生物信息学作业(一):生物信息数据库信息检索
/2 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城适合新手练习的实验:核酸序列分析
/4 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城不可思议,有个文章页面比首页的PR值还高!!
/13 评论/在: Life, 每周精选 /通过: 柳城Haploview软件使用,单倍型分析
/13 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城Primer3下载,批量设计引物
/9 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城Primer3 is a widely used program for designing PCR primers (PCR = “Polymerase Chain Reaction”). Primer3 can also design hybridization probes and sequencing primers.
Primer3,批量设计PCR引物、杂交探针、测序引物的工具。支持各种系统XP,Linux,Mac等。也有各种语言的版本,如C/Perl等。
Primer3在线引物设计工具
/3 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城开始之前:其实非常简单,不需要你下载任何软件,但是你得有一台电脑能上网。当然,最重要的是,你要很清楚用于做引物的模板序列,至于怎么找模板序列,不再本次讨论范围。另外,要先对PCR目的序列的长度有个大致估计,好了,马上开始吧:
第一步:找到Primer3的站点。你不用记住这个站点,但是要记住“Primer3”这个词,然后打开GOOGLE首页,输入Primer3,跳出来的第一个项目就是了“Primer3 Input 0.4.0 ”,网址是http://frodo.wi.mit.edu/。 阅读更多 →
SMART入门,蛋白结构和功能分析
/3 评论/在: 每周精选, 生物信息学 /通过: 柳城SMART介绍
SMART (a Simple Modular Architecture Research Tool) allows the identification and annotation of genetically mobile domains and the analysis of domain architectures. More than 500 domain families found in signalling, extracellular and chromatin-associated proteins are detectable. These domains are extensively annotated with respect to phyletic distributions, functional class, tertiary structures and functionally important residues. Each domain found in a non-redundant protein database as well as search parameters and taxonomic information are stored in a relational database system. User interfaces to this database allow searches for proteins containing specific combinations of domains in defined taxa. For all the details, please refer to the publications on SMART.
SMART(http://smart.embl-heidelberg.de/),可以说是蛋白结构预测和功能分析的工具集合。简单点说,就是集合了一些工具,可以预测蛋白的一些二级结构。如跨膜区(Transmembrane segments),复合螺旋区(coiled coil regions),信号肽(Signal peptides),蛋白结构域(PFAM domains)等。 阅读更多 →