生物信息学 – 柳城博客

生物信息学部分已转移至yunbio.com

2010年12月7日/32 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

嗨，大家好！！

这里博客已经好久不更新 “生物信息学” 部分的文章了。以后也会比较少。生物信息学部分已转移至yunbio.com（云生物）。

云生物，生物信息学的快速问答系统。阅读更多 →

2010年05月18日/48 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

Blast是真是非常常用的一个生物信息工具。只要是接触过序列的朋友，没玩过Blast，那好像是不大可能的。

Blast基本上也就是生物信息的入门工具。虽说是入门，但要真正学好，还是蛮复杂的。但是常用的，还是要了解一些的。

今天就来汇总一下，关于Blast的文章。包括Blast介绍。Blast的下载。本地Blast。与NCBI的Blast。

都是热门啊。阅读更多 →

2010年04月30日/20 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

rebecca 童鞋似乎对画出漂亮的统计图很感兴趣。

详细请访问上面的链接。阅读更多 →

2010年02月2日/19 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

批量做Blast的问题还是蛮多网友问起的。既然这样，在这里就稍微讲讲吧。其它的Blast基础知识就略过了，不懂的就去Google本地Blast用法。

这篇文章默认为你已有了Blast的基础。阅读更多 →

2010年02月2日/6 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

在前些日子，我已经发表过一篇文章，指出Blast较低版本的一个Bug，是非标准密码子的问题。有兴趣的请围观：http://liucheng.name/1109/

最近有一个同事，在使用Blast时又发现一个奇异的结果。如用下面的氨基酸序列做Blastp：阅读更多 →

2009年11月13日/20 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

NCBI系统维护，北京时间：2009/11/14 4:00AM ~ 11/15号 9:00AM

在这段时间期间，PubMed、Blast等服务将受到影响，出现间隔性地缓慢（如果出现NCBI上不了也是属于正常的）。

还有，像数据提交这类系统，如BankIt，GEO, SRA，PubChem等将会暂时停用。阅读更多 →

2009年11月3日/8 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。关于BLAST程序的详细介绍看： http://liucheng.name/1008/

在做BLAST序列比对的过程中，发现了一个比较奇异的问题。阅读更多 →

2009年11月2日/3 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

这里所说的改版是首页版面的改版。截几张图。

NCBI是美国国立卫生院建设的关于生物医学网站，提供文献、基因序列、蛋白序列等的功能性数据库，其Blast分析功能和PubMed文献为广大科研工作者提供了极大的方便。

NCBI的首页正在准备改版。过不久，就会把新的放出来。看两张图对比一下。阅读更多 →