PubMed使用指南


PubMed简介

PubMed是美国国家医学图书馆 (NLM) 所属的国家生物技术信息中心 (NCBI) 开发的因特网生物医学信息检索系统,位于美国国立卫生研究院(NIH)的平台上。该系统通过网络途径免费提供包括MEDLINE在内的自1950年以来全世界70多个国家4300多种主要生物医学文献的书目索引和摘要,并提供部分免费和付费全文链接服务。

  • PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。
  • PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。
  • PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务,MEDLINE是一个拥有1亿字条以上的巨大数据库。
  • PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接,来自第三方的生物 学数据,序列中心的数据等等。
  • PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务,这个数据库归NCBI所有,其内容包括:DNA与蛋白质序列,基因图数据、3D蛋白构象,人类孟德尔遗传在线。

PubMed使用指南

1,  PubMed使用指南之:如何获取PubMed全文?

当很多人开始了解PubMed,并且逐渐得心应手的时候,都会面临一个棘手的问题,即如何获取全文?的确,PubMed真正向公众(public)免费开放的只是摘要部分,而绝大部分文章都没有全文提供。其实,只要我们掌握一些技巧,还是有可能获得一些文章的全文的。

一、PubMed

PubMed上约有5%的文献是可以免费看到全文的,通常这些文献的左上角会有一个Free Full Text的小标记( )。你只要点击这个图标,系统就自动链接入该文献的全文。但有两点值得注意的是,第一,很多时候,这个图标在PubMed处于显示简要(summary)状态下并不出现,而只有在选择显示摘要(abstract)时才出现。因此,如果你不只是泛泛浏览,而希望看到全文的话,我强烈建议你在display下拉菜单中选择摘要(abstract)状态。第二,有些时候,小图标上仅标着Full Text,而并没有Free字样,但仍然可以链接入全文,你不妨试一试(PubMed使用指南之:如何获取PubMed全文?PubMed使用指南之:如何获取PubMed全文? )。

二、免费提供全文的期刊

有些期刊就提供全文免费检索。比如著名的美国Science(科学)杂志。

方法如下:

  • (1)先登录Science网址:http://intl.sciencemag.org 。注意,不是www.sciencemag.org,否则你得不到全文。
  • (2)点击中间那个SEARCH按钮,就进入查询页了。你可以选择简单检索还是复杂检索。
  • (3)输入您要找的关键词(不一定是MESH标准主题词),再点击search就可以了。
  • (4)找出文章后,点击标题后的Full Text,就可以浏览原文了。

除了Science,其他一些期刊如美国科学院院报(PNAS),Genetics等都可以在网上获取全文,甚至能够下载文献的pdf格式,这样就和真正在期刊上的排版形式一模一样了。一般而言,那些相应期刊的网址是以org为域名的,往往提供免费的全文。例如上面提到的两家期刊的网址就分别是:www.pnas.org ;www.genetics.org 。

这里,我特别推荐一个提供免费全文的网站 High Wire Press。该网站号称拥有地球上最大最全的免费的科学文献全文数据库。输入网址http://intl.highwire.org/即可登录该网站,首页即列出几个生物医学相关栏目,包括:

  • 1、生命科学(包含:生物化学,细胞和分子生物学 / 微生物学与病毒学 / 免疫与免疫学 / 神经科学与神经生物学 / 生理学 / 植物学 / 其他生命科学 /)
  • 2、医学(包含:心血管医学 / 临床医学 / 精神病学与心理学 / 医学研究 /)
  • 3、自然科学以及其他科学栏目。

我个人的建议是,先在PubMed上检索,而仅以High Wire Press作为获取全文的一个途径而已。

三、利用一些高校图书馆网站

国内一些高等院校,尤其是一些名牌高校的图书馆经常和国外一些大的出版商签订协议,支付不菲的费用,从而可以检索并看到所有由这些出版商出版的期刊的全文。你可以就近到这些高校的图书馆的电子检索厅去检索,或者链接到大学图书馆的网站(不过一般高校的图书馆网站都不会对外开放的),然后通过该网站的链接进入相应的检索系统。

四、向第一作者索要

这种方法究竟效率如何,没有人统计过,不过在以上方法都没有用时不妨试一试。你可以根据作者的Email地址给作者去封信,这里,我总结的另一个技巧是,向第一作者而不是通信作者要全文。为什么这样说呢?我们知道,一篇医学文献往往有好几个作者。文献上有一个所谓的通信作者,通常是该实验室的老板。既然是老板,往往各种应酬套磁自然颇多,每天email信箱里的信杂七杂八一大堆,而那些明显无关紧要的讯问信件自然就遭受冷落了。

而文献的第一作者,即该实验的主要承担者,应酬不会那么多,有email来讯问或索取文献也乐于答复。那么又如何知道第一作者的email地址呢?其实这很容易,你只要到PubMed上显示出文献摘要,上面亦包括作者的单位,然后从google上找到该单位网址,从网站上通常就不难查找到作者的通信方法。

六、作者主页

有些作者会在他们的个人主页或实验室主页上放上所发表论文的全文,你也可以去看看。我就曾经为查找一篇文献的全文尝试了各种方法,最后竟然就在其作者的主页上意外地发现了。大有踏破铁鞋无觅处,得来全不费工夫之感觉。

2,  PubMed使用指南之:PubMed快速入门

如何开始在PubMed搜索?

首先看段教程视频: pubmedhelp.quicktourlogo

  1.  确认搜索的关键词
  2. 在搜索框里输入关键词
  3. 点击GO搜索。点击演试下面例子的搜索

Example(例子) 

What role does pain have in sleep disorders?

The key concepts are(关键词是):

Pain

sleep disorders

如何用作者的名字来搜索?

首先看段教程视频: pubmedhelp.quicktourlogo

在搜索框输入作者的姓氏(last name),再加上其它开头的第一个字母,点击GO搜索。

Example

Watson JD

Lederberg J

如果仅仅知道作者的last name,这样在搜索时加上一具限定的标签[au],如Watson[au]。用作者的全名搜索是用于2002年之前的文章,也就是文章里作者也是用全名时才可以的。

Example

Joshua Lederberg

Garcia Algar, Oscar

如何通过杂志名来搜索?

  1. 输入杂志名或杂志缩写
  2. 其它的想要搜索的关键词
  3.  点GO搜索

Example

To search for citations to articles about drosophila in the journal Molecular Biology of the Cell enter the following in the search box(例如要在Molecular Biology of the Cell杂志搜索关于drosophila的文章):

molecular biology of the cell drosophila

知道了具体的作者名、杂志名、文章的发行年月,怎样才能精确搜索到文章?

用PubMed的高级搜索

  1. 在PubMed主页的搜索框旁点击” Advanced Search(高级选项)”
  2. 输入作者名、杂志名等,选择其它的限定条件
  3. 点击search搜索

知道了具体的作者名、杂志名、文章的发行年月,怎样才能精确搜索到文章?

PubMed搜索后的结果怎样看?

搜索后的结果以summary format显示,默认情况下每页显示20条结果,最近提交的文章将优先显示的前面。

PubMed搜索后的结果怎样看?

怎样才能看到文章的摘要?

在搜索的结果点击文章的标题,就能看到文章的摘要。如果有标示着“No abstract available”,表示这篇文章在PubMed没有摘要。

怎样才能下载PubMed文章?

在搜索结果的summary format界面,是没有提供电子版的文章下载的。但在文章的摘要界面有提供全文下载的链接。有的是免费的,有的是需要付费才能下载的。这部分的详细内容请参阅:如何获取PubMed全文?

怎样保存PubMed搜索的结果?

这里有几种办法保存在PubMed搜索的结果,包含用Clipboard临时保存结果(保存时间为8个小时和最多保存500个结果)和用My NCBI(需要注册)来永久保存结果等。

  1. 在需要保存的文章前打上勾
  2.  用Send to菜单,选择Clipboard,看图。
  3. 要查看保存的结果,点击Clipboard菜单。

另外,你还可以用其它方法来保存;

  1. 用E-mail来订阅搜索的结果。看上面,在Send to菜单选择Email
  2. 直接把搜索结果的页面收藏
  3. 另存为文件,在Send to菜单选择Text或File
  4. 用RSS来订阅。在Send to菜单选择RSS

 

搜索后的结果太多,怎样才能挑选需要的?

  1. 用更精确的关键词来代替一般的搜索关键词
  2.  再加搜索的关键词
  3. 用PubMed的Limits功能来筛选搜索的结果

Example

If the search pain sleep disorders retrieves too many citations consider adding more specific search terms to focus your results such as facial pain sleep disorders.

(例如搜索pain sleep disorders retrieves太多结果,可以用facial pain sleep disorders试试)

PubMed搜索的结果太少,如何找到更加相关的文章?

1,  在搜索的结果,点击Related Articles的链接。

搜索的结果太少,如何找到更加相关的文章?

2,  去掉无关的关键词再重新搜索

Example

If your search, facial pain sleep disorders, retrieves too few citations consider removing search terms to broader the search and retrieve more citations such as, pain sleep disorders.

(与上面的例子相反,用facial pain sleep disorders如果结果太少,再换pain sleep disorders试试)

找不到我所需要的,PubMed是怎样执行搜索工作的?

在搜索时,PubMed会自动修改搜索的关键词以提高搜索的能力。有时候这种修改不一定符合你的想法。想要查看PubMed是如何修改的,点击Detail菜单查看详细,并且你也可以编辑。

找不到我所需要的,PubMed是怎样执行搜索工作的?

Example

If you search for cystic fibrosis by its abbreviation cf the cf search retrieves some citations that do not discuss cystic fibrosis. To see why PubMed retrieved these citations, click Details to see that PubMed translated cf to search for citations about cerebrospinal fluid or cf.

例如你用cf(囊肿性纤维化cystic fibrosis的缩写)关键词搜索,但结果中却没有出现关于cystic fibrosis 的。这是因为PubMed会自动把cf关键词转换为搜索cerebrospinal fluid(脑脊髓液,缩写也是cf)。(这也就提醒你搜索时尽量不要使用缩写。最好用全名称。)

我需要更加的帮助和训练?

联系客户支持:用PubMed Help Desk在线提交问题。

NLM的客户服务热线:1-888-FIND-NLM (1-888-346-3656)

星期一到星期五: 8:30 a.m.-8:45 p.m. EST

星期六: 9:00 a.m.-5:00 p.m. EST

相关PubMed文章

PubMed新增特性: Entrez系统扩展组件更有利于检索

用RSS订阅NCBI-PubMed文献

~完~


《 “PubMed使用指南” 》 有 7 条评论

  1. 经常来看你的博客,不留言厚道,呵呵。
    谢谢 [强] [握手]