NCBI站点地图—其他各项介绍


NCBI的研究的概览

计算生物学分支主页 — 在NCBI计算生物学分支研究计划的概览和高级研究员的列表。研究项目集中在对广泛的分子生物学基本问题的理论的,分析的,和应用的解决方法,包括生物分子结构,基因组分析,序列分析理论,硬件设计,软件和数据库设计,和文本检索和文件分析。

讨论会日程 —NCBI的讨论会有广泛的分子生物学和数学专题。这些讨论会对NIH公众和一般民众是公开的,由NCBI职员和访问科学家出席。

职员目录 — 在职和以前NCBI职员出版的和正在印刷的文章和专题论文的章节的列表。包括链接到相应的PubMed纪录。选出的文章也可以看到全文。

选出的职员出版物的全文 — 选出的在职和以前NCBI职员出版的和正在印刷的文章和专题论文的章节的全文。

教育概要

文章

A Billion Base Pairs Up for Grabs — 关于在NCBI的用来访问分子生物学数据库和分析序列数据的资源的介绍。包括对Entrez PubMed, BLAST, 3-D structures, Genomes, 和Taxonomy 概要的介绍。也包括在NCBI的生物采样。

生物信息学 — 一个新纪元 — 关于在这个领域内的生物信息学,从业者和训练,以及新的方向的讨论。作为Trends Guide to Bioinformatics介绍的服务器。

数据库部门和同源搜索文件 — 在GenBank/EMBL/DDBJ数据库部门的概要,有关于HTG部门的详细信息。包括在NCBI和EBI同源搜索文件的讨论

数据库搜索的基础 — 关于序列相似搜索工具的原理讨论,这些工具是可以被用来评估序列对齐。

基因组分析:实验室手册系列 — 第一卷:DNA分析,第七章:DNA和蛋白序列的计算分析。用于基因组分析的计算机数据库,网络,和软件工具的介绍。包括Internet基础,用BLAST分析序列,用Entrez对整合的信息检索,多重对齐,序列motifs,和结构推理,以及提交数据到公共数据库的讨论。同时也包括许多在Internet上的分子生物学资源的列表。

交互学习指南

Coffee Break — 关于最近生物学发现的简报的汇总。每一个简报都合并了交互学习指南来显示生物信息学工具是如何被用作研究过程的一部分的。

Entrez Tutorial

OMIM Tutorial

PubMed Tutorial

Tours and Exercises

How to BLAST

BLAST Statistics

Cn3D Structure Viewer

Bioinformatics Problems

Genetic Linkage Analysis

Online Information

CancerNet — 由NCI提供的广泛的准确的,可信赖的肿瘤信息。CancerNet信息由肿瘤专家定期综述,是基于最新的研究。它包括为病人,健康专家,和基础研究者提供选择的和组织好的信息。

基因和疾病 —介绍遗传因素和人类疾病的关系。有约60种遗传疾病的概要信息,以及链接到相关数据库和组织。

遗传术语词汇表 —NHGRI

遗传例证 —NHGRI

遗传研究技术 —NHGRI

人类基因组计划 — 一个国际研究,致力于通过对人类和选出的模式生物的DNA全部作图和测序来描述他们的基因组,发展基因组分析的技术,调查人类遗传研究带来的伦理的,法律的和社会的牵连,训练科学家,使他们可以使用通过HGP发展起来的工具和资源来进行生物学研究并提高人类的健康。

NHGRI教育和训练 — 国立人类基因组研究所(NHGRI)的政策协调办公室(OPC)致力于确定和协调为健康专家和公众的已存在的遗传教育活动,建立关于遗传教育的公共和私立组织之间的合作,和发展对遗传学的兴趣的活动。

FTP站点概要

Databases

GenBank普通文件格式 — 参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述,下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。

ASN.1格式 — 摘要句法记号1,国际标准组织(ISO)数据表示格式,下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。

FASTA格式 — 定义行号后只跟随序列数据(示例),参见描述数据库的readme文件,包括nt.Z(每天更新的非冗余BLAST核酸数据库,包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列,但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列),nr.Z(每日更新的非冗余蛋白质),est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。

RefSeq — NCBI数据库的参考序列。校正的,非冗余集合,包括基因组DNA contigs,已知基因的mRNAs和蛋白,在将来,整个的染色体。Accession numbers用NT_xxxxxx, NM_xxxxxx, NP_xxxxxx, 和NC_xxxxxx的形式来表示。

位点链接(LocusLink) — 为校正过的序列和遗传位点的描述信息提供一个单次查询界面。LocusLink给每个位点发布一个稳定的ID,并提供官方的命名,序列accesssion number, Unigene簇,图谱信息,和相关的网址。LocusLink是NCBI,人类基因命名委员会,OMIM和其它组织的合作结果。LocusLink目前包含人类,小鼠,大鼠,斑马鱼,和果蝇的位点,物种可以被分开或合在一起查询。

dbSNP — 单核苷酸多态性数据库,包括SNPs,小范围的插入/缺失,多态重复单元,和微卫星变异。

数据库的仓库 — 即,UniGene, GeneMap, dbEST, dbGSS, dbSTS, OMIM,和许多外部校正和维护的特定数据库。

软件

BLAST单独的程序 — 下载可执行的BLAST用于本地使用。提供IRIX 6.2, Solaris 2.6, DEC OSF1 (ver. 4.0d), LINUX, 和Win32系统的二进制形式。BLAST数据库也可下载。
客户/服务器程序

Sequin – 提交软件程序,用于一条或者很多条的提交,长序列,完整基因组,alignments,人群/种系/突变研究的提交。可以独立使用,或者用基于TCP/IP的“network aware”模式,可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。(请在提交前用VecScreen去除载体)

网络Entrez — 一个WWW Entrez基于TCP/IP的客户-服务器版本。直接通过Internet来连接NCBI的数据库来检索数据。有PC,Mac,Unix,版本的客户软件。

网络BLAST — 一个WWW Entrez基于TCP/IP的客户-服务器版本。直接通过Internet来连接NCBI的数据库来检索数据。有PC,Mac,Unix,版本的客户软件。

PowerBLAST —PowerBLAST是一个程序,允许对非常长的序列进行快速的gapped BLAST搜索,它把序列分割开,对每个部分搜索,然后把结果组装起来。包含在Sequin中的PowerBlast版本使用了新的强大的gapped BLAST算法,过滤和物种特异的输出特点还仍旧保留。

NCBI Software Toolkit — 一套软件和数据交换说明,被NCBI用来产生用于分子生物学的可移植的,模块化的软件。在Toolbox中的软件是主要设计成读出ASN.1格式的纪录。可以从NCBI的ftp站点的toolbox/ncbi_tools目录下载,可以直接使用,也可以在其基础上建立有相似功能的工具。在toolbox和toolbox/ncbi_tools目录下的readme文件包含了更详细的关于toolbox和ASN.1的信息。同时提供了ASN.1概要。

许多NCBI科学家个人项目研制的软件程序 —— 在FTP站点的/pub目录下包含了象MACAW和e-PCR这样的程序。

NCBI癌症基因组研究介绍

The Cancer Genome Anatomy Project (CGAP)
癌症基因组剖析计划(CGAP)

CGAP计划是一项由NCI建立和主持的交叉学科的计划,用来产生用于解码肿瘤细胞的分子结构所需的信息和技术工具。CGAP被分为五个互补的自主部分,每一个都有它自己的目的,信息学工具和资源。The Human Tumor Gene Index (hTGI)人类肿瘤基因索引指明了在人类肿瘤发生过程中的基因表达。Molecular Profiling (MP)分子表达谱展示了用前列腺作为例子来从分子水平分析人类组织样品的概念。The Cancer Chromosome Aberration Project (CCAP)癌症染色体变异计划(CCAP)描述了同恶性转移相关的染色体改变。The Genetic Annotation Index (GAI)遗传注解索引指明和描绘了同癌症相关的多态性。The Mouse Tumor Gene Index (mTGI)小鼠肿瘤基因索引(mTGI)确定了在小鼠肿瘤发生过程中的基因表达。

CGAP概念引导

为什么要有CGAP?

在过去的二十年中,我们已经了解到遗传学改变是所有癌症的根结所在。为此,CGAP将统一最新的技术,以及那些又节约经费又有很高的通量的技术,来确定所有与癌症的产生和发展有关的基因。

计划的目标
获得关于正常,癌前,和恶性细胞的全面的分子学特征。

计划资源
所有的数据和材料对于研究人员是没有任何限制的完全开放。

CGAP FAQ

CGAP是关于什么的?
概念和演变部分将通过幻灯片向你解释同这个计划相关的最基本的科学概念。

我如何在CGAP的cDNA库中找到信息?
从主页出发,在cDNA库资源下选择浏览库(Library Browser)来浏览按关键子分类的库的列表,每一个链接都指向更多的关于这个库的信息。

我能得到关于一个库的那些特定信息?
在主页上选择了库浏览(Library Browser)后,从库的列表中选择一个特定的库,你会发现:

关于建库的信息。
样品和组织的信息。
从这个库来源的克隆,序列,和基因的下载的链接。
分析CGAP数据,那些工具是可以获得的?
对于EST的cDNA库数据,xProfiler允许在两个或两个以上的库之间进行计算基因频率的比较。
对于SAGE库,请到NCBI的SAGEmap站点。

我可以从哪里获得CGAP克隆?
关于如何从IMAGE合作克隆分布网络定购特定的cDNA克隆的信息可以在“获得CGAP试剂”(Obtaining CGAP Reagents)文件中找到。

我可以从哪里得到用于我自己的癌症研究的组织样品?
关于如何从NCI合作人类组织网络中得到组织的信息可以在“获得CGAP试剂”(Obtaining CGAP Reagents)文件中找到。

我如何贡献资源或者与CGAP合作?
在“获得CGAP试剂”(Obtaining CGAP Reagents)已经描述:
贡献一个组织,请同Dr. Michael Emmert-Buck联系。
贡献一个cDNA库或者考虑同CGAP合作,请同Dr. Robert Strausberg联系。
|在CGAP中使用的方法学和技术的信息是否可以获得?
在主页上选择方法学“Methodology”,将把你链接到以下信息:

激光截取微切割。
CDNA库是如何从微切割的组织中做成的。
表达技术:那些开发全面的转录分析技术的公司和学术研究所的概要。

CGAP Molecular Profiling InitiativeCGAP分子表达谱初步

分子表达谱初步是针对关于分子分析人类组织样品的的挑战的。这个计划的目的是:
确定在分析组织样品是碰到的重要的技术,分析,和信息学问题。
提供方法学,实验步骤,和信息学工具。
以前列腺为样板,提供在组织的分子分析时研究中碰到的成功,失败,和挑战。

The Cancer Chromosome Aberration Project (CCAP)癌症染色体变异计划(CCAP)

CCAP工具
直接去在CCAP克隆图谱和复发改变数据的CCAP工具。

什么是CCAP?
CCAP的目的是发展一套工具,用于允许对与恶性转移有关的特定的染色体改变进行方便的定义和详尽的描述。由NCI和NCBI支持。

CCAP的目的:
将人类基因组的细胞学(在整个染色体上定义的)和物理的(结构)图谱整合。产生一个克隆库,这个库在遗传学和物理上都已定位,可供随时测序的BAC克隆,这些克隆在人类基因组上的分辨率大概是1-2Mb。开发一个数据库,这个数据库将克隆库以易于访问的,用户友好的,和有意义的样式展示,同时提供一个将癌症相关的染色体异常和临床,组织学信息并行数据库关联起来的平台。

*BAC克隆题供对定位研究有价值的工具,因为它们含有很大的人类DNA插入,而且可以被荧光标记来定位基因和识别与癌症染色体变异有关的区域。

关于CCAP初步

确定染色体的异常对临床医生很有用,允许对一个给定的癌症根据它特定的遗传“指纹”来诊断,分类,和治疗。随着可以获得的关于染色体异常的信息的激增,一个公共数据库把这些信息整合进去就有很大的需求。此外,作为CCAP初步的一部分,正在努力建立一个精炼的描述命名,用来定义癌症细胞的染色体组型的异常(插入,扩增,缺失,和移位)。这个精编是设计来增加和补充传统的基于带型的染色体描述,增补是通过整合和格式化三种目前发展水平上的细胞遗传学分析的数据流:染色体带型分析(SKY),比较基因组杂交(CGH),和荧光原位杂交(FISH)。

The CGAP Genetic Annotation Initiative (GAI) CGAP的遗传注解索引(GAI)是一项探索和应用那些用来确定和描述在癌症中重要基因遗传改变的技术的研究项目。

GAI努力确定目标基因。确定基因的改变,以及开发利用这些改变的实验室检测方法,将扩展用遗传学手段来理解常见的癌症和与其相关的表型。

GAI使用数据挖掘手段从可以公共访问的DNA序列数据和用实验室方法全面的搜索癌症相关基因的变化来确定候选的变化。

所有的GAI候选,有效,和确定的遗传学变化都是可以公开访问的。可以通过公共的服务器来来获得变化预测工具。

Human Tumor Gene Index (hTGI)
人类肿瘤基因索引(hTGI)

HTGI有两个主要目的:
识别在人类肿瘤发生过程中的基因表达
发现新的人类基因
列在下面的由这个计划生成的信息出现在NCBI准备的数据库中,提供了特殊的信息学工具来简化对这些复杂的数据组的分析。

hTGI 工具定位器

cDNA库
cDNA库浏览器
用于访问CGAP cDNA库信息的交互式查询工具。
cDNA库来源
关于从哪里可以买到CGAP cDNA库的信息。
库,基因,和序列的概要表
概要表提供链接到cDNA库,基因和克隆的按组织类型,样品准备方法和肿瘤发展的
阶段分类的列表。

cDNA克隆
IMAGE合作伙伴
购买cDNA库克隆的信息
肿瘤抑制基因和癌基因字典
肿瘤抑制基因和癌基因的列表,提供GenBank的登记号和克隆定购信息。
库,基因,和序列的概要表
概要表提供链接到cDNA库,基因和克隆的按组织类型,样品准备方法和肿瘤发展的
阶段分类的列表。

基因
基因发现
关于CGAP对新基因发现的贡献的综述。
肿瘤抑制基因和癌基因字典
肿瘤抑制基因和癌基因的列表,提供GenBank的登记号和克隆定购信息。
库,基因,和序列的概要表
概要表提供链接到cDNA库,基因和克隆的按组织类型,样品准备方法和肿瘤发展的阶段分类的列表。

基因表达
以基因来搜索cDNA库的工具,返回库的名字和表达量。

基因表达
数字差异显示
DDD是一个在线工具,用来在选中的cDNA库之间比较计算基因表达谱。
cDNA表达谱
XProfiler是一个在线工具,用来在选中的cDNA库之间比较计算基因表达谱。
SAGE图谱
一个在线工具用来用来在选中的SAGE库之间比较计算基因表达谱。

小鼠肿瘤基因索引(mTGI)

小鼠肿瘤基因索引将调查那些在小鼠中同癌症发生有关途径的分子决定因素,一是比较与人类同类的癌症,二是精确的定义那些可能在人类中难以证明的通路。
mTGI 工具定位器
cDNA库
cDNA库浏览器
用于访问CGAP cDNA库信息的交互式查询工具。
库,基因,和序列的概要表 概要表提供链接到cDNA库,基因和克隆的按组织类型,样品准备方法和肿瘤发展的阶段分类的列表。

cDNA克隆
IMAGE合作伙伴
购买cDNA库克隆的信息库,基因,和序列的概要表
概要表提供链接到cDNA库,基因和克隆的按组织类型,样品准备方法和肿瘤发展的阶段分类的列表。

基因
库,基因,和序列的概要表
概要表提供链接到cDNA库,基因和克隆的按组织类型,样品准备方法和肿瘤发展的阶段分类的列表。

基因表达
以基因来搜索cDNA库的工具,返回库的名字和表达量。

基因表达
数字差异显示
DDD是一个在线工具,用来在选中的cDNA库之间比较计算基因表达谱。
cDNA表达谱
XProfiler是一个在线工具,用来在选中的cDNA库之间比较计算基因表达谱。


2条回应:“NCBI站点地图—其他各项介绍”

  1. 我听说用NCBI的ftp上有一项可以进行物种树排列,我想问下具体是怎么样的?
    就是输入一个物种,它会生成一个支,等你加入很多物种的时候,会生成一个物种树,怎么弄的?
    谢谢咯~!