Fasta格式的详细说明
序列的Fasta格式是最经常看到的格式之一。下面简介说明一下什么是FASTA格式。
Fasta格式开始于一个标识符：”>”，然后是一行描述，下面是一行行的序列。每一行最好不要超过80个字母。
如：
>gi|532319|pir|TVFV2E|TVFV2E envelope protein ELRLRYCAPAGFALLKCNDADYDGFKTNCSNVSVVHCTNLMNTTVTTGLLLNGSYSENRT QIWQKHRTSNDSALILLNKHYNLTVTCKRPGNKTVLPVTIMAGLVFHSQKYNLRLRQAWC HFPSNWKGAWKEVKEEIVNLPKERYRGTNDPKRIFFQRQWGDPETANLWFNCHGEFFYCK MDWFLNYLNNLTVDADHNECKNTSGTKSGNKRAPGPCVQRTYVACHIRSVIIWLETISKK TYAPPREGHLECTSTVTGMTVELNYIPKNRTNVTLSPQIESIWAAELDRYKLVEITPIGF APTEVRRYTGGHERQKRVPFVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVQSQHLLAGILQQQKNL LAAVEAQQQMLKLTIWGVK
下面再说一下每个字母或字符所代表的含义。
核苷酸序列：
A --> adenosine M --> A C (amino)
C --> cytidine S --> G C (strong)
G --> guanine W --> A T (weak)
T --> thymidine B --> G T C
U --> uridine D --> G A T
R --> G A (purine) H --> A C T
Y --> T C (pyrimidine) V --> G C A
K --> G T (keto) N --> A G C T (any)
- gap of indeterminate length
氨基酸序列：
A alanine P proline
B aspartate or asparagine Q glutamine
C cystine R arginine
D aspartate S serine
E glutamate T threonine
F phenylalanine U selenocysteine
G glycine V valine
H histidine W tryptophan
I isoleucine Y tyrosine
K lysine Z glutamate or glutamine
L leucine X any
M methionine * translation stop
N asparagine - gap of indeterminate length
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顶一个！！
博主你好，请问你有fasta格式的转换软件吗？能不能给我传一份
我在barcoding是需要用
谢谢
没有软件阿~ 这个写个小脚本就行了
我写的不知道为什么老是出问题，转换以后的文件上传服务器老是报错
amino,keto等括号里都代表什么，能回答下吗