蛋白质3D结构数据库:SWISS-MODEL Repository

SWISS-MODEL知识库(http://swissmodel.expasy.org/repository/)是一个蛋白质3D结构数据库,库中收录的蛋白质结构都是使用SWISS-MODEL同源建模方法(homology-modelling)得来的。建立SWISS-MODEL知识库的主要目的就是为了给全世界的科研工作者提供一个最新的蛋白质3D注释结构信息平台。SWISS-MODEL知识库中的记录都是对Swiss-Prot数据库和其它相关模式生物数据库中的序列进行自动同源建模分析之后得来的。SWISS-MODEL数据库保持定期更新也保证了收录数据的全面性和准确性。

swiss-model

至2008年9月,SWISS-MODEL知识库共收录数据340万条,覆盖了UniProt数据库中270万种不同的蛋白质序列。SWISS-MODEL数据库允许用户对数据库中的模型质量进行评价,允许用户搜索另一种可变模板结构(alternative template structures),用户还可以使用SWISS-MODEL工作平台(http://swissmodel.expasy.org/workspace/)构建模型。

对结构模型的注释信息包括功能信息以及与其它数据库的交叉链接,这些数据库包括PSI Structural Genomics Knowledge Base下的Protein Model Portal (http://www.proteinmodelportal.org)。通过这些链接,用户就可以在蛋白质序列数据库和结构数据库之间自由切换。

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