Perl处理Fasta序列的又一实例

今天再来分享一小段Perl脚本，其实是比较简单的。主要是用来处理Fasta格式的序列。

网友niche Says:

你好，你有没有分割fasta文件的perl脚本，我需要把一个fasta文件按两条序列一组分成若干个fasta文件，谢谢！

如果不懂fasta文件，可以再看一下解释：
或是查看: Fasta格式的详细说明

>cel-miR-1 MIMAT0000003 Caenorhabditis elegans miR-1
UGGAAUGUAAAGAAGUAUGUA
>cel-miR-2 MIMAT0000004 Caenorhabditis elegans miR-2
UAUCACAGCCAGCUUUGAUGUGCUAUCACAGCCAGCUUUG
UAUCACAGCCAGCUUUGAUGUGC
……

其中标识符就是大于号’>’。按两个为一组分成若干个文件。大意上是这样。

分割fasta文件

#!/usr/bin/perl

#fasta2.pl
#Usage:perl fasta2.pl in_fasta out_file

open(IN,"<$ARGV[0]");
$i = 0;
$j = 1;
while(<IN>){
    if(/^>/){
        $i++;
    }
    if($i == 3){
        $j++;
        $i = 1;
    }
    open(OUT,">>$ARGV[1]_$j");
    print OUT $_;
}

注： in_fasta是指要处理的fasta文件。

           out_file是指输出的文件。（如命名为out, 则生成的文件名为out_1, out_2, out_3等）

主要是利用循环嘛，第一步是按大于号’>’来统计个数。再用$j来循环输出文件名。