小鼠转录因子(Transcription Factor)数据库:TFdb

介绍

小鼠转录因子数据库(mouse Transcription Factor Database: TFdb),是一个非冗除的小鼠转录因子数据库。目前共收集了1675个Entrez Gene。

参考文献:”A genome-wide and nonredundant mouse transcription factor database”, Kanamori et. al, (BBRC 322/3 pp. 787-793).

转录因子数据库

数据来源

TFdb的数据来源于下列的数据库,

LocusLink (NCBI)

  • loc2go -查询转录因子的基因
  • LL.out -定义每一个基因
  • loc2ref -locus ID 与参考序间的联系

当然了,LocusLink 在05年6月开始,NCBI就不再维护了。已经用Entrez Gene代替。详细信息:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/LocusLink/README

HomoloGene (NCBI):通过Human和Rat的基因找Mouse的同源基因。

GO.terms_and_ids (GENE ONTOLOGY CONSORTIUM):来源于GO数据库。

mm_mgc_mrna.fasta.gz (MGC):来源于Image/MGC 的全长clones。

FANTOM sequence (RIKEN):来源于日本RIKEN的测序数据。

TFdb数据库(http://genome.gsc.riken.jp/TFdb/)的数据是定期更新的。并且可以免费使用。