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用Perl下载NCBI的Blast库(Blastdb)

有时你要构建本地的Blast,需要用到NCBI已经构建好的Blastdb。可以用FTP下载。这里NCBI还提供一个Perl程序来下载NCBI的blast库。

update_blastdb.pl – Download pre-formatted BLAST databases from NCBI。右键另存为 阅读更多

BioPerl指南:Unix/Linux/Windows下的安装

BioPerl安装指南:Unix/Linux/Windows下的安装

其实BioPerl的功能很强大。但是用的人却不多。最根本的原因可能是,太多数人都还是新手,相对而言Perl很难懂,不懂Perl的人根本搞不懂BioPerl。而且BioPerl安装也很复杂。又不像Perl一样打包成一个安装包,一键安装。

到现在,我前前后后安装过BioPerl好几次,每次都觉得很复杂,很难懂。我又不是计算机专业出身的,真的是连最基本的计算机算法或原理都是不懂的。我学BioPerl的确感到吃力。所以,接触了BioPerl这么久,都只是用BioPerl从NCBI上拿序列。其它的功能还没真正接触。

接下来可能花些时间慢慢学习。首先先安装好Perl(http://www.perl.org/get.html阅读更多

终于明白表单(Form)get和post用法的区别

有个界面前段时间写好的,功能是通过Accession分析基因的Update情况。一直都在用。今天下午用时,却一直没反应,纳闷。发现当提交的数据量比较多时才会有问题,几十个以内的数据都是正常运行。

查到程序也没有限制数量的。纳闷。最好还是怀疑到了Form的method 属性上。把 阅读更多

bioperl提供序列模块(Seq和SeqIO)的使用

在对序列进行读写操作的时候需要对序列进行格式化,不同格式之间的转换往往是非常复杂的过程,虽然这些是perl程序的长项,即模式匹配和字符操作,但在写一个较长的程序的时候怎样提供一个规范化的接口,不仅使得输入变得轻松,在不同输出要求的时候通过修改一两个参数完全适应不同的情况。

其实这样的接口很多,很多程序包例如emboss、cgc都有这样的功能,当然也可以在perl程序中调用,但bioperl提供的可能是最强大也是最简单的解决方案。 阅读更多

Cygwin在Windows上提供一个完整的UNIX shell

Cygwin在Windows上提供一个完整的UNIX shell

windows和linux各有其优越性,可以安装在同一台电脑上,装双系统要重启转换麻烦,安装虚拟机也需要配置很多东西。

cygwin是一个在windows平台上运行的unix模拟环境,是cygnus solutions公司开发的自由软件(该公司开发了很多好东西,著名的还有eCos,不过现已被Redhat收购)。

它对于学习unix/linux操作环境,或者从unix到windows的应用程序移植,或者进行某些特殊的开发工作,尤其是使用gnu工具集在windows上进行嵌入式系统开发,非常有用。随着嵌入式系统开发在国内日渐流行,越来越多的开发者对cygwin产生了兴趣。 阅读更多

linux:awk中的NR,FNR

关键词: NR,FNR
FNR表示当前文件的记录数 NR表示到此为止的记录数

对于单个 文件NR 和FNR 的 输出结果一样的 : 阅读更多

linux:crontab命令用法

crond 是linux用来定期执行程序的命令。当安装完成操作系统之后,默认便会启动此任务调度命令。crond命令每分锺会定期检查是否有要执行的工作,如果有要执行的工作便会自动执行该工作。而linux任务调度的工作主要分为以下两类:

1、系统执行的工作:系统周期性所要执行的工作,如备份系统数据、清理缓存
2、个人执行的工作:某个用户定期要做的工作,例如每隔10分钟检查邮件服务器是否有新信,这些工作可由每个用户自行设置

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