NCBI新的数据库和工具(2009年05月)


NCBI News, May 2009

H1N1流感资源

流感病毒最新数据和序列的页面:www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/FLU/SwineFlu.html
PubMed里关于流感的最新文献:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed?term=swine+AND+(flu+OR+influenza+OR+h1n1)+AND+%22last+1+year%22%5bedat%5d

多肽的数据资源

Peptidome是一个新的数据库,存放用串联质谱技术作多肽和蛋白测序与鉴别的数据。更多的信息请查看Peptidome的首页:www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/peptidome/

基因组平台

葡萄Vitis vinifera (wine grape)的基因组数据在Genomes 数据库已经可以用到。通过NCBI Map Viewer可以看到全染色体图,查看的页面:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mapview/map_search.cgi?taxid=29760

书架(Bookshelf)

NCBI帮助手册加了一个新的章节,关于GaP的常见问题解答文档。Bookshelf 的地址是:
www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=Books

微生物基因组

在3月24-4月29之间,最新发布了15种微生物的基因组数据,提交到GenBank/EMBL/DDBJ的原始序列用FTP可以下载:ftp.ncbi.nih.gov/genbank/genomes/Bacteria/。这些基因组临时的RefSeq 版本用FTP也能找到:ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/。

GenBank新闻

GenBank最新发布的版本是171.0,用FTP可以下载。最后的更新时间是2009年4月10号。关于这个版本的说明看:ftp.ncbi.nih.gov/genbank/gbrel.txt
需注意的是,NCBI打算要结束对索引文件的支持(ceasing support for index files),受到影响的用户请详细查看gbrel.txt关于这部分的章节,有问题可以反馈给GenBank工作组。

SRA转录序列Blast(SRA Transcript BLAST)

通过一个专门的BLAST页面可以搜索到SRA的转录序列。所有来自454测序法得到的SRA转录本序列都可以在NCBI的SRA数据库找到。要搜索SRA的序列,请到the SRA BLAST page

GEO数据集

新的GEO数据集加上了显示基因表达谱的数据。新的工具请查看:
www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/GDSbrowser

Entrez序列数据库加上了序列分析工具的链接

在Entrez数据库显示核酸和蛋白序列页面的左边栏目加上了一些序列分析工具的链接。例如在蛋白和核酸序列页面,加上了Blast的链接;核酸序列页面加上了Primer BLAST搜索的链接;另外在蛋白序列页面,加上蛋白保守功能域的预测链接。这些新的序列分析工具的链接,方便了对序列的分析。