每周精选

不可思议,有个文章页面比首页的PR值还高!!

不可思议,有个文章页面比首页的PR值还高!!

惊讶~不可思议。

今晚用IE浏览器(装有Google工具条的)浏览柳城博客时,发现了一件令人大跌眼镜的事情。

网站里有个文章页面竟然比首页PR值还要高。首页才1,可是这个页面达到3啦!!!

怎么会有这种事情?? 废话少说,上图。 阅读更多

SMART入门,蛋白结构和功能分析

SMART入门,蛋白结构和功能分析

SMART介绍

SMART (a Simple Modular Architecture Research Tool) allows the identification and annotation of genetically mobile domains and the analysis of domain architectures. More than 500 domain families found in signalling, extracellular and chromatin-associated proteins are detectable. These domains are extensively annotated with respect to phyletic distributions, functional class, tertiary structures and functionally important residues. Each domain found in a non-redundant protein database as well as search parameters and taxonomic information are stored in a relational database system. User interfaces to this database allow searches for proteins containing specific combinations of domains in defined taxa. For all the details, please refer to the publications on SMART.

SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/),可以说是蛋白结构预测和功能分析的工具集合。简单点说,就是集合了一些工具,可以预测蛋白的一些二级结构。如跨膜区(Transmembrane segments),复合螺旋区(coiled coil regions),信号肽(Signal peptides),蛋白结构域(PFAM domains)等。 阅读更多

【弦动我心】你在地铁口吗

(NJ:蚂蚁大家好,欢迎来到弦动我心,我是蚂蚁。我们生活在各个不同的城市,但我们可能有着同样日见麻木的内心。可能我们会对生活在我们身边的人和物不再在意,似乎发现美的眼睛也不会属于成年了。直到有一天我看到了一丝温暖……

“天使在地下铁入口跟我说再见的那一年,我渐渐看不见了。15岁生日的秋天早晨,窗外下着毛毛雨,我喂好我的猫,六点零五分,我走进地下铁。”那是大学时不知谁随手放在寝室里的《地下铁》。翻开几米的《地下铁》,我们可以惊异的发现绮丽的气味、声音、色彩、影像在眼前一幕一幕地映过。跟着书中失明的小女孩,一起听见充满着颜色的声音,一起看见会发出声音的颜色。于是我们在都市的转角、在树梢的微风、在向地底的入口、在往天空的出口,从这一站到另一站,看到了曾经想过,或未曾想过的世界与光影。 阅读更多

今天收到Google Adsense的PIN识别码

今天收到Google Adsense的PIN识别码

不赖。今天终于收到传说中的Adsense的PIN识别码。

从6月7号Google Adsense发来一封提醒PIN识别码已寄出的邮件,我就天天在等这封信。不过,时间也有够久的。到今天都足有三个星期了。网上有些网友都有过收不到PIN码的经历。所以这几天我也有些担心。

今天下午收到这封期待已久的信,还真惊讶不少。既然还是越洋过来的。三个星期,值。

下面的图片是网上搜来的。自己就懒得拍了,暂时也没有相机。带有Google LOGO的明信片,非常不错。值得收藏。 阅读更多

Citation Sensor

Entrez系统扩展组件更有利于检索

Entrez系统增加新特征

在2009年3月4月份的NCBI NEWS 分别有提到了Entrez系统新的一些特征面貌。此次改版后,在文献和序列数据库,栓索的结果增加了一些相关的和可能感兴趣的链接,更加有利于用户的检索,更容易搜到期望的结果。

这些新的扩展组件叫做discovery components,主要有三种类别:Sensors, Database Ads, 和Analysis Tools

Sensors组件在搜索的同时提供一种潜在的更加相关的结果以供选择。对PubMed数据库而言,Citation Sensor是当用户在PubMed数据库搜索文献时显示的;Accession Sensor是用户在PubMed数据库搜索序列数据库相关的数据库显示的,提供在序列数据库的搜索结果;还有一个Hot Topic Sensor,也是在PubMed数据库栓索结果中显示的,例如最近显示是有关H1N1的一些信息。这个是经常改变的,以当前的热门话题为参考。Gene Sensor,精确匹配和显示Gene数据库的结果,开始只在PubMed数据库试用,现在protein 和 nucleotide 数据库一样支持。 阅读更多

学习怎样做一个简单的酶切图yeast

学习怎样做一个简单的酶切图

酶切图谱(Macrorestriction Map):描述限制性内切酶的酶切点的位置和距离信息的图谱。

这里简单介绍一下用DanMan软件怎样做限制性酸切图。这是以前上生物信息学(选修课来着)这门课程时学到的。我并不需要用到这些,所以对于这个没有深入研究。这里只是简单介绍一下做酶母菌质粒的酶切图。有不对的请指出。

画酶切图基本的思路就是,找到全长的序列(最好是GenBank格式),然后借助软件画图。就是这样的简单。 阅读更多

primer-blast

Primer-BLAST:NCBI的引物设计和特异性检验工具

Primer-BLAST介绍

Primer-BLAST,在线设计用于聚合酶链反应(PCR)的特异性寡核苷酸引物。Primer-BLAST可以直接从Blast主页(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)找到,或是直接用下面的链接进入:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/ 阅读更多

mega4

MEGA4的中文使用说明

产生背景及简介

随着不同物种基因组测序的快速发展,产生了大量的DNA 序列信息,这时就需要一种简便而快速的统计分析工具来对这些数据进行有效的分析,以提取其中包含的大量信息。MEGA 就是基于这种需求开发的。MEGA 软件的目的就是提供一个以进化的角度从DNA 和蛋白序列中提取有用的信息的工具,并且,此软件可以免费下载使用。 阅读更多