生物信息学作业(三)：核酸序列分析

核酸序列分析（一）

一、 实验内容

1、使用DNAMAN进行核酸基本信息分析

2、利用Internet中的资源对测序的核酸序列进行载体序列的识别与去除

3、核酸序列的电子延伸及电子表达谱分析

二、 作业

1、记录拟南芥phyA序列的序列组成

2、在VecScreen数据库中现有多少条载体序列的记录？

答：共2113条载体序列。

3、记录拟南芥phyA序列的电子表达谱分析结果和参与形成UniGene Cluster的EST序列的条目数目。

答：cDNA sources：roots ; seedling hypocotyl ; aboveground organs ; seed ; green siliques ; rosette plants ; rosette ; root
参与形成UniGene Cluster的EST序列的条目数目为65。

核酸序列分析（二）

一、 实验内容

1、ORF分析

2、PCR引物设计

3、利用sequin软件练习序列提交

4、核酸序列的电子基因定位

二、 作业

记录拟南芥phyA序列最长的ORF的起止区间。Frame +1, from187to3555, length:3369

2、记录得分最高的一对引物的碱基组成。

Sense Primer 5’-CGATTATCCACAGGGTT-3’ Anti-sense Primer 5’- TGGGAATCTCGTGGCG-3’

3、通过核酸序列的电子基因定位，phyA基因位于拟南芥的那条染色体上？
       第一条