BioPerl安装指南:Unix/Linux/Windows下的安装

其实BioPerl的功能很强大。但是用的人却不多。最根本的原因可能是，太多数人都还是新手，相对而言Perl很难懂，不懂Perl的人根本搞不懂BioPerl。而且BioPerl安装也很复杂。又不像Perl一样打包成一个安装包，一键安装。

到现在，我前前后后安装过BioPerl好几次，每次都觉得很复杂，很难懂。我又不是计算机专业出身的，真的是连最基本的计算机算法或原理都是不懂的。我学BioPerl的确感到吃力。所以，接触了BioPerl这么久，都只是用BioPerl从NCBI上拿序列。其它的功能还没真正接触。

接下来可能花些时间慢慢学习。首先先安装好Perl（http://www.perl.org/get.html）

ActivePerl 5.10.0.1005

Platform	Download
Windows (x86)	Windows Installer (MSI) \| AS Package (ZIP)
Windows (64-bit, x64)	Windows Installer (MSI) \| AS Package (ZIP)
Mac OS X (Universal)	Mac Disk Image (DMG)
Linux (x86)	AS Package \| RPM \| Debian Package
Linux (x86_64)	AS Package \| RPM \| Debian Package
Solaris 8+ (SPARC)	AS Package \| Solaris Package
Solaris 8+ (SPARC 64-bit)	AS Package \| Solaris Package
Solaris (x86)	AS Package \| Solaris Package
AIX 5 (PowerPC)	AS Package

下面先来介绍一下怎样在Unix/linux下的安装BioPerl。复杂的方法我就不讲了，只讲我理解得来的。

1，用CPAN安装

>perl -MCPAN -e shell

cpan>d /bioperl/
CPAN: Storable loaded ok
Going to read /home/bosborne/.cpan/Metadata
Database was generated on Mon, 20 Nov 2006 05:24:36 GMT
Distribution B/BI/BIRNEY/bioperl-1.2.tar.gz
Distribution B/BI/BIRNEY/bioperl-1.4.tar.gz
Distribution S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz

选择一个安装

cpan>install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz

或是用force强制安装。这样不会报错。推荐。

cpan>force install S/SE/SENDU/bioperl-1.5.2_100.tar.gz

接下来就是会出现一些选择。基本上我都是选Y[yes]，或A[all]。搞不错啥意思~最后安装好了测试一下。如运行perl Bio::Perl命令。有显示内容就是成功了。

2，用Build.PL来安装（此方法可能在windows下也有效。具体没测试过）

下载BioPerl，目前的最新版本是BioPerl-1.6.0

下载Build.PL，右键另存为。

接下来就是解压BioPerl，然后运行Build.PL安装。

>tar xvfz BioPerl-1.6.0.tar.gz
>cd BioPerl-1.6.0
>perl Build.PL

在Windows下安装BioPerl

用GUI图形界面安装

1，用GUI图形界面安装。这个需要较新版本的ActivePerl才支持。先安装ActivePerl

2，安装后好运行”开始/所有程序/ActivePer/Perl Package Manager “。或是C:\Perl\bin\ppm.bat启动GUI图形界面

3，打开后，选择Edit >> Preferences。添加下面的站点。

Repositories to add
Name	perl 5.8	perl 5.10
BioPerl-Regular Releases	http://bioperl.org/DIST	http://bioperl.org/DIST
BioPerl-Release Candidates	http://bioperl.org/DIST/RC	http://bioperl.org/DIST/RC
Kobes	http://theoryx5.uwinnipeg.ca/ppms	http://cpan.uwinnipeg.ca/PPMPackages/10xx/
Bribes	http://www.Bribes.org/perl/ppm	http://www.Bribes.org/perl/ppm
tcool	http://ppm.tcool.org/archives/	NA

4，选择View >> All Packages

5，在搜索框输入bioperl

6，选择最新版本，右键安装（一般需要安装的有4个：bioperl;bioperl-db;bioperl-network;bioperl-run）。其它的应该没必要安装。

7，最后测试

6 7 月, 2009

柳城

Biocompute

ActivePerl, Bioperl, Linux, 指南