每周精选

bm-keyword-link

博客关键词链接插件,完美支持中文和英文关键词

1,前言

在4月份时,为一个博客关键词链接插件(BM keyword link)修正了一些细节,也添加了支持中文关键词的功能。原先的发布页面看:为你的wordpress添加内链与外链的插件(完美支持中文) 。发布之后,也得到了一些关注。一直以来,反响都还是不错的,也没发现其它的Bug。

直到昨天jackly找到我,说发现了BM keyword link的Bug,就是容易跟其它插件有冲突,如跟WordPress Wiki插件就有冲突。“很简单。银河系这个词已经被WordPress Wiki这个插件定义了链接。结果keywordlink又插了一脚。在链接里加了span这些乱七八糟的。所以我觉得只要让keywordlink不干涉WordPress Wiki产生的链接就OK了。” 阅读更多

COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具)

COBALT:NCBI在线蛋白多序列比对(比ClustalW还强大的工具)

COBALT is a multiple sequence alignment tool that finds a collection of pairwise constraints derived from conserved domain database, protein motif database, and sequence similarity, using RPS-BLAST, BLASTP, and PHI-BLAST.
Pairwise constraints are then incorporated into a progressive multiple alignment.

COBALT是一个蛋白的多序列比对工具,其实用法跟ClustalW是很像的。算法应该是不一样的。在我看来,COBALT是应该更加精确的。因为COBALT在多序列比对的同时,也用到RPS-BLAST, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具,并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。最后比对的结果可以生成系统进化树。COBALT算是NCBI在线Blast功能的一个的延伸。 阅读更多

精选资料:2009 H1N1流感病毒序列

精选资料:2009 H1N1流感病毒序列

柳城博客:本文翻译自NCBI News, May 2009)2009年全球H1N1流感突然爆发,NCBI作为流感病毒序列的储存库,一直为加快序列的发布作出最大的努力。现在,你可以取到最新的H1N1流感病毒的序列,并且在一个专门为H1N1流感病毒设计的页面中找到最新的信息。 阅读更多

primer-premier-5.0用法

引物设计的原理与Primer Premier5.0用法

一、设计原理
1.选择合适的靶序列:设计引物之前,必须分析待测靶序列的性质,选择高度保守、碱基分布均匀的区域进行引物设计
2.长度:一般来说,寡核苷酸引物长度为15-20bp. 阅读更多

graphics

Bioperl:把Genbank格式的序列转换为基因结构图

下面是一个Bioperl的小程序,可以把Genbank格式的序列转换为png图片-基因结构图,显示序列的长度,CDS区,exon区,STS区等。简单地讲就是把该序列的Genbank格式里的信息用图片表示。 这个程序来源于网络。

下面举个例子,以NM_172587为例。 阅读更多

生物信息学教程

【生物信息学教程】1-7章目录导航

利用星期天的空余时间,转载了【生物信息学基础教程】,对于初学者还是挺不错的。(来源于网络,如有版权问题,请联系博主)

撰稿人:黄英武 (解放军306医院) 过涛(清华大学生物信息学研究所)

审稿人:孙之荣(清华大学生物信息学研究所)

下面是【生物信息学基础教程】第一到第七章的目录导航

http://www.liucheng.name/?tag=%E7%94%9F%E7%89%A9%E4%BF%A1%E6%81%AF%E5%AD%A6%E6%95%99%E7%A8%8B 阅读更多

NCBI在线blast页面

NCBI在线Blast的图文说明

BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 阅读更多