NCBI站点地图—其他基因组数据介绍


小鼠基因组

小鼠基因组资源向导 — 把从各个中心来的各种小鼠相关的资源整合在一起,包括序列,图谱,和克隆信息以及指向小鼠种系和突变资源的指针。

小鼠基因组测序 — 小鼠基因组计划的测序进展,HTG序列contigs(可以用大小和染色体号来浏览)由测序中心的数据建立,可以contig或染色体的形式来下载。

小鼠UniGene — 被整理成簇的EST和全长mRNA序列,每一个代表一种特定已知的或假设的基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载,完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载

位点链接(LocusLink) — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID,并提供官方的命名,序列accesssion number, Unigene簇,图谱信息,和相关的网址。LocusLink是NCBI,人类基因命名委员会,OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。

Entrez —包括了来自〉70000个物种的序列数据,可以用物种字段来限制记录只在小鼠搜索。

人类/小鼠同源图 —University of California at Davis的M. F. Seldin建立,一张比较人和老鼠在同源区段DNA上基因的表,按在每个基因组上的位置排列。

大鼠基因组

大鼠UniGene —被整理成簇的EST和全长mRNA序列,每一个代表一种特定已知的或假设的基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载,完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载

位点链接(LocusLink) — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID,并提供官方的命名,序列accesssion number, Unigene簇,图谱信息,和相关的网址。LocusLink是NCBI,人类基因命名委员会,OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。

斑马鱼基因组

斑马鱼UniGene —被整理成簇的EST和全长mRNA序列,每一个代表一种特定已知的或假设的基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载,完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载

位点链接(LocusLink) — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID,并提供官方的命名,序列accesssion number, Unigene簇,图谱信息,和相关的网址。LocusLink是NCBI,人类基因命名委员会,OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。

果蝇基因组

黑腹果蝇主页 — 提供所有可使用的果蝇资源的概要,用图形的方式显示了染色体,允许你通过Entrez基因组浏览器的方法来搜索整个基因组的细胞遗传和序列信息。Entrez基因组提供了对于一个物种一致的遗传,物理,和序列数据的图形界面。当你用一个基因的代号来搜索时,它给出搜索结果的一个图形的基因组视图,从那你可以放大到你所感兴趣的区域的更详细的图谱视图,并且链接到序列数据和包含更多信息的相关资源。

黑腹果蝇基因组测序的状态 —描述了目前在GenBank,Entrez Genomes,和FTP站点中的数据的范围

Entrez图谱浏览器 — 整合的染色体图谱—图谱浏览器是Entrez基因组的一个软件组成部分,用来显示一个或多个用共同标记或基因名字互相align过的图谱,以及用相同序列进行比较过的序列图谱。在人类基因组数据和搜索技巧文件中有关于目前可以使用的果蝇的序列和细胞遗传学图谱。Entrez图谱浏览器的帮助文件提供了关于如何使用这个工具的一般说明。

位点链接(LocusLink) — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID,并提供官方的命名,序列accesssion number, Unigene簇,图谱信息,和相关的网址。LocusLink是NCBI,人类基因命名委员会,OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。

线虫基因组

Entrez基因组 — 染色体的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。

酵母基因组

Entrez基因组 — 染色体的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。

COGs — 相邻类的聚簇 — 来自于完整基因组的基因家族自然系统。COGs用比较21种完整的基因组的编码的蛋白序列描绘了17个主要的种系发生系统。每个COG包含至少来自3个世系的独立蛋白或蛋白家族的相邻体,所以对应了一个古老的保守domain。

疟原虫基因组

疟原虫遗传学和基因组 — 提供与疟原虫遗传学和基因相关的数据和信息。资源包括物种特异的序列BLAST数据库(恶性疟原虫,所有疟原虫,以及弓形虫),基因组图谱,连锁标记,以及遗传学研究信息。链接到其他的疟原虫网站和相关的寄生虫遗传学数据库包括弓形虫。

Entrez基因组 — 恶性疟原虫的染色体全长的图形视图,完整的染色体序列数据(2和3),链接到正在进行的染色体的分离数据表(来自于HB3 X Dd2杂交的染色体),链接到其他基因组测序中心。

FTP站点 (pub/Malaria目录)— 用于查找在DNA序列中STS的电子PCR疟原虫版。

FTP站点 (genbank/genomes 目录) — 下载各种格式的完整的染色体序列数据(2和3),包括GenBank的flat file (*.gbk),GenBank的概要文件(*.gbs),FASTA核酸文件(*.fna),FASTA氨基酸文件(*.faa),蛋白表(*.ptt)和其他。

细菌基因组

Entrez基因组 — 完整细菌基因组的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。对每一个细菌都提供了一个编码区域的概要和TaxTable。

微生物基因组测序计划 — 完成的和正在进行的测序计划,链接到NCBI的图形视图和测序中心。

COGs — 相邻类的聚簇 — 来自于完整基因组的基因家族自然系统。COGs用比较21种完整的基因组的编码的蛋白序列描绘了17个主要的种系发生系统。每个COG包含至少来自3个世系的独立蛋白或蛋白家族的相邻体,所以对应了一个古老的保守domain。

FTP站点— 下载各种格式的完整的细菌染色体序列数据,包括GenBank的flat file (*.gbk),GenBank的概要文件(*.gbs),FASTA核酸文件(*.fna),FASTA氨基酸文件(*.faa),蛋白表(*.ptt)和其他。

微生物基因组BLAST数据库 — 与完成的和未完成的微生物基因组进行BLAST。
病毒基因组

Entrez基因组 — 完整病毒基因组的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。对每一个病毒都提供了一个编码区域的概要。

反转病毒资源 — 收集了一批资源用于特别支持反转病毒的研究。资源包括,一个基因型工具用BLAST算法来确定一个查询序列的基因型,一个对齐工具(alignment)用于多个序列的通用对齐,一个HIV-1自动序列注解工具,以及16种反转病毒的可以在GenBank,FASTA和图形方式来查看的注解图谱及链接到其他相关序列纪录。

疫苗基因组

Entrez基因组 — 完整疫苗基因组的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。对每一个疫苗都提供了一个编码区域的概要。

质粒

Entrez基因组 — 完整质粒的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。对每一个质粒都提供了一个编码区域的概要。

真核细胞器

真核细胞器主页 — 提供真核细胞器的概述,关于细胞器参考序列计划的描述,以及链接到以分类等级和以物种字母顺序排列的完整测序的细胞器列表,链接到后生动物线粒体的基因和RNA,以及相关的网站。

Entrez基因组 — 完整真核细胞器的图形表示,可以整个的查看,也可以逐步放大的看。链接到相关的序列数据。对每一个真核细胞器都提供了一个编码区域的概要。

NCBI站点地图—工具概述

数据检索 — 文本搜索

Entrez — 对GenBank, EMBL, DDBJ, PIR-International, PRF, Swiss-Prot, and PDB数据库中的核酸和蛋白,包括了来自〉70000个物种的序列序列数据提供整合的访问,同时提供对3D蛋白结构,基因组图谱信息和PubMed MEDLINE的访问。Entrez包含了对每个数据库记录的预先计算好的相似搜索,产生一个相关序列,结构,和MEDLINE记录的表。Entrez可以用很广泛的文本方式来搜索,比如作者名字,杂志名字,基因或蛋白名字,物种,唯一的标号(如:accession number,序列ID,PubMed ID,MEDLINE UID),和其他的术语,根据被搜索的数据库来确定。使用新的Linkout服务,外部资源可以被链接到Entrez纪录。

批量Entrez — 允许你用一批的方式来用Entrez检索大量的核酸或蛋白序列,并把他们保存在你计算机的磁盘上。有三种方法来提交一个查询:1)输入一个含有GI或accession number列表的文件,2)指定一个物种名字或更高的分类来检索那个类的所有序列。3)输入一个Entrez搜索查询。搜索结果将被直接保存到你的计算机上。

查询E-Mail服务器 — 用Entrez PubMed查询引擎来检索核酸序列,蛋白序列,三维结构,和PubMed MEDLINE纪录。如果要获得帮助文件,给query@ncbi.nlm.nih.gov写一封只有内容为HELP的E-Mail。

网络Entrez — 一个WWW Entrez基于TCP/IP的客户-服务器版本。直接通过Internet来连接NCBI的数据库来检索数据。数据以二进制的方式来传输,减少网络传输的带宽要求。有PC,Mac,Unix,版本的客户软件。

dbEST, dbGSS, dbSTS搜索叶面 —EST, GSS, 和STS序列可以从两种方法获得:GenBank(通过Entrez)的EST/GSS/STS部分,和分开的但相关的数据库dbEST/dbGSS/dbSTS。两种来源的序列和accession number是一致的,但是纪录的格式不一样,dbEST/dbGSS/dbSTS纪录包括了一些基于BLAST搜索结果增加的注解,包括上至15最佳匹配的核酸和蛋白。dbEST, dbSTS, dbGSS搜索叶面还允许用克隆号码来搜索。

引用匹配 — 允许你找到任何一篇在PubMed数据库中的文章的PubMed ID或MEDLINE UID,给出书目信息(杂志,卷,页码等)。

单篇文章的引用匹配。

许多文章的批量引用匹配。

E-mail引用匹配也是可以的,也可以用于单篇或许多文章。如果要获得帮助文件,给citation_matcher@ncbi.nlm.nih.gov写一封只有内容为HELP的E-Mail。

序列相似搜索

BLAST主页 — 访问BLAST程序,概要,帮助文件,和FAQs。

Gapped BLAST (2.0) — 一种BLAST版本,允许在它产生的对齐(alignments)中存在缺口。统计有效性的评估是基于使用随机序列的优先模拟。在不久的将来,所有对Gapped BLAST的访问都要通过QBLAST。

QBLAST — 一种新的系统,允许用户以他们方便的方式检索Gapped BLAST结果,并且可以用各种格式选项多次格式化他们的结果。这个系统也使NCBI更有效的使用计算资源,更好的为大家服务。到1999年秋季,QBLAST系统用于所有的BLAST搜索。

PSI-BLAST — 位点特异迭代BLAST — 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。所有被BLAST发现的统计有效的对齐被总和起来形成一个多次对齐,从这个对齐,一个位置特异的分值矩阵建立起来。这个矩阵被用来搜索数据库,以找到额外的显著对齐,这个过程可能被反复迭代一直到没有新的对齐可以被发现。

PHI-BLAST — 模式发现迭代BLAST — 用蛋白查询来搜索蛋白数据库的一个程序。仅仅找出那些查询序列中含有的特殊模式的对齐。

BLAST两个序列 — 一个基于BLAST的工具,对齐两个核酸或蛋白的序列,产生一个成对的DNA-DNA或蛋白—蛋白序列比较。

IgBLAST —IgBLAST被开发出来以便于分析在GenBank中的免疫球蛋白的序列。它允许用blastp或blastn来搜索nr数据库或一个由免疫球蛋白生殖系变化区基因的特殊的数据库。搜索可以限制在人类或小鼠的基因。IgBLAST执行三个主要的功能:1)报告与查询序列最相似的可变,D,或J区,2)根据Kabat et al.来注解免疫球蛋白domains(从FWR1到FWR3),3)对于搜索核酸或蛋白nr数据库,通过匹配IgBLAST的发现和最接近的生殖系变化区基因来简化识别相关序列的过程。

PowerBLAST —PowerBLAST是一个程序,允许对非常长的序列进行快速的gapped BLAST搜索,它把序列分割开,对每个部分搜索,然后把结果组装起来。包含在Sequin中的PowerBlast版本使用了新的强大的gapped BLAST算法,过滤和物种特异的输出特点还仍旧保留。

BLAST E-mail服务器 — 基于e-mail的序列相似搜索服务,接受FASTA格式的核酸或蛋白序列。如果要获得帮助文件,给blast@ncbi.nlm.nih.gov写一封只有内容为HELP的E-Mail。

网络BLAST — 一个WWW Entrez基于TCP/IP的客户-服务器版本。直接通过Internet来连接NCBI的数据库来检索数据。有PC,Mac,Unix,版本的客户软件。

单独的BLAST — 下载可用于本地执行使用的BLAST。二进制版本有IRIX 6.2, Solaris 2.6, DEC OSF1 (ver. 4.0d), LINUX, 和 Win32系统。BLAST数据库同样可以下载。

专门的BLAST页面

BLAST人类染色体 — 人类染色体测序页面的一部分。

BLAST against Drosophila melanogaster genome sequence – see additional information on the Drosophila genome above.

BLAST against dbSNP – additional information about dbSNP is above.

Microbial Genomes BLAST Databases – BLAST against finished and unfinished microbial genomes.

BLAST against P. falciparum only, all Plasmodium, or all Toxoplasma in GenBank

BLAST against P. falciparum 3D7 Genome Project finished and unfinished sequences
序列分析

BLAST — 见上

VecScreen — 一个工具,在序列分析和提交之前用来确定一个核酸序列是否有载体,接头或连结序列。VecScreen被开发来对付公开数据库中的载体污染问题。在开始进行任何一种序列分析前把序列用VecScreen检查一下都是有用的,因为在序列中存在载体序列可能会导致错误的BLAST结果。

ORF Finder — 一个图形分析工具,用于在用户提供的序列或数据库中的序列中寻找被选择的最小长度的开放阅读框。用标准的或替代的遗传密码来确定所有开放阅读框。推断出的氨基酸序列可以用各种格式来保存,还可以用WWW BLAST到序列数据库中进行搜索。ORF Finder同Sequin序列提交软件捆绑在一起。单独的程序可以从NCBI的ftp站点下载。

Sequin — 一个提交工具,包括了ORF Finder,一个对齐浏览器/编辑器,和一个链接到PowerBLAST。更详细的见上Sequin。

e-PCR ­ 电子PCR — 将一个查询序列同已经定位的STSs比较,来发现查询序列的可能的图谱定位。E-PCR通过查找在的DNA序列中与定位标记的PCR引物非常吻合的子序列来找到STSs。这个子序列一定要有正确的顺序,方向,和间隔,以至他们可以合理的启动一个扩增出正确分子量的PCR产物。最新版本的e-PCR搜索除了NCBI dbSTS数据库以外的其他资源:1)人类:GDB,Genethon遗传图谱,GeneMap’99,Stanford G3图谱v2,Whitehead GB4图谱,Whitehead YAC图谱,NHGRI chr 7图谱,WUSTL chr X图谱,NCBI RH图谱,和2)小鼠:Whitehead遗传图谱,Whitehead RH图谱,Whitehead YAC图谱。e-PCR可以通过WWW查询,或可以从NCBI ftp站点的/pub/schuler/e-PCR目录下载。

COGnitor — 将你的序列同COGs数据库比较,来确定它属于的相邻组的簇。单独的COGs程序也是可以获得的。COGnitor可以以批的模式来运行,同很多的COGs数据库中的蛋白比较,并可以从ftp站点下载。

疟原虫遗传学和基因组 — 提供与疟原虫遗传学和基因相关的数据和信息。资源包括物种特异的序列BLAST数据库(恶性疟原虫,所有疟原虫,以及弓形虫),基因组图谱,连锁标记,以及遗传学研究信息。链接到其他的疟原虫网站和相关的寄生虫遗传学数据库包括弓形虫。

反转病毒资源 — 收集了一批资源用于特别支持反转病毒的研究。资源包括,一个基因型工具用BLAST算法来确定一个查询序列的基因型,一个对齐工具(alignment)用于多个序列的通用对齐,一个HIV-1自动序列注解工具,以及16种反转病毒的可以在GenBank,FASTA和图形方式来查看的注解图谱及链接到其他相关序列纪录。

SAGEmap — 基因表达的串行分析(SAGE)是一种实验技术用来定量分析基因的表达。提供CGAP SAGE(Serial Analysis of Gene Expression)库的差异显示。也包含了对在人类GenBank记录中的SAGE标签的完整分析,在人类GenBank记录中一个UniGene的标志被分配给了每个含有一个SAGE标签的人类序列网站建设过程的描述,分析工具,参考文献,定义,和定位数据可以从站点上下载。

CGAP DDD — 数字差异显示 — 一个在线工具,用来比较从挑选出来的cDNA库的计算基因表达谱。

3-D Structure Display and Similarity Searching

Cn3D — “See in 3-D”, 一个用于NCBI数据库的结构和序列相似显示工具,它允许观察3-D结构和序列—结构或结构—结构同源比较。Cn3D用起来就象你浏览器上的一个帮助工具。

VAST搜索 — 结构—结构相似搜索服务,将一个新解出的蛋白结构的三维坐标同在MMDB/PDB数据库中的比较。VAST搜索计算出可能会交互浏览的临近结构的列表,通过分子图形来查看重叠和对齐。


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