ClustalW、ClustalX介绍及最新版下载地址


         Clustal的基本思想是基于相似序列通常具有进化相关性这一假设。比对过程中,先对所有的序列进行两两比对并计算它们的相似性分数值,然后根据相似性分数值将它们分成若干组,并在每组之间进行比对,计算相似性分数值。根据相似性分数值继续分组比对,直到得到最终比对结果。比对过程中,相似性程度较高的序列先进行比对,而距离较远的序列添加在后面。作为程序的一部分,Clusal可以输出用于构建进化树的数据。

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         Clustal程序有许多版本,ClustalW(Thompson等,1994),根据对亲缘关系较近的序列间空位情况,确定如何在亲缘关系较远的序列之间插入空位。同样,相似性较高的序列比对结果中的残基突变信息,可用于改变某个特殊位置空位罚分值的大小,推测该位点的序列变异性。

  CLUSTALX-是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比对和分析结果提供一个整体的环境。

下列网站提供在线ClustalW服务:

http://align.genome.jp/ (推荐)

http://www.ebi.ac.uk/Tools/clustalw/

http://www.ch.embnet.org/software/ClustalW.html

http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_clustalw.html

http://clustalw.ddbj.nig.ac.jp/top-e.html

ClustalW、ClustalX最新版本下载,目前最新版本为2.0.11,有WIN版本和Linux版本:

http://www.clustal.org/download/current/

EMBL的下载地址:

 ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/clustalw2/

参考文献:
Larkin MA, Blackshields G, Brown NP, Chenna R, McGettigan PA, McWilliam H, Valentin F, Wallace IM, Wilm A, Lopez R, Thompson JD, Gibson TJ, Higgins DG.
(2007). Clustal W and Clustal X version 2.0. Bioinformatics, 23, 2947-2948.


4条回应:“ClustalW、ClustalX介绍及最新版下载地址”

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