Blast的汇总,从入门到应用


Blast是真是非常常用的一个生物信息工具。只要是接触过序列的朋友,没玩过Blast,那好像是不大可能的。

Blast基本上也就是生物信息的入门工具。虽说是入门,但要真正学好,还是蛮复杂的。但是常用的,还是要了解一些的。

今天就来汇总一下,关于Blast的文章。包括Blast介绍。Blast的下载。本地Blast。与NCBI的Blast。

都是热门啊。

Blast入门

1,什么是Blast?

BLAST 核酸/氨基酸序列相似性比较的工具:  http://liucheng.name/1008/

Blast (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较………………….

2,NCBI 里用到的几种不同的Blast(核酸的)

BlastN/MegaBlast/Discontiguous MegaBlast 的区别: http://liucheng.name/1009/

三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法………….

3,NCBI 里用到的几种不同的Blast(蛋白的)

Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍:http://liucheng.name/1010/

Blastp/PSI-Blast/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对…………..

4,NCBI里的各个Blast库

NCBI在线blast数据库的简要说明:http://liucheng.name/476/

Blast下载

最新版的blast下载:http://liucheng.name/785/

你可以直接通过登陆到NCBI的FTP直接下载。通过迅雷和快车等工具也是可以的。

ftp  ftp.ncbi.nlm.nih.gov

本地Blast的构建

在对核苷酸或蛋白质序列数据库进行Blast搜索之前,必须要对所使用的序列数据库进行formatdb, 即对序列数 据库进行格式化,这是所有使用BLAST所必须的一步。

NCBI Blast的应用

高级应用:批量Blsat

高级应用:BioPerl与Blast

Blast的BUG与注意

某些Blast版本是存在BUG的。一般情况下不容易碰到。最好的做法还是要及时升级到最新版本。

~完。连我自己都惊讶。一整理。居然有好多文章。


48条回应:“Blast的汇总,从入门到应用”

  1. 博主,你好!
    经常在您的博客上评论,想做个调查,请您一定参与,谢谢。
    具体内容,请参考:http://www.ropean.org/SEO/Spam.htm
    感谢您的配合!

  2. 我想请教一个问题:就是我用引物找出的序列都是反向互补序列,在进行blast检索前用变成正向的再检索码?希望能尽快回答,谢谢!

  3. 请问blast 结果中的NG NT NM等到底是什么意思?
    万分感谢