BioPerl安装指南:Unix/Linux/Windows下的安装
其实BioPerl的功能很强大。但是用的人却不多。最根本的原因可能是，太多数人都还是新手，相对而言Perl很难懂，不懂Perl的人根本搞不懂BioPerl。而且BioPerl安装也很复杂。又不像Perl一样打包成一个安装包，一键安装。
到现在，我前前后后安装过BioPerl好几次，每次都觉得很复杂，很难懂。我又不是计算机专业出身的，真的是连最基本的计算机算法或原理都是不懂的。我学BioPerl的确感到吃力。所以，接触了BioPerl这么久，都只是用BioPerl从NCBI上拿序列。其它的功能还没真正接触。
接下来可能花些时间慢慢学习。首先先安装好Perl（http://www.perl.org/get.html）
ActivePerl 5.10.0.1005
| Platform | Download |
|---|---|
| Windows (x86) | Windows Installer (MSI) | AS Package (ZIP) |
| Windows (64-bit, x64) | Windows Installer (MSI) | AS Package (ZIP) |
| Mac OS X (Universal) | Mac Disk Image (DMG) |
| Linux (x86) | AS Package | RPM | Debian Package |
| Linux (x86_64) | AS Package | RPM | Debian Package |
| Solaris 8+ (SPARC) | AS Package | Solaris Package |
| Solaris 8+ (SPARC 64-bit) | AS Package | Solaris Package |
| Solaris (x86) | AS Package | Solaris Package |
| AIX 5 (PowerPC) | AS Package |
下面先来介绍一下怎样在Unix/linux下的安装BioPerl。复杂的方法我就不讲了，只讲我理解得来的。
1，用CPAN安装
>perl -MCPAN -e shell
cpan>d /bioperl/ CPAN: Storable loaded ok Going to read /home/bosborne/.cpan/Metadata Database was generated on Mon, 20 Nov 2006 05:24:36 GMT Distribution B/BI/BIRNEY/bioperl-1.2.tar.gz Distribution B/BI/BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz Distribution S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz
选择一个安装
cpan>install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz
或是用force强制安装。这样不会报错。推荐。
cpan>force install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz
接下来就是会出现一些选择。基本上我都是选Y[yes]，或A[all]。搞不错啥意思~最后安装好了测试一下。如运行perl Bio::Perl命令。有显示内容就是成功了。
2，用Build.PL来安装（此方法可能在windows下也有效。具体没测试过）
下载BioPerl，目前的最新版本是BioPerl-1.6.0
下载Build.PL，右键另存为。
接下来就是解压BioPerl，然后运行Build.PL安装。
>tar xvfz BioPerl-1.6.0.tar.gz >cd BioPerl-1.6.0 >perl Build.PL
在Windows下安装BioPerl
用GUI图形界面安装
1，用GUI图形界面安装。这个需要较新版本的ActivePerl才支持。先安装ActivePerl
2，安装后好运行”开始/所有程序/ActivePer/Perl Package Manager “。或是C:\Perl\bin\ppm.bat启动GUI图形界面
3，打开后，选择Edit >> Preferences。添加下面的站点。
| Name | perl 5.8 | perl 5.10 |
|---|---|---|
| BioPerl-Regular Releases | http://bioperl.org/DIST | http://bioperl.org/DIST |
| BioPerl-Release Candidates | http://bioperl.org/DIST/RC | http://bioperl.org/DIST/RC |
| Kobes | http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms | http://cpan.uwinnipeg.ca/PPMPackages/10xx/ |
| Bribes | http://www.Bribes.org/perl/ppm | http://www.Bribes.org/perl/ppm |
| tcool | http://ppm.tcool.org/archives/ | NA |
4，选择View >> All Packages
5，在搜索框输入bioperl
6，选择最新版本，右键安装（一般需要安装的有4个：bioperl;bioperl-db;bioperl-network;bioperl-run）。其它的应该没必要安装。
7，最后测试
有点相关的文章
- BioPerl指南 - 序列格式的转换 (0.944)
- Bioperl:对序列数据进行操作 (0.581)
- Bioperl:使用和解析 BLAST (0.581)
- Bioperl:Genbank Seq parsing script (0.581)
- Bioperl:解析blast结果 (0.581)
- php写入、删除、复制文件例子 (RANDOM - 0.500)
受教了！！1
:lol:
:) sudo apt-get install bioperl 即可！ubuntu默认源里是有的。
这句不错。呵。。 [强]
很详细啊~~~非常不错 开始都不会装的 现在全部装好咯~~~
I’m now not certain where you are getting your info, but great topic. I must spend some time finding out much more or understanding more. Thank you for excellent info I used to be looking for this information for my mission.
http://www.bioperl.org/wiki/Installing_BioPerl_on_Windows不知道是不是暂时的，kobes无法加载，但是貌似也不影响安装。。
很有用！