图文讲解MEGA4.1建进化树步骤


MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析。 MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络(NCBI)进行序列的比对和数据的搜索。

打开软件

图文讲解MEGA4建进化树步骤

选择Alignment —- Alignment Explorer/CLUSTAL,出现一个对话框:

MEGA4

根据提示内容,进行选择,在此我选择第一个“Create a new alignment”,出现:

图文讲解MEGA4建进化树步骤

根据自己的序列是核酸还是氨基酸序列进行选择,在此我选择“Yes”,出现:

图文讲解MEGA4建进化树步骤

Date — Open — Retrieve Sequences from File ,选择已在Clustal X中已对齐的格式文件[CLUSTAL文件(.aln)],如下图:

图文讲解MEGA4建进化树步骤

选择之后,得到:

图文讲解MEGA4建进化树步骤

双击文件名可以进行修改 (某些Clustal X版本无法识别原FASTA文件名的,在这里就可以修改了,就像我用汉化版的Clustal X 1.81不可以识别某些序列文件名) ,修改后如下:

图文讲解MEGA4建进化树步骤

右键菜单点击删除Clustal X中附带的“※”号行,修改文件名后可以保存“当前比对结果”,以便下次再用。然后再补充一下,此软件整合了Clustal X程序,菜单Alignment中选择“Align by Clustalx”即可。选择所要比对的序列,单击后出现下面这个对话框:

图文讲解MEGA4建进化树步骤

选择默认设置,点击OK就进行比对了。此后会出现一个过渡对话框,显示的是两两比对和多序列比对的过程:

图文讲解MEGA4建进化树步骤

等待其运行完成后,可以保存,也可以直接删除,出现对话框:

图文讲解MEGA4建进化树步骤

选择Yes,出现:

MEGA4.1

输入一个名称,如SIV-N2,接下来几步类似,保存后点YES出现:

图文讲解MEGA4.1建进化树步骤

当这个序列数据界面出来后,注意软件的主界面发生了一定的变化,多出了几个功能菜单:

图文讲解MEGA4.1建进化树步骤

图文讲解MEGA4.1建进化树步骤

选择主界面中的Phylogeny菜单,Bootstrap Test of Phylogeny — Neighbor-joining…

图文讲解MEGA4.1建进化树步骤

Bootstrap选择1000次重复,模型选择核酸—p-distance。Compute后,得出系统结构树,如下:

图文讲解MEGA4.1建进化树步骤

替换成辐射图:

图文讲解MEGA4.1建进化树步骤

 

BY kousyouki


《 “图文讲解MEGA4.1建进化树步骤” 》 有 29 条评论

  1. […] 本文详细出处参考:http://www.liucheng.name/?p=603 本文详细出处参考:http://www.liucheng.name/?p=603 转载请注明: 转载自sci123|生信博客文章出处: 图文讲解MEGA4.1构建系统发育树 alimama_pid="mm_10561820_1661221_8040524"; alimama_titlecolor="0000FF"; alimama_descolor ="000000"; alimama_bgcolor="FFFFFF"; alimama_bordercolor="E6E6E6"; alimama_linkcolor="008000"; alimama_bottomcolor="FFFFFF"; alimama_anglesize="0"; alimama_bgpic="0"; alimama_icon="0"; alimama_sizecode="12"; alimama_width=468; alimama_height=60; alimama_type=2; 喜欢本文,那就收藏到: 相关文章分子进化课程论文选题 (0) 随机日志论文时遭遇退稿的常见原因 […]

  2. 里面稍微有个地方介绍的不是很清楚,就是:等待其运行完成后,可以保存,也可以直接删除,出现对话框:其实点击data下的一个发育分析的选项久可以到软件选项变化的那一步了

  3. 请问,我将测的的序列和在NCBI上查的与测得序列相似的序列在CLUSTAL W比对后,由于各序列长短不一,需要进行掐头去尾,请问掐头去尾应遵循什么原则呢,怎么掐呢,是不是要所有序列掐来长短完全一样呢?

  4. 请问分支处的数字和标尺各代表什么意思啊 不胜感激!

  5. 谢谢!非常需要。感谢分享!其实你的很多帖子我都看过,对于在这个领域的新手我来说,真是受益匪浅!再次感谢,不懂再问,谢过先~ [可爱]

  6. 请问“选择已在Clustal X中已对齐的格式文件[CLUSTAL文件(.aln)]”这个文件怎么做啊?

      • 按步骤来,进行到“输入一个名称,如SIV-N2,接下来几步类似,保存后点YES出现:”后,出现Error#4526:Invalid base found:9(in line 8),不知道怎么解决啊?求助楼主解答,急!不甚感激!

  7. 我想在mega4运行核酸序列后看到序列相似性百分比,请指教如何看到?谢谢

  8. zhangtutu Says:
    我想在mega4运行核酸序列后看到序列相似性百分比,请指教如何看到?
    我也想知道这个问题,请教高手,多谢

  9. 讲得很细致,可是我最后一步为什么不出图呢?倒数第二步也是按照上边讲的设置的,我下载的是MAGE5.0,非常感谢!

  10. 请问可以在MEGA里把核酸转化为氨基酸吗?因为有非编码区,是不是转化的氨基酸不正确?那怎样转化呢?请教

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