微生物基因组注释和基因预测工具:Glimmer

Glimmer简介

Glimmer用于微生物DNA的基因预测，特别是细菌、古细菌、和病毒等的基因组。Glimmer（Gene Locator and Interpolated Markov ModelER）采用内插马尔可夫模型（interpolated Markov models，IMMs）来识别编码区域和从非编码的DNA中区分出来。

关于IMM的详细介绍，你可以去看这两篇文献： Nucleic Acids Research paper on Glimmer 1.0 and in our subsequent paper on Glimmer 2.0

TIGR（Institute for Genomic Research，美国基因组研究所）就是把Glimmer作为预测微生物基因的主要工具。至令已经预测了超过100种细菌的基因组。

但是这个软件并不适合真核生物。真核生物有其它专门的软件，这在以后介绍。

Glimmer主页

http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/

Glimmer下载（用于类unix系统）

Download Glimmer v3.02： http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/glimmer302.tar.gz

Glimmer安装

wget http://www.cbcb.umd.edu/software/glimmer/glimmer302.tar.gz (下载)
tar zcvf glimmer302.tar.gz （解压，解压后目录为glimmer3.02）
cd glimmer3.02/src （进入src目录）
make （安装）

Glimmer用法

glimmer3.02/docs/notes.pdf (docs目录下的notes.pdf里有详细的用法介绍)。或是以后有需要再详解。

Glimmer的在线运行

主页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi

直接把微生物或病毒的基因组序列（Fasta格式）粘贴在文本框就行了。Glimmer程序预测基因比较严格，例如相对于ORF finder。这两个程序的比较，下次说明。