转换为基因结构图

~完。应该还有其它画图漂亮的工具,但我都没用过,所以就不大清楚阿。

3 回复
  1. 翟浚羽 says:

    你好,能不能帮我绘制一下补体C3基因的结构图,我用哪种方法都得不到想要的,用你说的在线方法总是说输入错误,怎么办哎

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