NCBI查找基因序列实例分析-羊GAPDH基因

之前也发过几篇关于在NCBI查找序列的,你可以在本博客里搜索一下。这方面问的人比较多。通过一些实例的分析,帮助大家更好的理解。

这里再讲解一下查找GAPDH基因的例子。

1,进入NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

2,选择Gene数据库(注,Gene数据库收录的基因序列相对较少。你也可以选择Nucleotide数据库,用相同的关键词搜索一下试试看)。

3,查找羊GAPDH基因,用关键词:GAPDH sheep

4,在Gene数据库搜索,出来就是羊GAPDH基因结果页面。在这个结果页面的Related Sequences区,看到

       Nucleotide    Protein 
mRNA  AF022183.1 AAB71712.1 
 
mRNA AF030943.1 AAB86435.1
mRNA AF035421.1 AAB88484.1 
mRNA AF272837.1 AAF91410.1
mRNA DQ152956.1 ABB02289.1
 
mRNA DQ386891.1 ABD52726.1 
mRNA U39091.1 AAA81516.1
mRNA U94889.1  AAC16069.1

由上面可以看出提交到羊GAPDH基因的mRNA序列有AF022183等八个。要查找序列也可以通过柳城博客提供的中文Entrez序列查询工具。如:AF022183

不过,这些mRNA都是partial cds,没有全长的基因。

4,在Nucleotide数据库搜索的结果也差不多,但就多了一些可能不相关的结果。但也有一个在Gene数据库搜索结果的链接。一样可以。

~完~

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