Bioinformatics,生物信息学

序列的标识符:GI number和Accession.Version

GI number及Accession.Version就像是序列的身份证号码一样。通过这个号码,我们能在NCBI/DDBJ/EMBL等数据库查到该序列的数据。

问题:
为什么会有两种类型的序列标识符(GI number、Accession.Version),两者之间又有什么不同呢? 阅读更多

中文Entrez序列查询界面

最近经常泡NCBI,头都痛了。不过,还是学到了一些东西的。
看了一些NCBI的PowerScripting,太复杂了,目前只能看懂了一些。也下载了一些教程,无奈头痛呀,好多看不明白。
虽然如此,成果还是有一些的。也不枉这几天的学习。
了解PowerScripting之后,发觉这套系统真是太强大了。不可思议呀。真想马上学会。 阅读更多

human_genome

人类和老鼠基因组测序进展

最后更新时间:2008年6月5号

The Human Genome

Information concerning maintenance and continuing improvement of the human genome. 阅读更多

NCBI Entrez Programming Utilities (E-utilities) 教程收藏

近来发现了NCBIE-utilities软件,不可思议的程序。实现自动化的大批量的从Entrez数据库下载数据。并且提供了几种常用的语言以供选择,像Perl, Python, Java, 和 C++等。真是太强大了。也挺复杂的。先收藏教程,再慢慢学习吧。 阅读更多

model-of-entrez-databases

NCBI:Entrez数据库及相互关系模型图

Model of Entrez Databases
模型图显示了Entrez各个数据库及各个数据库之间的相互关系。圆形表示每个数据库,不同的颜色代表了数据库大概的记录数。当鼠标放在圆圈上面时,将会显示与该数据库相关的其它数据库,并指出两个数据库间有多少个链接数存在。
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arabidopsis_thaliana

如何在NCBI等网站下载拟南芥的全基因组序列?

一开始接触生物信息学时,首先接触的就是拟南芥的序列,对这个还是比较有些怀念的。现在每天接触的都是人和老鼠的序列。

NCBI基因组的页面是:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Genomes/,这里列出了一些生物的全基因组资源。基本上算是齐全的了。 阅读更多

NCBI PowerScripting:Ebot

Ebot is an interactive tool that generates a Perl script that implements an E-utility pipeline. Ebot will guide you step by step in building the pipeline and then will download the Perl script to your computer. 阅读更多

NCBI:RSS订阅目录

List of Web/RSS feeds available at the National Center for Biotechnology Information (NCBI).
原文链接:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/feed/ 阅读更多