Haploview软件使用,单倍型分析

Haploview是一个进行单倍型分析的一个软件,该软件具有如下功能:

  • 1.连锁不平衡与单倍型分析
  • 2.单倍型人群频率估算
  • 3.SNP与单倍型关系分析
  • 4.相互关系的排列测验
  • 5.可以从HapMap上直接下载基因型信息

网址:http://www.broadinstitute.org/haploview

下载:Windows版:  HapInstall.exe
     Mac / Unix / Linux   Haploview.jar (安装:java -jar Haploview.jar)
     JAVA下载

在安装该软件之前,必须先安装一个“JAVA”,Haploview必须在JAVA环境下才能运行。

首先要选择要分析数据的类型,包括Linkage format 、 Haps format 、 Hapmap format、Phase format等。我们主要选Hapmap format这种类型。这种类型的数据可以直接从Hapmap网站(www.hapmap.org)中直接下载。

1,进入Hapmap网站。依次:Data/Generic Genome Browser(数据/通用基因组浏览器)。输入要查询的基因名称,如xrcc1,在右面选择“显示 SNP genotype data”, 点击配置。

Haploview软件使用,单倍型分析

根据需要选择CHB(中国汉族人群)。Output format(打开格式)选择Open directly in HaploView(输出后的文件可直接导入Haploview软件)。

Haploview软件使用,单倍型分析

点击“执行”,将文件保存到指定位置比如桌面。 打开haploview软件,选择 Hapmap format,点击browse,选择刚刚下载下来的文件。

Haploview软件使用,单倍型分析

左边的LD Plot表示该基因所以snp的的连锁情况,各个方块的颜色由浅至深(白——红),表示连锁程度由低到高,深红色表示完全连锁。

Haploview软件使用,单倍型分析

在方块上点击右键,可以看到连锁的具体信息。点击“tagger”,可以进一步选择标签snp。r2指的是两个位点间的统计学关联。一般认为两点间的r2大于或等于0.8,就可以用一个点代表另外一个点。

Haploview软件使用,单倍型分析

点击“Run Tagger”,即可出现符合条件的tagger snp(标签snp)。

—————————–

Hapmap网站简介:国际人类基因组单体型图计划(简称HapMap计划)是由加拿大、中国、日本、尼日利亚、英国和美国共同资助和合作进行的项目,旨在建立一个将帮助研究者发现人类疾病及其对药物反应的相关基因的公众资源。

13 回复
  1. zihong_he says:

    您好,我在使用时怎么老是出现“hapmap data format error NA18534″该如何解决?谢谢

    Lc. 回复:

    根据提示就是格式错了咯.请确认你的格式~~还有确认有没有选对格式…这软件我没深入研究..我只是介绍一些简单的.其它的要靠自己哦.

    zhoushasha 回复:

    你好 我的也出现了这种情况 不知道该怎么办了 能否指点一下 谢谢

  2. yanglei says:

    您好,我也是在使用时怎么老是出现“hapmap data format error NA18534″该如何解决?
    严格按照你上面的步骤来的都不行,好郁闷,外行哇,但是又必须用,好郁闷

    Lc. 回复:

    导入时格式选错了也有可能.. 再仔细点呗

  3. chen says:

    这个网站真好 [强]
    能不能也发一个“图文讲解如何使用Dnasp”呢?我现在在纠结怎么用它来计算基因流 [可爱]

    柳城 回复:

    没用过呢。。 有空玩玩咯。 不懂的话我就没办法咯。 :)

  4. hai says:

    不明白为什么block 图中的42,43 46 没有形成连锁程度高的板块呢(像别的有个三角)?

评论已关闭。