Bioinformatics,生物信息学

生物信息学部分已转移至yunbio.com

嗨,大家好!!

这里博客已经好久不更新 “生物信息学” 部分的文章了。 以后也会比较少。生物信息学部分已转移至yunbio.com(云生物)。

云生物,生物信息学的快速问答系统。 阅读更多

Blast的汇总,从入门到应用

Blast是真是非常常用的一个生物信息工具。只要是接触过序列的朋友,没玩过Blast,那好像是不大可能的。

Blast基本上也就是生物信息的入门工具。虽说是入门,但要真正学好,还是蛮复杂的。但是常用的,还是要了解一些的。

今天就来汇总一下,关于Blast的文章。包括Blast介绍。Blast的下载。本地Blast。与NCBI的Blast。

都是热门啊。 阅读更多

如何批量Blast

批量做Blast的问题还是蛮多网友问起的。既然这样,在这里就稍微讲讲吧。其它的Blast基础知识就略过了,不懂的就去Google本地Blast用法

这篇文章默认为你已有了Blast的基础。 阅读更多

blast_ncbi

Blast2.2.21版本的一个BUG

在前些日子,我已经发表过一篇文章,指出Blast较低版本的一个Bug,是非标准密码子的问题。有兴趣的请围观:http://liucheng.name/1109/

又一个BUG的发现

最近有一个同事,在使用Blast时又发现一个奇异的结果。如用下面的氨基酸序列做Blastp: 阅读更多

tice: NCBI系统维护

Notice: NCBI系统维护

NCBI系统维护,北京时间:2009/11/14  4:00AM ~ 11/15号 9:00AM

在这段时间期间,PubMed、Blast等服务将受到影响,出现间隔性地缓慢(如果出现NCBI上不了也是属于正常的)。

还有,像数据提交这类系统,如BankIt,GEO, SRA,PubChem等将会暂时停用。 阅读更多

NM_001039848 的 bl2seq result

发现低版本Blast程序的一个BUG与非标准密码子

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。关于BLAST程序的详细介绍看: http://liucheng.name/1008/

 在做BLAST序列比对的过程中,发现了一个比较奇异的问题。 阅读更多

NCBI首页(即将成为历史)

NCBI和PubMed改版

这里所说的改版是首页版面的改版。截几张图。

NCBI简介

NCBI是美国国立卫生院建设的关于生物医学网站,提供文献、基因序列、蛋白序列等的功能性数据库,其Blast分析功能和PubMed文献为广大科研工作者提供了极大的方便。

详细:NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介

NCBI的首页正在准备改版。过不久,就会把新的放出来。看两张图对比一下。 阅读更多