Bioinformatics,生物信息学
人类基因组 我们的DNA 前言
/2 评论/在: Lc.专题整理, 生物信息学 /通过: 柳城即将到来:15分钟,100美元测人类基因组
/7 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城Uniprot,GO,GenBank,IPI等ID的一一对应
/在: 生物信息学 /通过: 柳城Compute pI/Mw:计算序列等电点和分子量的工具
/5 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城EXPASY简介
EXPASY是由瑞士生物信息研究所(SIB)维护的蛋白组学分析平台,侧重于蛋白序列,结构及2-D 电泳数据的分析。
Compute pI/Mw tool
下面先来介绍其中一个小工具,
Compute pI/Mw tool,计算序列的等电点和分子量/theoretical pI (isoelectric point) and Mw (molecular weight)。 阅读更多 →
PubMed使用指南
/7 评论/在: 每周精选, 生物信息学 /通过: 柳城CGAP:NCBI癌症基因组剖析计划
/在: 生物信息学 /通过: 柳城CGAP,The Cancer Genome Anatomy Project
CGAP简介
The goal of the NCI’s Cancer Genome Anatomy Project is to determine the gene expression profiles of normal, precancer, and cancer cells, leading eventually to improved detection, diagnosis, and treatment for the patient. By collaborating with scientists worldwide, CGAP seeks to increase its scientific expertise and expand its databases for the benefit of all cancer researchers.
CGAP计划是一项由NCI建立和主持的交叉学科的计划,用来产生用于解码肿瘤细胞的分子结构所需的信息和技术工具。CGAP被分为五个互补的自主部分,每一个都有它自己的目的,信息学工具和资源。The Human Tumor Gene Index (hTGI)人类肿瘤基因索引指明了在人类肿瘤发生过程中的基因表达。Molecular Profiling (MP)分子表达谱展示了用前列腺作为例子来从分子水平分析人类组织样品的概念。The Cancer Chromosome Aberration Project (CCAP)癌症染色体变异计划(CCAP)描述了同恶性转移相关的染色体改变。The Genetic Annotation Index (GAI)遗传注解索引指明和描绘了同癌症相关的多态性。The Mouse Tumor Gene Index (mTGI)小鼠肿瘤基因索引(mTGI)确定了在小鼠肿瘤发生过程中的基因表达。 阅读更多 →
Fastq格式的详细说明
/3 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城看清楚,这里所说的是Fastq格式,不是Fasta格式,要了解Fasta格式,请看Fasta格式的详细说明。Fastq格式也是序列格式中常见的一种。下面简单介绍一下FASTQ格式,
A FASTQ file normally uses four lines per sequence. Line 1 begins with a ‘@’ character and is followed by a sequence identifier and an optional description (like a FASTA title line). Line 2 is the raw sequence letters. Line 3 begins with a ‘+’ character and is optionally followed by the same sequence identifier (and any description) again. Line 4 encodes the quality values for the sequence in Line 2, and must contain the same number of symbols as letters in the sequence. 阅读更多 →