WordPress升级到2.8,标签问题与后台常规选项问题分析

今早把WordPress升级到2.8,升级过程异常顺利,也非常地快。一键搞定,这让我有点意外。这次升级等了一个多星期。主要是等插件差不多都升级到都支持2.8版本的,看我原先的文章:wordpress升到2.8,继续观望。但是还是几个到现在还迟迟不升级的。本以为是已经支持WordPress2.8的了。

分享一下我的升级过程: 阅读更多

学习怎样做一个简单的酶切图yeast

学习怎样做一个简单的酶切图

酶切图谱(Macrorestriction Map):描述限制性内切酶的酶切点的位置和距离信息的图谱。

这里简单介绍一下用DanMan软件怎样做限制性酸切图。这是以前上生物信息学(选修课来着)这门课程时学到的。我并不需要用到这些,所以对于这个没有深入研究。这里只是简单介绍一下做酶母菌质粒的酶切图。有不对的请指出。

画酶切图基本的思路就是,找到全长的序列(最好是GenBank格式),然后借助软件画图。就是这样的简单。 阅读更多

bioperl提供序列模块(Seq和SeqIO)的使用

在对序列进行读写操作的时候需要对序列进行格式化,不同格式之间的转换往往是非常复杂的过程,虽然这些是perl程序的长项,即模式匹配和字符操作,但在写一个较长的程序的时候怎样提供一个规范化的接口,不仅使得输入变得轻松,在不同输出要求的时候通过修改一两个参数完全适应不同的情况。

其实这样的接口很多,很多程序包例如emboss、cgc都有这样的功能,当然也可以在perl程序中调用,但bioperl提供的可能是最强大也是最简单的解决方案。 阅读更多

music

【弦动我心】阴霾里的音乐

(NJ:蚂蚁 大家好,这里是中国国际广播电台国际在线为你送上的音乐杂志,弦动我心。我是蚂蚁。这几日,北京的天气越发变化多端 ,在一段日子的高温在连绵细雨涤荡下,终于温和了。早上很早就被电话铃给吵醒了,我听见外面的鸟鸣声,清脆的唧唧杂杂,但若仔细听可以听到院子外面小工厂的电机声音,一点也不动听,但却真实。

(阴天)

我在清理房间里面的书,书桌、电脑桌、床头柜、茶几,到处有我看的专业书、资料书和闲书、杂志,一本本的抚手摸过,里面有文字记录、划线和书签,相当一段漫长的日子里,是它们陪伴着我。其实清理出来的一些专业书、考试书、资料书,因具有实效性的而没有什么太大的作用了,看着自己的笔记,我想起了往昔的日子,想起曾经教授过的老师和同坐一窗的同学,求学路上的困惑与从中的快乐。 阅读更多

MoSDi–基序的统计和预测

MoSDi–基序的统计和预测

什么是基序

基序(Motif),是DNA、蛋白质等生物大分子中的保守序列。例如,在反式作用因子的结构中,基序一般指构成任何一种特征序列的基本结构,作为结构域中的亚单元,其功能是体现结构域的多种生物学作用。

MoSDi软件(Motif Statistics and Discovery)

在生物学上,我们经常需要预测一个或几个同源的DNA、RNA、或氨基酸序列的基序。这里主要有两个问题: 阅读更多

Cygwin在Windows上提供一个完整的UNIX shell

Cygwin在Windows上提供一个完整的UNIX shell

windows和linux各有其优越性,可以安装在同一台电脑上,装双系统要重启转换麻烦,安装虚拟机也需要配置很多东西。

cygwin是一个在windows平台上运行的unix模拟环境,是cygnus solutions公司开发的自由软件(该公司开发了很多好东西,著名的还有eCos,不过现已被Redhat收购)。

它对于学习unix/linux操作环境,或者从unix到windows的应用程序移植,或者进行某些特殊的开发工作,尤其是使用gnu工具集在windows上进行嵌入式系统开发,非常有用。随着嵌入式系统开发在国内日渐流行,越来越多的开发者对cygwin产生了兴趣。 阅读更多

转录因子数据库

小鼠转录因子(Transcription Factor)数据库:TFdb

介绍

小鼠转录因子数据库(mouse Transcription Factor Database: TFdb),是一个非冗除的小鼠转录因子数据库。目前共收集了1675个Entrez Gene。

参考文献:”A genome-wide and nonredundant mouse transcription factor database”, Kanamori et. al, (BBRC 322/3 pp. 787-793). 阅读更多