生物信息学作业(一):生物信息数据库信息检索

实验内容:

1、了解NCBI、DDBJ、EMBL上网的方法自学各网站相关介绍。

2、了解北大生物信息学中心等几大中文生物信息学网站。

3、了解一些生物论坛中有关生物信息学的部分。如:Biooo和Bioon。

4、利用NCBI的Entrenz查询系统和EBI的SRS检索文献和核酸或蛋白质序列。(phyA)并对照所学复习各字段的含义。

5、将所得记录的ID或Accession记录下来备用

 

作业:

1、记录相关网站及论坛网址(或如何查询到该网址的方法)。

(1)NCBI:http://www.ncbi.nih.gov/

(2)DDBJ :http://www.ddbj.nig.ac.jp/

(3)EMBL:http://www.embl.org/

(4)北大生物信息学中心 http://www.cbi.pku.edu.cn/chinese/

(5)中科院计算所智能信息处理重点实验室生物信息学:
http://www.bioinfo.org.cn/index.php

(6)北大生物信息中心:
http://www.cbi.pku.edu.cn/chinese/documents/bioinfor/overview/web1/1.html

(7)生物谷生物信息学:http://www.bioon.com/bioinfo.htm

(8)中国生物论坛:http://www.biooo.com/

(9)中国生物谷论坛:http://bbs.bioon.com/

(10)生物谷:http://www.bioon.com/

2、找到编码拟南芥(arabidopsis)phyA(光敏色素A)基因的核酸序列编号。并记录查找过程。

      答:序列编号:NM_100828。

查找过程:打开NCBI主页http://www.ncbi.nih.gov/–>在SEARCH中选择Nucleotide,后面输入phyA进行搜索–>结果如下:
Arabidopsis thaliana PHYA (PHYTOCHROME A); G-protein coupled photoreceptor/ signal transducer AT1G09570 (PHYA) mRNA, complete cds
gi|30681229|ref|NM_100828.2|[30681229]

3、使用pubmed检查关键词phyA,记录检索出的条目数目。

       答:共431条纪录

4,本博客也提供一个简单的序列查询工具:http://www.liucheng.name/entrez/

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