模拟蛋白质结构软件:Modeller

Modeller是一个蛋白质结构预测的软件:
1)支持安装在windows平台上; 2)支持基于多个模版模建结构; 3)它自身带一套模建结构后的优化,分析软件;

官方介绍:
MODELLER is used for homology or comparative modeling of protein three-dimensional structures (1,2). The user provides an alignment of a sequence to be modeled with known related structures and MODELLER automatically calculates a model containing all non-hydrogen atoms. MODELLER implements comparative protein structure modeling by satisfaction of spatial restraints (3,4), and can perform many additional tasks, including de novo modeling of loops in protein structures, optimization of various models of protein structure with respect to a flexibly defined objective function, multiple alignment of protein sequences and/or structures, clustering, searching of sequence databases, comparison of protein structures, etc. MODELLER is available for download for most Unix/Linux systems, Windows, and Mac.

http://salilab.org/modeller/about_modeller.html

modeller

各个版本的下载:

Windows [GPG signature] Installation guide
Mac (Intel or PPC) [GPG signature] Installation guide
Linux (32-bit RPM)   Installation guide
Linux (64-bit x86_64 RPM)   Installation guide
Linux (64-bit ia64 RPM)   Installation guide
Generic Unix tarball [GPG signature] Installation guide

http://salilab.org/modeller/download_installation.html

modeller 使用问题答疑(By 中国制造):
1,有些人用不了,可能是机器上没有装python语言因为整个软件是用python语言开发的,可执行命令都是.py的。装个python2.5就OK

2,运行的命令,序列,模版结构都放在一个文件夹里。注意序列,结构名字最好都小写,免得文件名字不识别,出现不必要的麻烦。
3,例如把命令salign.py ,align2d_mult.py,salign.py,序列,PDB结构放D盘model下。
打开modeller终端(开始菜单里,程序里,modeller里长得象DOS窗口的图标),进入D 盘下model目录里,敲入mod9v1 salign.py (就是运行salign.py命令),其他命令以此类推,所有命令前都加mod9v1.如果是modeller9v4,就加mod9v4……

4,当运行有错误了,要看log记录。
命令用前需要修改,比如align2d_mult.py,用编辑器打开后是这样的

aln.append(file='fm00495.ali', align_codes='all')
aln_block = len(aln)
# Read aligned sequence(s):
aln.append(file='TvLDH.ali', align_codes='TvLDH')
# Structure sensitive variable gap penalty sequence-sequence alignment:
aln.salign(output='', max_gap_length=20,
           gap_function=True,   # to use structure-dependent gap penalty
           alignment_type='PAIRWISE', align_block=aln_block,
           feature_weights=(1., 0., 0., 0., 0., 0.), overhang=0,
           gap_penalties_1d=(-450, 0),
           gap_penalties_2d=(0.35, 1.2, 0.9, 1.2, 0.6, 8.6, 1.2, 0., 0.),
           similarity_flag=True)
aln.write(file='TvLDH-mult.ali', alignment_format='PIR')
aln.write(file='TvLDH-mult.pap', alignment_format='PAP')

"aln.append(file='TvLDH.ali', align_codes='TvLDH')"

‘TvLDH.ali’名字需要替换成自己的’TvLDH.ali’比对文件名字,以此类推有这名字出现地方都要改。
或者更简单的办法,把你自己的.ali文件名字改成’TvLDH.ali’。文件就不用修改了。
5,有些朋友可能不知道编辑器是什么,它就是一个编辑文件的小软件,记事本有时就有相同功能。UltraEdit或Ediplut都可以。

3 回复
  1. Ethnobotany says:

    请问版主能不能给个modeller的中文使用手册,谢谢,呵呵。另外,请问在蛋白质三维模建方面该怎么入手比较好?麻烦您了。

    柳城 回复:

    我也不是太熟~
    你可到yunbio.com问问

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