如下图所示：
2、Load Sequnce, 载入序列
如下图所示：
3、选择序列文件，FASTA格式的
如下图所示：
4、用文本编辑器察看FASTA序列文件内容，这里用的是记事本，推荐用EditPlus或者Ultraedit
如下图所示：
5、序列Load进去之后
如下图所示：
6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可，无须修改比对参数
如下图所示：
7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框，.dnd的是输出的指导树文件，.aln的是序列比对结果，它们都是纯文本文件
如下图所示：
点“ALIGN”之后开始等待，如果序列不多，很快就可以算完，如果数据很多，可能要等一段时间，这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏，那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息，看看可以消磨时间。。。
8、比对结束之后，我们可以看到这个结果
如下图所示：
9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件，仍然用文本编辑器打开来看，这时.aln文件，这个文件可以用Mega做进一步的bootstrap进化树分析
如下图所示：
10、这是.dnd文件（指导树）
如下图所示：
11、可以用Treeview打开dnd文件，看上去就像这样子
如下图所示：
其它说明：ClustalX常见问题说明
《 “ClustalX做多序列比对分析图示” 》 有 10 条评论
我导入的文件的路径没问题，是直接从NCBI上下载以fasta格式保存到桌面上的。为什么总是不能load sequences ,而是出现“cannot open file!”请问怎样才能做到格式正确（能详细说明吗？）？谢谢!
放在桌面就是不行的阿.看http://liucheng.name/411/ :)
clustalx可以模拟出祖先序列吗？或者别的什么软件可以？ [抱拳]
可到yunbio.com问问。。
谢谢
如何对8和11的图进行分析，这能说明什么。请您告诉我下，谢谢
再次感谢博主
你好，我想咨询下序列比对以及做树形图的问题，请问要怎么联系？谢谢
请到yunbio.com提问阿
请问博主，cluster比对完的结果还用手动剪辑吗？还是直接可以输进mega做树形图？非常感谢