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如何用COBALT构建本地的多序列比对(Linux系统)

COBALT是一个蛋白的多序列比对工具,也用到RPS-BLAST, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具,并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。关于在线COBALT的用法看另一篇文章”  COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具) ”。

这里再讲解如何构建本地的COBALT多序列比对,在Linux系统的配置步骤如下: 阅读更多

php写入、删除、复制文件例子

php写入文件例子1:

<?php
$filename = 'txt/write.txt';
//定义要写入的内容
$content = "李先生 36 山东\n\r王先生 49 湖南\n\r孙先生 40 河北";
//使用is_writable()函数确定文件存在并且可写
if(is_writable($filename)){
//把文件写入到文件尾,应选择操作标记a 阅读更多
graphics

Bioperl:把Genbank格式的序列转换为基因结构图

下面是一个Bioperl的小程序,可以把Genbank格式的序列转换为png图片-基因结构图,显示序列的长度,CDS区,exon区,STS区等。简单地讲就是把该序列的Genbank格式里的信息用图片表示。 这个程序来源于网络。

下面举个例子,以NM_172587为例。 阅读更多

PHP中文件读写操作

你一定用过“网络硬盘”吧,利用它可以按自己的需要新建文件夹来分门别类地把自己的一些文件保存起来,有的还可以在线编辑文件。

  PHP中提供了一系列的I/O函数,能简捷地实现我们所需要的功能,包括文件系统操作和目录操作(如“复制[copy]”)。下面给大家介绍的是基本的文件读写操作:(1)读文件;(2)写文件;(3)追加到文件。 阅读更多