留言本


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1,844条回应:“留言本”

  1. 你好~

    看到你的生物信息学的博客非常不错。
    想跟你交换个友情链接。
    我也是专门做生物信息的。
    你的博客已经放上我首页的友情链接。
    谢谢!
    详情查看:
    生物信息学论坛:http://bioon.5d6d.com

    • @生物信息学论坛,

      如果想做好论坛的话,最基本的独立空间与域名是需要的。到那时,无任欢迎。

      还有,转载原创文章请注明来源。谢谢!!

    • 谢谢提醒~~

      晕死。这个空间提供商还号称是全广东最快的呢。还卖得这么贵。
      看来我得好好优化一下。下次再找你测试测试。

      真是很感谢。

  2. 你好
    偶然找到你的博客,里面生物软件的使用介绍十分详细实用。
    请问你用过SMART程序 http://smart.embl-heidelberg.de/ 分析蛋白的结构和功能吗?能介绍一下这个怎么用吗?
    期待你的回音,非常感谢

  3. cap3中,所说的The file of quality values,指的是什么?活着说它是怎么生成de ?
    可以加我QQ:185982684直接讲吗?急,谢谢了

  4. 兄弟,你的博客蛮好的!收藏了!不知道你对ARB软件熟悉吗?能否介绍一下怎么利用这个软件做系统发育树?谢谢!

      • 因为这个软件有16s rRNA数据库可以直接调用,建树比较漂亮不需要再像其他软件一样调整很多次才满意,可以直接在上面修改,另外这个软件在探针设计方面有一定优势吧,很多人用的,今后也许会做到探针设计,所以想搞懂这个软件。但是只能在linux系统下运行,所以国内这方面资料几乎看不到。ARB在处理大量数据时还是有一定优势吧。

  5. 关于鼠的IgG1 Fc的CDS在NCBI上还是没找到(可能是不太会用),还有想知道鼠的GITR胞外段序列该怎么找?

    • 我知道了.上次用IgG1关键词,用错了.其实应该用Fc. GITR是不是指tumor necrosis factor receptor superfamily??
      早说是鼠的话那就容易很多了.晚点在我博客里帮你贴出来.

  6. 请问:
    1 为何在设计一些引物时要加接头,何为接头,如何设计接接头?
    2 有一微卫星引物序列如下:MiSaTPW184
    F: TTGTATACCAAGTGACCTGTGG
    R: (CAG)GGGAGTGCATCTTTCTGAAGTGCC
    (CAG) – 5#39; tail sequence of CAGTCGGGCGTCATCA;
    不知:CAG是什么意思?;不知(CAG) – 5#39; tail sequence of CAGTCGGGCGTCATCA是什么意思?

    请版主在百忙之中给我解惑!谢谢!

    • 其实这些东西我也不是太清楚.我做的实验很少的.
      加接头嘛.一般都是加酶切位点嘛.酶切位点当然要根据实际情况选择了.
      (CAG) – 5#39; tail sequence of CAGTCGGGCGTCATCA;
      这句嘛.我也看不懂.比较无厘头.不知出自何处?

  7. 请问:第二条序列中的+号是什么意思,中间的空格又代表什么?

    Query 1 IETVYAAYLPKNTHPFLYLSLEISPQNVDVNVHPTKHEVHFLHEESI

    +E YA YL K F+ L +SP+ +DVNVHP+K V +++ I

    • 这就是blast时一种复杂的记分算法了.有兴趣的话就去找这些资料了.大概就是用“+”来表示氨基酸残基性质相似.相似氨基酸也加分

  8. 换链接换链接换链接
    你推荐的那几款插架确实不错 :qiang: 。
    WP-Mail-SMTP插件我使用正常
    你的不正常吗?

  9. 请问版主:为何以mRNA为模板设计引物时,引物所在的模板区域应该位于外显子区同时要跨越一个内含子区?如何判定它位于外显子区并跨越了内含子。

    • 这是对特定条件而言吧。DNA->mRNA就是去掉了内含子区,那以mRNA为模板设计的引物,肯定在外显子区上了。‘同时跨越一个内含子区’,就比较纳闷了。有的基因只有一个外显子,是没有内含子的。如果按有内含子来说,如果引物刚好给内含子隔开了(就是说,引物所在的模板区域包含有两个外显子接合的位置),那这条引物就无效了啊。这个是要考虑引物的特异性。一般的设计引物的软件都会考虑的了。最好的工具当然是NCBI的primer-blast(http://www.liucheng.name/?p=642)了。

  10. 关于colon cancer的基因序列

    现在还不知道哪里能下到这个序列库,其他序列库也行

    想用模式识别的方法来分析这些数据

    多谢!

  11. 对生物信息学还没入门
    想问这么个问题:
    比如NCBI上查到一个基因,这个基因是不是只对应一个人的? 我认为不同的人的基因应该也不同,所以给出这个人的基因有代表性呢?
    想找一些这样的基因数据库:包括一些病人的相关基因,一些正常人的相关基因.

    问题可能比较基本,大哥别笑我哈.

    • 恩。你这个问题很大。我还没到能完整回答你这个问题的时候。呵呵。NCBI上的基因序列当然是普遍性,具体个体的特殊性当然是各个实验室的事情了。当然了,如果提交的基因足够多了,那是没问题的,这就是有的基因,同样的基因名但有多个序列嘛,不同的变种嘛,不同的人提交的嘛。NCBI的参考序列是比较有代表性的。

  12. 请问:如何把一条序列保存为*.seq格式(DNAMAN软件分析数据时所需的格式).谢谢?

  13. 你好,从EBI的ASTD(http://www.ebi.ac.uk/astd/download.html)下载小鼠peptides的fasta格式文件,从Uniprot知识库http://www.uniprot.org/downloads下载UniProtKB/Swiss-Prot的fasta格式文件(uniprot_sprot.fasta.gz)。利用本地BLAST将小鼠的蛋白序列与uniprot_sprot.fasta比对,具体命令什么?
    想从输出文件中提取小鼠的uniprot id怎样提取?
    谢谢

    • 先用formatdb命令对uniprot_sprot.fasta进化格式化(看http://www.liucheng.name/?p=569)。然后用blastall命令(看http://www.liucheng.name/?p=39),注意一下-m8的参数,这里提取uniprot id可能就很容易了,各个参数都了解一是最好的。

      • 问题一:格式化数据库uniprot_sprot.fasta时,出现[NULL_Caption] WARNING: Sequence number 220626 (lcl|24024_db\uniprot_sprot.fasta
        ), 1 illegal character was removed:
        1 O
        ……
        问题二:小鼠的数据是全部蛋白的序列,相当于两个数据库比对,本地blast有这个命令么
        谢谢回复

        • 问题一。只是一个提示。对结果关系不大。两个数据库的比对命令也是一样的。当是数据越大,比对的时间就要越久。再提醒一下-v这个参数(每个比对输出的结果数,默认为500)。 还有,你这样做的目的,是要把EBI的序列与Uniprot的序列一一对应起来??如果是这样,那根本不需要Blast~

          • 我又试了,两数据库比对,提示前一个数据库找不到,C:\Perl>blastall -p blastp -i data\9606_peptides.fasta -d uniprot_sprot.fasta -o
            out\H2Ublast.out
            [NULL_Caption] FATAL ERROR: blast: Unable to open input file data\9606_peptides.fasta
            此外有更好的方法获得Ensembl id和对应的uniprot id,GO id(这三个数据库都下了)??
            谢谢

  14. 想查询基因在哪些组织里有表达。单个基因是在ncbi的unigene里面查,如果是一组基因应该怎么做呢?先谢谢了。

  15. 兄弟,你有Gelcompar软件吗?网站上有试用版的,但是要联网才能用,而且只能用两周。到处查价格也没有查到。

  16. 您好,您的博客做的很不错,不知能否和贵站交换个友情链接?谢谢
    网站:生物秀论坛
    网址:http://bbs.bbioo.com
    简介:中国生物科学论坛-学术交流 资源共享 互助社区

  17. 小提示:呵呵,您的博客中当鼠标指向最上部的导航时如“关于网站”或“留言本”等时,浏览左下角会提示“网页有错误”,细看为“行2,char 626 对象不支持此属性或方法”,应该是绑定事件对应JS有错误

  18. 看了一下楼主的博客,很不错,不过对个人博客独立运作的方式不看好,就像在新浪上的博客有多少人其实可以自己申请域名自己运营自己的博客一样,没有做的重要原因应该是博客最重要的是交流,除非已经名气大到像徐静蕾。所以还是觉得楼主去一些大的专业网站开通自己的博客比较好,这样既能很好的与大家分享,又能相互学习。远比你现在独立博客的方式要强,当然独立博客可以放GG广告,但1个月也赚不了几块钱,相比于与同行分享和交流,这点钱太微不足道。
    功利一点说,就你写这么多不错的内容,在专业网站开博的话,绝对就是明星。

    • 呵呵,生物秀论坛见过的老兵?呵呵,在下也是昨天初次到访,柳城博客已经很不错了,现在新浪等一些博客自主性太差,也到处充斥着娱乐信息,可能计算机方面比较强一点的都倾向于自己建立博客或者网站,这样自己开发的小程序也方便在自己的空间里面测试。

    • 看起来就知道是个前辈。呵。这赞得我心痒痒的。名博就不敢当了。只是不喜欢寄人篱下的感觉。自已有空间和域名自由好多。况且借助WordPress强大的平台,一点都不比在新浪开博弱呀。这关系网是要花好长的时间才能建立的。

      • 新浪博客我只是举例而已。像博主这样的最好去科学网,生物谷之类专业博客,上面那位提到生物秀,最近在力推部落,那里面也有很不错博客功能吧,相信也会不错。其实博客最重要的是交流,没有交流这些文章存在电脑硬盘里就可以了。独立博客往往要通过搜索引擎来一点可怜的流量,再一个要到处去宣传,有些人来一次,专门再来一次的不多,有些想来没记住域名。
        这就像小门头和大商场摊位的关系,在商场里受限制,但是你不用宣传都会有人光顾。小门头再自由,能有几个人去?自己建立关系网,除非你把他当成自己的工作,否则很难。我有好几个朋友也有过独立博客,最后都坚持了几年死掉了,现在自己都懒的去看,而他们的博客水准绝对不在博主之下。
        博主写了这么多文章,留言才有区区两页,如果在一个交流活跃的博客平台,一个月的留言超过20页也不成问题吧。
        有点小技术的人往往被自己的那点小技术毁了,常常喜欢把自己圈在所谓自由的二亩三分的小天地里,失去了去一个大的平台和更多水平更高的人广泛交流和过招的很多机会。
        除非你想通过慢慢发展,辞职专门做网站,而不是想在自己的专业上有更多的时间和钻研,否则不借助一个大的平台,得不偿失。最起码也要有自己的小门头,在大商场里有个的摊位。

        • 其实你说的非常有道理。我也很赞同。独立博客的确是要花好多时间去建立关系网。而我又懒得去宣传。所以大部分流量都还是从搜索来的。的确是,跟更多高水平的人交流的确是可以学到很多好东西。不过,独立博客我依然还是不会放弃的。也许在科学网建个博客把流量介绍过来也是一个不错的主意。
          建博就是贵在坚持啊。谁能坚持到最后,谁就是赢家啊。一步一步来吧。

  19. 你的博客很有自己的风格,很赞!
    但是主页是否在用户体验这方面有待提高呢?
    我进入主页后有点迷茫的感觉(不知道从哪里start)
    a little suggestions.

    • 你也感觉到了。呵。。非常好的建议。最近我也常常有这个感觉。可能大部分博主都是在用博客类的主题。我的是CMS类的主题吧。需要想想怎样办才行。。

  20. 你好,不知道怎么称呼就只能说你好了。我是个三毛迷,关于三毛的《梦回回声》我找了很久,终于从你的上面找到了。可是,我却下载不下来,很失落。能不能帮帮忙,给我一份?或者说地址之类的?现在真的是没有这东西了。

  21. 兄弟借你的宝地,做个广告啊!我看你这里牛人比较多。

    我建了一个ARB软件使用群,对ARB软件感兴趣的同学可以加入,不过我们都是初学者,希望专家加入!!!
    QQ群号:82595855

  22. 可以做个链接么?我的博客奇图志http://qitu.yo2.cn,如果这个不合你的风格的话,我的另外一个生物博客http://hufeng.bioon.cn也可以

  23. 请问为什么说”由于氨基酸是由三联密码子编码的,因此DNA序列就包含三个不同的开放读码框”?

    • 没有上下文,很难理解你这句话,如果是你打漏了几个字,那又有另外的意思.
      按照字面上的意思,比方cgttat,因为没有起始密码子,我们无法得知从那里翻译起,有可能cgt,tat二个氨基酸,有可能gtt,也有可能tta..这个就是三个不同的开放读码框,但这只是考虑5’方向,反过来的话也是有三种,如tat,tgc等等.~~

      • 不好意思,难为楼主了!如果再加一些碱基,其阅读框的数量不就是会变化吗?比如:cgttatttagct,那它的阅读框不就是不止3种了?我是在一个PPT里面看的一段话“由于氨基酸是由三联密码子编码的,因此DNA序列就包含三个不同的开放读码框,取决于从第一、第二或第三位核苷酸开始(第四位和第一位同框?,这又是什么意思呢)。而双链DNA的两条链都可以转录RNA,后者翻译蛋白质。因此,一个DNA序列及其互补链可以有6个不同的读码框。”

        我是个新手,请求楼主帮助!谢谢了!

  24. 请教一下芯片数据处理问题,对照重复3次,两个样本各重复两次,总共7个cel文件,现已处理完毕(缺省值补充,芯片内,芯片间归一化,bioconductor处理)。得到一txt文档,怎样用R语言找出差异基因。那个英文版manual有点看不懂。
    thanks

  25. 您好,我看了一下你的<<Bioperl:把Genbank格式的序列转换为基因结构图>>这篇文章,我想把基因结构图做成网页的形式,对应的基因的结构,如cds等,添加一些链接.我看了一下CPAN上的Bio::Graphics::Panel 没有弄明白,您能不能提供一些帮助?多谢~~

    • 这看了,这个模块实在太复杂了.一时半会也看不了,况且难度也很大,可能以后我会看得懂.我也是正在学习……
      里面的确是有讲到创建web版的结构图和加链接,你再研究研究呗~~我还是要从简单的学起,呵呵~~
      学会了你可以教我哦 :lol:

  26. 你的网站所在服务器上有75个网站,服务器所在地福建龙岩市,用电信网,IP119.146.223.135,用阿帕奇,unix,php,是看了你的留言过来的。

  27. 大家好,赞赞这个网站,真的不错,内容很实用。请问这里面有没有做蛋白质相互作用网络比对的没,愿一起交流讨论。期待~~~

  28. 你好,请教一个问题:我有一段某细菌1000bp左右的pcr产物,该如何知道它在该细菌基因组中是否有这一段产物的重复序列以及重复了好多次呢?ps.该细菌基因组有520万bp左右,一般的DNAssist都运行不出来。

  29. 还是不行哩,总之,520万bp的长度好多程序都容纳不下一样 :wq: 我再想想其他办法,还是谢谢你,经常看你的一些教程,学到不少东西 :qiang:

  30. 我在读遗传育种文献时,看到有”复制断点”或”断点”这么个词,请问如何理解它们的含义?

  31. Hi,LC
    今天发现你的博客有个非常不错的工具
    就是侧边栏上的Clicki
    我也注册了一个
    哈哈
    有好工具别忘了我啊

  32. 你好,请问贵站点击图片变大的那个是什么插件呢? 百度Sitemap的那个插件不错哦,支持你。插件的XML怎么不更新呢?

  33. 跟你说下 事情是这样的 早晨我在网上下了个 模板 在 WP后台上传以后 后台跟 站点全都打不开了
    然后我就在 文件管理器里 把那个模板给删了 也不好用 请问我该怎么解决呢?

    如果解决不了 我怎么把 博客上的 内容 数据导出来呢 ?

  34. 我给自己起了个英文名叫Lucien。
    正题:兄弟,你对DNA测序有了解吗?最近头大了,因为用ABI的BigDye准备的测序产物不理想,测序结果信号非常低,由于片段600多bp,都无法获取正确信息。请问你有没有这方面的资料啊。 我用的是乙醇纯化sequencing PCR 产物的。

  35. 另外 我用http://liucheng.name/rss-feed根本无法被googlereader读取 ~
    还有你的ajax comments和缓存不同步 首页widget未缓存 留言页面的页面内容和widget倒是缓存了 好奇特 。。

  36. 版主:
    您好!

    我想找猪KIT(FJ938289)基因的结构图以及其外显子和内含子的序列,忙了一下午,什么也没捞到,真笨!很想得到您的具体帮助!先谢了!

  37. 问题如下:
    我想在NCBI上找猪KIT(FJ938289)基因的结构图以及其内含子和外显子的序列,忙了很久都不成功,请版主帮忙!谢谢!

  38. 没事,我就是喜欢看看你摄影的东西,因为我也摄影,呵呵,另外我也有时做点儿分子生物学的东西。 :ok:

  39. 你好,我刚开始做生物信息学,想请教你一个问题,我想从NCBI上下载大豆(Soybean)的所有EST,我搜索了一下有1490000多条很庞大,我想把所有序列都下载下来,怎么弄?好像用“Send to”不能一次性下下来吧?还有我想先对这1490000多条EST序列做个归纳,提取每条EST的Organism: Glycine max
    Organ: root
    Tissue type: root
    等信息,不知道有什么好方法,请指教!

  40. 嗨,您的博客对我帮助很大,一直在上面学习也没谢谢您。哈哈……
    我想请教您几个问题。我以后工作可能涉及到大量EST序列分析。所以我想学习下
    linux和perl我应该从哪里入手学习?看什么样的书?想用半年时间学习。谢谢。:)

    • 这么快就知道自己以后的工作了。呵呵。真幸福~
      装个linux,找本书。学一些常用命令。再加awk,sed,grep等命令。
      perl去找perl语言入门这本书。
      就入门了

      • 呵呵……谢谢。因为我们这里在测一个物种的基因组。很多东西要学。有空再请教您。

  41. 这个嘛。靠自己慢慢发现了。把所有来留言的博友看个遍。依此类推。总有你喜欢的。
    我开博不久。所以也不清楚这些的阿。 :ka:

  42. 你好,从你的博客中我能看出你是位学识渊博的人,希望能够得到您的帮助。
    我想请教您的问题是,我现在要下载一些全基因序列,包括真细菌,古菌,真核生物。虽然我知道应该从ncbi上下,可我不会用,本人英语真的很惭愧,看不懂那个网站,希望能够得到您的帮助,另外如果您知道一些关于序列的一些好的分析软件,希望您也能给我些建议,您的不吝帮助在下深表感激!

  43. 老大,我希望能得到你的帮忙,我的博客刚刚建立不久,需要很多优化,我想请你帮忙,我的博客地位是我们一群同学的多人博客,如果可能请加我qq251994182.静候佳音。谢谢,安好!

  44. 请问Baidu Sitemap Generator只能用于php网站吗?像我的网站是asp网站,我应该如何使用Baidu Sitemap Generator呢?

  45. 博主救命啊!我是学计算机的,想试试数据挖掘的方法做SNP的tag和imputation,
    可那原始数据难找啊!什么dbSNP,ncbi,找得我头都大了

    请问哪里能下到原始的SNP序列?比如像这样矩阵形式的:
    loci1 loci2 … loci n
    individual 1 A T G
    individual 2 T C T
    … … … …
    individual m A C T

    谢谢了!

  46. 兄弟,你对sequencher熟悉不?能不能简单的介绍一下怎么用,trim ends 和Assembly Parameters怎么是灰色的不能用?

      • 没有啊,实验室有一正版的,3000澳币,呵呵。我自己用demo版的。
        估计你也是实验室有正版吧。
        写一下使用方法了,回答我提的那个问题啊,为什么有的目录是灰的不能用,但是我看别人的tutorial是可以用的,请告诉我吧!!!

        • 正版的是怎样用的呢?要有一个密码狗的东西嘛?
          Assembly Parameters是要新建一个new project才行.
          trim ends 是要打开了测序文件才可以的.
          难道正版的不能在其他机器用~
          我是demo的,没有正版. [呲牙]

          • 我发个链接给你吧,你把这个tutorial上教的方法翻译到你空间就好,关键是一些细节的东西怎么弄。Trim ends 我弄了,但是怎么移动剪刀的位置就搞不懂了。
            这个链接主要是针对使用ARB软件的哦,http://cmore.soest.hawaii.edu/education/grads-postdocs/arb_workshop.htm,
            谢谢!

  47. 发现问题,你的博客下来菜单点不了子菜单。
    通过Fire bug发现为题所在
    .nav2 li ul
    {
    left:0;
    position:absolute;
    top:-999em;
    width:960px;
    }
    style.css (第 183 行)

    把 top:-999em; 改成 top:0; 方可解决。

  48. 您好,我想问下,你的中文Entrez查询系统是怎么弄的?
    我有一批NCBI的accession号,大概500多个,想批量下载其中的序列及注释信息,应该如何操作呢。我尝试了用perl post提交表单,但似乎不行。如果不想从ftp下载大量的数据,还有其它办法可行吗?

      • 兄弟,麻烦你检查一下,NCBI批量下载序列的那个博文。你提供的批量下载工具在哪?还有Entrez下载的example文件打不开哦?
        我也想用啊!
        谢谢!

          • 兄弟,有没有什么好的方法输accession号?一个个输没有效率啊,比如说前面都一样的只是后面编码增加的情况,如从001-100,如果分别输的话,好多啊。因为我想建基因文库,在ARB软件中用。

              • 兄弟,我的意思是,文献上一般提供的accession number 都是类似于这样AF239879 to AF239884,例如:
                AF196783
                AF196784
                AF196785
                AF196786
                …….
                …….
                如何编写脚本,我对编程一窍不通啊,你帮忙写一个吧,对大家都有帮助。

  49. 请问,为什么用您的 中文Entrez序列查询工具时,提交批量的ACCESSION号后,想download genbank格式数据时页面总打不开呢?

  50. 啊,可以了,之前用的世界之窗,现在换firefox就可以了。真是非常感谢啊!
    不过还想和博主讨论下,你是用什么方法做的中文Entrez序列批量查询啊,能否指点一二,和小弟邮件交流一下,不胜感激~ clouds_drift@163.com

  51. 兄弟,再问个问题。16s rDNA测序之后的结果可以用chimera_check检验所获取序列的可信度。如果是功能基因的DNA序列又如何判断呢? [疑问]
    谢谢!

  52. 你好!我是NCBI初学者,不知道怎么查已知序列的Genebank号,好困惑啊……序列是这样的

    ORIGIN
    1 atgcccatga tactggggta ctgggacatc cgcgggctgg cccacgccat ccgcctgctc
    61 ctggaataca cagactcaag ctatgaggaa aagaagtaca cgatggggga cgctcctgat
    121 tatgacagaa gccagtggct gaatgaaaaa ttcaagctgg gcctggactt tcccaatctg
    181 ccctacttga ttgatggggc tcacaagatc acccagagca acgccatctt gtgctacatt
    241 gcccgcaagc acaacctgtg tggggagaca gaagaggaga agattcgtgt ggacattttg
    301 gagaaccaga ccatggacaa ccatatgcag ctgggcatga tctgctacaa tccagaattt
    361 gagaaactga agccaaagta cttggaggaa ctccctgaaa agctaaagct ctactcagag
    421 tttctgggga agcggccatg gtttgcagga aacaagatca cttttgtaga ttttctcgtc
    481 tatgatgtcc ttgacctcca ccgtatattt gagcccaact gcttggacgc cttcccaaat
    541 ctgaaggact tcatctcccg ctttgagggc ttggagaaga tctctgccta catgaagtcc
    601 agccgcttcc tcccaagacc tgtgttctca aagatggctg tctggggcaa caagtag
    所有问题是
    1、在NCBI网站内找到下面序列的Genebank号,写出最终网址,并简单介绍该序列(中文)。

    2、就这段序列,设计一对引物,该引物对的扩增产物的长度为300bp。

    3、查找2篇与此序列基因有关的英文文献(打印文献的前两页)。

    4、把题目3中,所找到文献的摘要翻译成中文。

    5、查找与此序列基因有关的中文文献2篇

    谢谢哦

    • 这两天比较忙哦~~
      1,大概的做法就是去做blast
      2,上NCBI,做primer-blast
      博客里都有相应的介绍文章~~
      如果要看详细的,等我过几天空闲了再做个教程。

  53. 请问用什么办法可以把测出的一段序列,比如酵母中的一段序列,确定它是属于基因组上的哪个基因?

  54. 这是考文献检索的,知道怎么查就好了……关键是不晓得
    序列是这样的 ORIGIN 1 atgcccatga tactggggta ctgggacatc cgcgggctgg cccacgccat ccgcctgctc 61 ctggaataca cagactcaag ctatgaggaa aagaagtaca cgatggggga cgctcctgat 121 tatgacagaa gccagtggct gaatgaaaaa ttcaagctgg gcctggactt tcccaatctg 181 ccctacttga ttgatggggc tcacaagatc acccagagca acgccatctt gtgctacatt 241 gcccgcaagc acaacctgtg tggggagaca gaagaggaga agattcgtgt ggacattttg 301 gagaaccaga ccatggacaa ccatatgcag ctgggcatga tctgctacaa tccagaattt 361 gagaaactga agccaaagta cttggaggaa ctccctgaaa agctaaagct ctactcagag 421 tttctgggga agcggccatg gtttgcagga aacaagatca cttttgtaga ttttctcgtc 481 tatgatgtcc ttgacctcca ccgtatattt gagcccaact gcttggacgc cttcccaaat 541 ctgaaggact tcatctcccg ctttgagggc ttggagaaga tctctgccta catgaagtcc 601 agccgcttcc tcccaagacc tgtgttctca aagatggctg tctggggcaa caagtag 所有问题是 1、在NCBI网站内找到下面序列的Genebank号,写出最终网址,并简单介绍该序列(中文)。 2、就这段序列,设计一对引物,该引物对的扩增产物的长度为300bp。 3、查找2篇与此序列基因有关的英文文献(打印文献的前两页)。 4、把题目3中,所找到文献的摘要翻译成中文。 5、查找与此序列基因有关的中文文献2篇

  55. 在网上查MEGA 4的使用说明,找到你的博客,真的是很感谢你的文章,对我给以予非常大的帮助,再次表示感谢 [强]

  56. 本人正在用misa 处理EST序列??可否交流一下,我的QQ:281238709, 最后用p3_out.pl 解析合并结果时,老出错,具体看http://zhidao.baidu.com/question/125818227.html primer3 我用最近的Release 2.2.1-alpha (Oct 28, 2009) 说文件格式不对???不知道具体怎么处理。很急!!!!期待着你的回答,谢谢!!!我的油箱:281238709@gmail.com

  57. 你好,看了你发出的swiss-model预测蛋白质三级结构的方法,我现在正在使用这个软件,我可以得出蛋白质的三级结构图片,但不知道到哪里去寻找关于这个结构的信息,比如说蛋白质的结构域、结构域包含的信息等等。请指点,可以给我发邮件lcxlcx_2008@163.com 谢谢!!!

  58. 兄弟,你用过这个工具吗?cipres portal,跟建系统发育树有关。是个网站,网址是:http://www.phylo.org/,我想着知道具体怎么用。因为可以跟其他方法相互验证一下,这网上的东西就可以降低对自己计算机的要求了。毕竟如果大量DNA序列进行Clust还是很浪费时间的。

  59. [疑问] 你好,有个问题想请教,测序结果分析后,已经具有完整的ORF,且属于目的基因家族。怎样确定cDNA序列两端有没有到头?怎样获得cDNA全长呢?

      • 我做的是未知基因全长cDNA克隆哦。只是其他生物中也有该基因。blastx比对结果显示其他生物的该基因氨基酸序列与我克隆的未知基因 一致性达到89%。blastx详细比对结果部分氨基酸序列如下:

        Score = 458 bits (1179), Expect = 3e-127
        Identities = 233/260 (89%), Positives = 247/260 (95%), Gaps = 2/260 (0%)
        Frame = +1

        Query 58 MASSKDRETFVYIAKLAEQAERYDEMVDAMKKVANLDVELTVEERNLLSVGYKNVVGSRR 237
        M SSKDRETFVY+AKLAEQAERYDEMV++MKKVANLDVELTVEERNLLSVGYKNVVGSRR
        Sbjct 1 MDSSKDRETFVYLAKLAEQAERYDEMVESMKKVANLDVELTVEERNLLSVGYKNVVGSRR

        是否可以证明是同属一种蛋白家族的基因,并且,5’端已经完整了呢?(之前已经确认具有完整的ORF,且该ORF用NCBI-blastp比对结果部分氨基酸序列如下:
        Score = 477 bits (1228), Expect = 4e-133, Method: Compositional matrix adjust.
        Identities = 233/260 (89%), Positives = 247/260 (95%), Gaps = 2/260 (0%)

        Query 1 MASSKDRETFVYIAKLAEQAERYDEMVDAMKKVANLDVELTVEERNLLSVGYKNVVGSRR 60
        M SSKDRETFVY+AKLAEQAERYDEMV++MKKVANLDVELTVEERNLLSVGYKNVVGSRR
        Sbjct 1 MDSSKDRETFVYLAKLAEQAERYDEMVESMKKVANLDVELTVEERNLLSVGYKNVVGSRR 60

  60. 兄弟,你对Ubuntu系统熟悉吗?如何修改usr文件夹里的文件名,为什么rename是灰色的?

      • 兄弟,在ubuntu里如何修改文件的权限啊?我想编辑一个文本,可惜没有权限,看属性也无法修改。你告诉我,怎么样进去之后改成root用户来操作吧,或者说,怎么使用sudo 来编辑文本,用什么命令?
        谢谢!

        • 你先用root用户去登陆啊. 再修改你的用户名的权限, 让这个用户名跟root一样有权就行了.
          修改方法自己网上搜吧.
          改文件权限的命令是chomd

  61. 你好,Lc.,遇到个baidu-sitemap的问题,我的新文章添加后,为什么/sitemap_baidu.xml里面没有呢?而且我在后台重新生成了,也没有变化??

  62. 你好,因为这个博客平常流量也不不大,所以从来没启用过缓存插件,我一开始也考虑这个原因,但是不是这样,还望赐教

    • 这种情况都是因为缓存的,看一下wp-config.php有没这句:define(‘WP_CACHE’, true)
      确定没缓存??

  63. 兄弟,RDP有16s rRNA的classifier,请问你知不知道哪个数据库可以做18s rRNA的classifier啊?就是可以做真菌的?
    谢谢!!!

  64. 偶然进来了,才发现你的博客做得相当不错哦。而且也有不少人气呢!啥时候俺也搞一个,说说而已,俺的电脑水平实在 [擦汗] 呵呵。。

    • 呵呵。开博是不需要什么电脑水平的。支持你开哦。
      今天去爬白云山了,挺不错的,啥时候组织去玩玩。 [呲牙]

  65. 兄弟,又来求救了。你会Rarefaction analysis吗?我用Estimates做了Rarefaction analysis,但是结果觉得跟别人发表的图很不一样,我怀疑可能自己没有做对。但是周围又没有人问,苦命啊! [心碎]

  66. 虽然说用的是WordPress工具,但肯定需要自己另一番的装扮的。
    不得不说实在是漂亮。

  67. 你好,你有没有用过HMMER软件啊。我下载了这个软件,但是在windows下和liunx下都是连安装都不行,不知道是出了什么问题,我的电脑是联想的,我对电脑比较外行啦,请赐教!!谢谢!

  68. 您好,站长,看到贵站办的非常的不错,绿程也是生物信息的站点,想和您做链接,不知道是否能交换呢?http://www.sunjsp.com

  69. 兄弟,NCBI序列提交,信息如何填写啊?
    例如下面这个是别人已经提交的:
    LOCUS FM213027 1507 bp DNA linear ENV 02-DEC-2008
    DEFINITION Uncultured bacterium partial 16S rRNA gene, clone H2SRC246.
    ACCESSION FM213027
    VERSION FM213027.1 GI:215489775
    KEYWORDS ENV.
    SOURCE uncultured bacterium
    ORGANISM uncultured bacterium
    Bacteria; environmental samples.
    REFERENCE 1
    AUTHORS Maestre,J.P., Rovira,R., Alvarez,J. and Fortuny,M.
    TITLE Biodiversity and population shifts assessment by molecular biology
    tools in a Biotrickling filter treating high loads of H2S
    JOURNAL Unpublished
    REFERENCE 2 (bases 1 to 1507)
    AUTHORS Rovira,R.
    TITLE Direct Submission
    JOURNAL Submitted (02-OCT-2008) Rovira R., Chemical Engineering,
    Universitat Autonoma de Barcelona, Barcelona, Belaterra 08193,
    SPAIN
    FEATURES Location/Qualifiers
    source 1..1507
    /organism=”uncultured bacterium”
    /mol_type=”genomic DNA”
    /isolation_source=”biotrickling filter removing H2S from
    water treatment sludge”
    /db_xref=”taxon:77133″
    /clone=”H2SRC246″
    /clone_lib=”H2SRC2″
    /environmental_sample
    gene 1507
    /gene=”16S rRNA”
    rRNA 1507
    /gene=”16S rRNA”
    /product=”16S ribosomal RNA”
    ,definition这项,clone是不是自己的实验室编号?titile是要发表文章的题目?

  70. 怪了,你那个Clicki怎么还有一段 该功能由Clicki.cc提供 这样的广告词啊?
    我那个怎么没有? (我给去掉了。)[呲牙]

  71. 你好博主,正在用你的sitemap插件,晚上就写一篇相关博客
    我的博客以前是PR4 也是这次更新被清0了,可能是以前的3个月更新的太少,不过我现在已经恢复更新了
    想和你交换链接
    已经把你的站加上了

  72. 请问版主和各位专家,c-kit的英文全称是什么?我找了很我资料均一无所获,请各位指教,先谢了!

  73. 您好!我也遇到一个同样的问题:用该方法比对序列的时候发现最后一个碱基在图标输出的时候不显示……请问有方法解决么?

  74. 使用genbank查询基因序列,如果我不知道基因的名称,怎么查询?比如我想找抑郁症的相关基因,可是不知道是具体什么名字,怎么进行?好像老师说过在blast中输入关键词。可是具体不会操作。明天要交作业了,请教前辈。发我邮箱好吗?谢谢。

  75. Lc.兄你好啊,我觉得那些生物信息学的数据比如NCBI,mirbase,targetscan什么的都好复杂,弄不懂啊,有没有什么好的中文帮助文档可以推荐呢,谢谢了! [握手]

    • 哈哈。没有中文文档。我这里的NCBI中文资料是算最多的了。
      你天天混在这几个网站,自然就会的了。 [可爱]

      • 呵呵,谢谢你的祝福!我是大四学计算机的学生,在做毕业设计,是和生物信息和microRNA有关的一个课题。对于这个课题我也很感兴趣,所以现在在拼命补生物学和生物信息学方面的知识,看到你这里资料很多,我以后一定会经常来的,呵呵~~

  76. 你的baidu_site_map插件在生成sitemap.html文件时有个小BUG.

    就是当文章没有评论时,显示评论数全为4(应该显示0的).

    你自己看看!

  77. 关于sitemap.html中评论数的BUG,我自己解决了,顺便也告诉下你,错误的原因是:

    $comment_count保留最后一次的评论数.

  78. 错误原因在这里:

    if($comment_count)
    {
    $html_comment = str_replace(“%html_comment%”,$comment_count,__(‘Comments %html_comment%’,’baidu_sitemap’));
    }

    可以这样改:

    方法一:
    $comment_count=empty($comment_count)? 0 : $comment_count;
    $html_comment = str_replace(“%html_comment%”,$comment_count,__(‘Comments %html_comment%’,’baidu_sitemap’));

    方法二:

    if($comment_count)
    {
    $html_comment = str_replace(“%html_comment%”,$comment_count,__(‘Comments %html_comment%’,’baidu_sitemap’));
    }else{
    $html_comment = str_replace(“%html_comment%”,”0″,__(‘Comments %html_comment%’,’baidu_sitemap’));
    }

  79. Lc.兄啊,我问下能不能用Bioperl对mirbase数据库进行操作?比如从mirbase中提取所需miRNA序列?该如何操作?有没有这方面的例子?谢谢啊~

    • bioperl应该不行的。但mirbase上本身就可以提取序列了。如http://www.mirbase.org/cgi-bin/get_seq.pl?acc=MI0010516
      多简单。 :)

  80. 最近在看一篇论文,谈到基因组数据web可视化技术,我看了你的那篇《Bioperl:把Genbank格式的序列转换为基因结构图》受益匪浅,我想问下,是不是NCBI、EBI等都是通过这种方式将gb、fasta等类似于文本格式转化为png、gif等格式在前台表现的呢?另外能不能简单介绍下MAP VIEWER、Ensembl、Genome Browser?

      • 恩,我尝试按照你的方法把gb格式转化为png,但是执行时提示说第三行代码有错 也就是这个use Bio::Graphics;
        是否意味着我bioperl没有装上去?但是我写个小片段又能调用use Bio::Perl

        另外我是windows,按照你写的GUI方法装BIOPERL时,无法下载bioperl-db;bioperl-network;bioperl-run,可能问题在这里,请问下还有没有别的安装方法?

  81. 兄弟,圣诞节快乐啊!
    又有个问题请教。最近看测序结果,发现其中一个土壤样品的AOB(ammonia oxidizing bacteria)的amoA gene的结果,不是长了就是短了,在NCBI上blast还没有找到任何相似的序列。目标片段大小491bp,但是测序结果长的520-600都有,短的420左右。而且目前测序的6个都没有对的,长的可以找到两端引物,短的只能找到一端引物。是有新发现,还是我实验做的不好?但是我其他土壤样品都这样做没有这方面问题啊。
    谢谢!

    • 实验的东西嘛. 我也说不来…原因也多种.. 不过我也知道提取土壤样品细菌的DNA是一大难题. 如果都可以保证纯度,没有杂菌的话.. 那就基本上OK了.
      新基因也挺有可能的啊. 没分析过我不知道!!

        • 刚刚问了一下导师,思路上清晰了一点。你为什么不问你导师呢? :)
          1,拿P出来的序列与你原先设计引物的对比(只有一端引物的就不理了)。如果太不一样,那就肯定有问题了。
          2,你说在NCBI上blast还没有找到任何相似的序列。(这点就非常有问题,因为你是根据原来的基因设计的引物,不可能找不到相似的。另外,现在提交的基因太多了。blast的结果不可能没有相似的。同一个家族的基因肯定早已有人提交过了)。确认你的blast~(不同的blast方法。。翻译后的也试试)
          3,新基因是功能的新,但在家族上不大可能是全新的。也就是说是新基因的可能性不大。

          ~所以说。你还是要问你导师的好。找我只是误人子弟! [尴尬] [撇嘴] [调皮]

  82. 柳城你好!很高兴看到你的博客,收益非浅,看了前面的留言板,觉得你是个热心的人。我有一个问题想请教一下。我有一个菌种的16S rDNA 序列,我利用ncbi blast 得到的identities 是98.7,但是别人做的pairwise similarity 是99.718(那人不肯说怎么做的,真郁闷)请问,用什么方法能做出pairwise similarity ?非常谢谢!

  83. 哈哈,柳城你好。作为同行,经常拜读你的博客,受益匪浅。现在小弟有个问题请教。NCBI的引物设计你应该用过吧(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/),它目前只支持一次提交一条序列。但我手上有很多条序列需要设计引物,请问如何用perl或者其他方式实现批量提交序列,并储存引物设计的结果

    • 如果真要按perl去抓取数据的话,是可以,但非常麻烦的哦. 要的话就用use LWP::UserAgent;模块.
      其实你可以直接用primer3. NCBI也是用primer3的嘛. 可以批量.

      • 非常感谢你的回复。NCBI的引物设计有一个很好的功能,就是可以在某物种的基因组范围内检查设计出的引物的特异性,就是说可以看,设计出的这对引物,除了扩增模板以外,还能不能扩增基因组的其他位置,这个特异性对我的实验来说比较重要。我看了一下primer3,好像不能实现这个功能吧?

  84. 柳城你好,我想重写一个序列拼接软件,但是对生物知识了解较少,所以想具体问你,cap3拼接后生成的.con文件中,里面的那些格式字段代表了什么?能具体解释下嘛?感激不尽~~~

    • 噢. 厉害哦~
      你是说.contigs文件? 那是最后拼接好的序列. Fasta格式的.
      至于什么是Fasta格式,看http://liucheng.name/770/

      • 你误会我意思了,我指的是使用cap3拼接后,会产生一个拼接好的文件嘛
        那文件里的内容如:
        ENV1644.x1 ENV1644.y2 1000 6000
        ENV1704.x1 ENV1704.y2 1000 6000
        ENV1180.x1 ENV1180.y1 1000 6000
        ENV553.y1 ENV553.x1 1000 6000
        ENV87.x1 ENV87.y1 1000 6000
        ENV446.x1 ENV446.y1 1000 6000
        ENV446.x2 ENV446.y1 1000 6000
        ENV1178.x1 ENV1178.y1 1000 6000
        ENV1192.x1 ENV1192.y1 1000 6000
        ENV1073.x1 ENV1073.y1 1000 6000
        ENV1187.y1 ENV1187.x1 1000 6000
        然后我就想请教你下,这其中的”ENV1644.x1″,”ENV1644.y2″,”1000″,”6000″分别表示什么意思?
        我的QQ是386874203,加我吧,这样聊太费力了,哈哈哈,谢谢~~~~

  85. 我从miRbase数据库下载到了,matrue.fa,即里面有测出来的物种的成熟miRNA,里面有human 我想用perl把human的提出来另外存到一个文件.这是其中人的一条的
    >hsa-miR-96 MIMAT0000095 Homo sapiens miR-96
    UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU
    怎么把所有的都提出来.
    ps:正则表达式不是这个$s=~/^>hsa/期待你的回信.

    • 正则当然也可以拿.. 不过我给你一个更加强大的脚本.


      #!/usr/bin/perl
      $/ = '>';
      print '>';

      while(<>){
      print if(/hsa-/);
      }

      强大!!

  86. 知道一个水稻千粒重的QTL位点gw3.1,文献中提到他精细定位于marker JL123和JL109之间93.8kb的区域,能找到它的序列吗?怎么找?还有一个这样的位点GW2,也是这样的情况。希望能给予指点,谢谢!

  87. Merry Christmas ~ O(∩_∩)O ~
    小邪送给你最美好的祝福 ~
          *       ,
                _/^\_
               
       *         /.-.\     *
           *    `/&\`          *
               ,@.*;@,
               /_o.I %_\  *
        *      (`’–:o(_@;
              /`;–.,__ `’)       *
             ;@`o % O,*`’`&\
          *  (`’–)_@ ;o %’()\   *
             /`;–._`”–._O’@;
            /&*,()~o`;-.,_ `””`)
       *     /`,@ ;+& () o*`;-’;\
            (`””–.,_0o*`;-’ &()\
            /-.,_  “”–….-’`) *
         *  /@%;o`:;’–,.__  __.’\
           ;*,&(); @ % &^;~`”`o;@();     *
           /()Evlos & ().oFriendsO\
           `”=”==””==,,,.,=”==”===”`
          __.—-.(\-”#####—…___…—–._
         ‘`     \)_`”””””`
                .–’ ‘)
               o( )_-\
                `”””` `

  88. Merry Christmas ~ O(∩_∩)O ~
    张三送给你最美好的祝福 ~

          *       ,
                _/^\_
               
       *         /.-.\     *
           *    `/&\`          *
               ,@.*;@,
               /_o.I %_\  *
        *      (`’–:o(_@;
              /`;–.,__ `’)       *
             ;@`o % O,*`’`&\
          *  (`’–)_@ ;o %’()\   *
             /`;–._`”–._O’@;
            /&*,()~o`;-.,_ `””`)
       *     /`,@ ;+& () o*`;-’;\
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            /-.,_  “”–….-’`) *
         *  /@%;o`:;’–,.__  __.’\
           ;*,&(); @ % &^;~`”`o;@();     *
           /()张三 & ().oFriendsO\
           `”=”==””==,,,.,=”==”===”`
          __.—-.(\-”#####—…___…—–._
         ‘`     \)_`”””””`
                .–’ ‘)
               o( )_-\
                `”””` `

  89. 你好,谢谢你开发的圣诞插件。我想提点建议,在原来的基础上能否增加插件播放的日期限制(手动)。比如我想设置播放日期为12月24日至12月25日凌晨的话就可以在插件设置项里设置。 [握手]

  90. 柳兄又来麻烦你了。primer3的windows版本你应该用过吧,我看了半天也没搞懂怎么把设计出来的一对引物的信息保存成文件,它好像只能在cmd窗口里显示结果

  91. #〓§〓〓〓〓〓〓§〓〓〓〓〓〓§〓〓〓〓〓〓§〓#
      ↓       ↓       ↓      ↓
     ☆★☆   ☆★☆    ☆★☆   ☆★☆
    ☆ 新 ☆ ☆ 年 ☆  ☆ 快 ☆ ☆ 乐 ☆
     ☆★☆   ☆★☆    ☆★☆   ☆★☆
      ↓       ↓       ↓      ↓
      ※      ※      ※     ※

  92. 新的一年 新的面貌 “星网”在第一时间祝博主新的一年发大财 走红运 天天开心 永远幸福!博客越办越好O(∩_∩)O~

  93. 请问 生成的 Archivers目录下的内容 怎么添加到 Sitemap 中?

    用XML-Sitemap怎么设置?

    或者用什么插件可以完成? 主目录加Archivers目录的完整的Sitemap

    请发邮件给我谢谢!

  94. LC.兄你好啊,不好意思又来打扰你了:)我现在在做一个课题:“结直肠癌细胞凋亡过程中microRNA显著性靶向信号转导通路分析”。我们前期已经完成的工作是用生物芯片的方法,找出了在结直肠癌细胞凋亡过程中数量变化明显的miRNA,大约有80个左右。每个miRNA都对数百个靶基因或靶蛋白有作用,而每个靶基因或者靶蛋白又存在于数百个信号通路(pathway)之中,也就是说,miRNA通过对靶基因或靶蛋白的作用来影响信号通路。我们现在的工作就是,找到和这80个miRNA相关的信号通路,然后再取这些信号通路的交集,找到与“结直肠癌细胞凋亡过程”关系最密切的那个或者那几个靶基因或者靶蛋白。这其中可能还要涉及到每个靶基因或者靶蛋白的加权值算分问题。我们现在用到几个数据库,比如mirBase,TargetScan,KEGG,GO等。
    我不知道你有没有接触过用生物信息学方法分析信号通路这类的研究工作。我们现在的思路是自己建一个数据库,把所有需要的数据都整合装进来,但感觉这个工作量实在太大,而且没什么技术含量。我在想有没有方法可以避免自己建立数据库,来解决这个问题。比如我发现KEGG有自己的API函数,应该可以在外部直接调用数据库中资源。还有就是有没有相关的软件或者参考文献可以介绍一下呢?谢谢啦~
    最后祝新年愉快啊,不过可能有些晚了,呵呵~新的一年一切顺利哈~

    • 虽然我最近也在看KEEG,不过我是不懂信号通路的.. 其实弄个数据库也不错啊, 也是一篇论文了. [强] 你们研究得都很高深, 你学计算机的怎么会弄这个呢~ [疑问]

      • 算是我们信息学院和药学院的一个联合课题吧。。我也是真正意义上第一次接触“生物信息学”,有一个从感性认识到理性认识的过程吧,呵呵,还是遇到了一些困难。以后有什么问题我还会再向你请教的~你的博客我每天也都会关注学习的~ :)

  95. 您好!
    我想做Manhattan plot,下载了r 的gap包 总是有错误 提示说找不到对象ylim 后来发现应该是个bug。
    用associationviewer 也不成功
    我手头上有txt的数据 里面有snp id , position, p-value,chr
    请问如何画Manhattan plot
    拜谢!!

  96. 博主你好,你有没有分割fasta文件的perl脚本,我需要把一个fasta文件按两条序列一组分成若干个fasta文件,谢谢!

  97. Lc.兄啊,问一个简单的问题。。我在查询targetscan查询hsa-mir-144信息:http://www.targetscan.org/cgi-bin/targetscan/vert_50/targetscan.cgi?species=Human&gid=&mir_sc=&mir_c=&mir_nc=&mirg=hsa-mir-144其中的第三个基因“SLC12A2”,点开后可以看到它的基因GeneID:6558(显示在最左上角),那么有没有什么方法,比如bioperl,是否能让我输入基因名,直接返回基因ID呢?谢谢啦!

  98. 哈哈,居然看到生物信息学比较专业的站点啦!
    浏览了一下,感觉做的不错阿! [呲牙]
    希望做的更好,我以前也是想开个类似的网站的,只是一直没想好自己的盈利模式,就一直停留着。
    现在丁香园做Perl,PHP开发。有空多联系阿!

      • 系统刚才出现了一个小bug。我没有提交数据的时候,你们的服务器返回了结果。
        至少在客户端用js进行拦截下。比如:
        onclick=”return checkForm()”;
        客户端检测就停止了,这样服务器负载会小点。
        我这边的cookie应该没有清空吧。最好能检测到用户名,Email地址,网站,不用每次进行回复的时候重新输入。与用户交互会好点的

      • 你是个人进行维护的还是公司进行维护的啊?呵呵,你们在哪座城市?我在杭州,有空可以qq联系啊:706814758

        • 博客而已嘛.肯定是个人了. 没啥维护的…你讲的情况应该都有的.. 这个bug不知为什么能给你碰到而已.. cookie也是有记录的..
          少上Q.. 有空再加.. [抱拳]

  99. 柳城博客:
    你好,我想问一下,我已经有了某物种经过solexa测序后的文件,也用华大的soap进行了map,有了results。我的目的是找出该物种的miRNA,查了下文献,是要进行blast,把tRNA,mRNA等还有那些可能map到质粒或线粒体的序列给清除掉。那么该怎么用本地blast?最后能得到没有冗余的miRNA序列?
    谢谢,期待你的回复
    祝好

    • Hi, 具体我也没作过.. 所以也没办法提供大的帮助. 如果是做blast,那就是把tRNA,mRNA,质粒或线粒体的序列等放在一个文件当作blastdb. 至于本地blast的用法,上网搜搜都有了.
      然后要得到没有冗除的miRNA序列, 可以对本身进行blast.

  100. 你好,我是生物信息的初学者,我从NCBI中下载了HBV(乙肝病毒)的基因组序列,大概有上千条,现在我想除去数据中不同版本的同一序列、人工构建的序列、基因组片段、动物HBV基因组序列,然后再限制HBV基因组序列的长度。到底应该怎么操作呢? 有没有相关的软件?还是要靠编程呢?
    请教哦
    lily

  101. 我想请教,我格式化nr那个文件,怎么每次都是不行啊。。我用的版本是win32 2.2.22,麻烦帮我写下格式化的代码!多谢

  102. 呵呵,自己终于高明白了,能用了!多谢啦!在你博客上学会好多东西真高兴,哈哈!有什么好的基因组比较软件吗?能发一个吗? [抱拳]

  103. 经常来博主这取经,但是这次没找到答案,希望博主能赐教:
    小弟有一段1kb左右的序列,想在里面找出5bp以上的重复序列,这个该如何实现呢?
    也就是说,我想找出5bp或者更长的在我这段序列中重复出现的序列。
    谢谢博主答复!

    • 这不就是找ssr标记嘛。
      国产:SSRhunter
      perl: misa.pl
      google一下就知道咯
      在线:http://www.gramene.org/db/markers/ssrtool
      [抱拳]

      • 谢谢博主赐教,但是小弟想找的不是微卫星序列,只要是在我的序列中重复出现的5bp以上的都是目标。举个例子:如果agttcgta这样的序列重复出现了,就是我需要的……
        貌似比SSR标记要复杂一些吧!
        期待博主继续赐教!谢谢!

  104. 向老大请教下,我mega4 画进化树时 bootstrap值太低了,除了换运算模型外,不知道有没有什么办法,或是有哪些要点要注意的呢 [抱拳]

  105. 谢谢啦,最近正在学习引物设计啊什么的,从这里学到很到知识了,希望博客越来越好啊

  106. 偶也喜欢生物信息学,交换个链接吧:
    网站名称:基因屋|GeneHouse
    首页:http://www.genehouse.cn
    logo地址:http://bbs.genehouse.cn/images/logo.gif
    贵博链接已加之论坛首页。
    谢谢

  107. 佩服柳城啊!我在做生物信息学时在你这里学了好多~
    不过依然困难重重啊。我们老师说我做的不行,进化距离弄反了,做出来的绦虫在下面,人在上面,应该怎么办呢

  108. 非常非常感谢博主的博客,我是生物学初学者,在这里让我学到了很多很多知识。
    请教一个初级问题,望别见笑啊:就是基因序列blast比较时,会得出E值、分数及一致性等指标,但同源性百分数是怎样得出的呢?急!

    • 不知道你说的同源性,是不是指同源的意思. 我记得以前在看书的时候, 有看到”基因之间,要么同源,要么不同源,是没有同源性百分数这个东西的.”
      大概是这么个意思. 一般都会把”相似性或一致性”理解为同源性.
      我猜你所讲的同源性应该就是一致性..

      • 没想到这么快就得到博主的回复,太高兴了!
        比如有文献摘要中这样写“结果显示,OH99 株与O TY TW ö97 株的核苷酸同源性较高, 为91.14% , 而与O 1K、CH INA 99、A 12 等毒株的核苷酸同源性较低,其同源性分别为68.11%、71.10%、701.2%“,这里得出的同源性百分数就是DNAman中序列比较时得出的”一致性”百分数吗?

  109. 柳城你好:
    博客非常漂亮,用了你的百度插件,爽歪歪啊
    有个问题想咨询一下, wordpress有没有一个插件是这样

    我发表了一篇有关项目的文章,以后我要对这篇文章里面的事情做跟踪
    但是我不想重新写一篇或者重新编辑文章,而是利用这个插件直接添加内容,
    发表后可以直接显示在原来这篇文章的后面,相当于是把两篇文章并在了一起

    辛苦了

  110. 你好,能否推荐一个比较好的SEO插件? 类似ALL IN ONE SEO的。

    现在这类插件比较多,但大都有这样那样的问题。

  111. 柳城兄你好,
    我想查一下has-mir-21 的基因定位图,在Ensembl数据库就能查到,但我不知道怎么查;
    还有miR-21 的茎环结构序列在miRbase 数据库,都不知道怎么能查到,麻烦你能指点迷津??、??
    非常感谢啊

  112. 动物线粒体基因的结构图一般是用什么做的?不会是PS的吧?各基因之间的相对长度怎么把握?

  113. 动物线粒体基因组的结构图一般是用什么做的?不会是PS的吧?各基因之间的相对长度怎么把握?

  114. 博主,您好!
    小弟是一名本科大四学生,现在面临做毕业论文的问题,小弟想做生物信息学方向的,基础的知识掌握的还比较好,但是想不出什么好的方向,能不能麻烦楼主指点一下,最好是不用做实验的,只做分析的那种。谢谢了!

    半瓶醋

      • 我是想自己拿着题目去找导师,成功率大一些嘛……要不导师怎么愿意白白放走一个建库的劳动力呢?呵呵!博主能提供一两篇模板的文献也好呀!谢谢了!

  115. 兄弟,又要麻烦你了。
    不过我今天问的这个问题估计有普遍性。前段时间想向genebank提交的序列一直都没有提交,现在是没有办法了。
    我填好之后准备提交时,出现错误提示。提示如下:
    SEQ_DESCR BioSource Inconsistency Uncultured should also have /environmental_sample DESCRIPTOR:BioSrc:uncultured bacterium(CONTEXT 我的序列名称),there is an internal inconsistency with species fields in the BioSource。
    我猜测大意是物种信息不准确,但是不知道在哪里修改,请支招!
    非常感谢!!! [流泪]

    • 放个我的序列信息给你看看,哪里有问题?
      LOCUS 1-1(band_01).seq 438bp DNA linear Env 12-MAR-2010
      DEFINITION Uncultured bacterium isolate DGGE gel band C-Profile1-A1_1 16S ribosomal RNA gene, partial sequence.
      ACCESSION
      VERSION
      KEYWORDS
      SOURCE uncultured bacterium
      ORGANISM uncultured bacterium
      Bacteria;environmental samples.
      REFERENCE 1( bases 1 to 438)
      AUTHORS Long,X.-E.,Chen,C.-R. and He,J.-Z
      TITLE Bacterial community structure changes in two specific Cooloola soil profile…..
      下面省略了。

      • 少了environmental_sample 这个了吧. 需要提供这个的信息吧.
        还有一个是说什么有矛盾了. 我也不是太清楚

        下次有问题有到yunbio.com提问. [握手]

  116. 亲爱的柳城同学,为了更好地体现博客友情的价值,小站对链接全面改革,一视同仁移至内页,如果您觉得有不公平之处,也可以将我的链接移至内页甚至删除,谢谢理解~

  117. 你好,我上週下載了Keyword Link,啟用後一切都很正常,直到我試著import一個CSV檔案之後,就出現如下錯誤:
    Warning: krsort() expects parameter 1 to be array, string given in D:\Hosting\5015479\html\wp-content\plugins\rejected-wp-keyword-link-rejected\wp_keywordlink.php on line 575

    Warning: array_pop() [function.array-pop]: The argument should be an array in D:\Hosting\5015479\html\wp-content\plugins\rejected-wp-keyword-link-rejected\wp_keywordlink.php on line 592

    接著我也停用、移除、重新安裝了好幾次,但只要啓用插件後,上面的錯誤訊息又會跳出,實在是不知到該怎麼辦了,來這求助柳城同學,希望你能不吝指教 :)

    • 你导入的格式错误了吧. 也不知你是用哪个版本.
      你进数据库据这个的数据清理了,就没事了.
      wp_options里有个叫wp_keywordlink_option的.

      • 你好,感謝你的回復,我進數據庫但沒有wp_keywordlink_option這筆資料,我的CSV擋的確有可能出錯,因為當時我找不到CSV擋,只有一個叫做CSV(comma)的擋案類型,所以我還是選了也import了,之後就出現上面的錯誤訊息!我用的WP是2.9.2,keyword links則是下了最新版本。不知還有沒有其它辦法?拜託了,我真的很需要這個插件!

  118. 柳城,你的留言板是否有下载?我是WP初学者,找了好多,没找到合适的,要不然就是英文的,用起来困难~

  119. 柳城博主,你好!今天Google时偶然进入了你的博客,觉得受益良多,我现在读研一,很多东西都是刚刚接触,不太懂。老板让我做泛素ubiquitin(一种蛋白)基因多态性与临床一种疾病的关联。我需要找出编码这个蛋白的基因中的tgSNP的位点,就是什么rs序列,然后再设计引物复制标本(已提取)中的这段基因序列,再做分析。我现在就是不知道怎样才能利用hapmap查找这个tagSNP位点。因为直接键入ubiquitin似乎查不到我想要的东西。希望博主能不吝赐教,感激不尽了!谢谢!

      • 没有任何提示,先说我发言要注册,好,我就注册了,然后就说密码会邮件发给我,然后。。。就没有然后了。。。。注册了两次都这样。。。。 [衰]

        • 留言不需要注册的啊。 发问题才要注册。况且注册也不需要等邮件啊。 密码等由你直接填的了现在~~

          • 只要点击ask question就让我注册,不然只能到灌水区说话。。。。不是要发问题么?快速问答就是那个灌水区么? [晕]

  120. 您好 我是一个医学生 看了您的博客 就俩字 佩服 请问 您可不可以教教我 怎么用genbank 查基因序列吗 不胜感激 [可爱]

  121. 请教一下,我有1000条基因序列,只有序列,想在ncbi找到这个基因究竟是什么基因。但现在我没有ncbi的database,听说很大,确切也不知道有多大,因此没能做本地化blast。况且,比对后也只有比对的id,也没有确切的基因名称。有什么方法能快速找到基因名称呢?我现在在慢慢在线比对 [流泪] 谢谢你了

  122. 我用你百度插件,为什么静态地图什么都不实时更新,而是只收录被评价的文章,具体情况请看我博客底部的地图连接。

  123. 师兄,早上网站怎么回事?
    出现什么 a big cat wait for you?
    就没出现界面
    白纸上面一句话

  124. 师兄,批量下载点击批量提交GI号,页面空白,什么也没有,怎么回事?请师兄指教!

  125. 菜鸟问题:我安装百度sitemap后,怎么路径和谷歌sitemap路径一样?是不是覆盖了啊。老大教教我啊。。

    谷歌的 sitemap 文件的位置sitemap 文件的名字
    检查路径: /home/pcom/public_html/sitemap.xml
    检查地址: http://www.p125.com/sitemap.xml

    用liucheng的百度插件
    注意:一个站点只能有一个sitemap_baidu.xml文件。否则可能会被识别为作弊。学习更多

    检查 Html 静态页面:http://www.p125.com/sitemap.html

  126. o哦,有区别,一个是xml,一个是html,老大把我刚才的提的那个问提,删掉吧,多谢你的插件啊

  127. 师兄,救急,进化树文件中只显示GI号,我怎么设置MEGA从而使进化树文件中显示相应GI 号的序列详细注释信息??

  128. 你好。很感谢你的插件。可是用你的插件archivers
    我的那个http://www.canking.org/archivers/p233.html
    这个文件是可以打开的。。
    可是http://www.canking.org/archivers这个文件始终不显示为地图模式。。
    他直接跳转到了我的博客原版首页。。
    请问这个是怎么回事?
    能说一下嘛?
    我是不是少了什么步骤

  129. 额。那就暂时先不管了。就用那个百度的地图吧。
    谢谢了。
    你是个厉害的人。那个你的博客友情链接有要求吗?没有的话希望能链接。不行就算了。呵呵。

  130. 年后,听你说那个all in seo插件对百度收录有影响。请问一下这个Platinum SEO Pack 插件会有同样影响吗??我不太想手动设置关键字。。想用插件。请指点一下。谢谢了

  131. 那个我的archivers 插件的地图还是打开后不能生成地图,而是直接到了原来的首页。
    这个是怎么回事?
    你能把你的那个.htaccess给我传一份吗》??我想一定是这个问题。请大侠指点一把。
    QQ15557812
    邮箱itor@yahoo.cn
    希望能qq联系一下,谢谢了

  132. 博主你好 今年8月华大基因和美国国家进化综合中心会联合举办“系统发育学”培训班 不知道你有没有兴趣?

    讲师团队:系统发育信息学领域知名专家、学者亲自授课。
    Darin London — Perl
    William Piel — SQL and TreeBASE
    Rutger Vos — BioPerl, BioPhylo

    申请办法:
    (一)申请者具有如下条件者优先:
    1. 一定的系统生物学知识(最大简约法,最大似然法,贝叶斯推理)包括替代模式的理解邻接。
    2. 参加过MBL的分子进化研讨班或BMl的系统发生学研讨班或同等级别的研讨班的经验。
    3. 精通Perl编程
    4. 精通UNIX操作环境。
    (二)提交资料:
    申请者需提供个人简历、申请报告、培训目的。
    (三)申请时间:
    2010.04.05:截止递交申请表
    2010.04.15:公布成功申请人员名单
    2010.05.05:截止汇款
    2010.08.05:报道注册
    (四)培训费:
    全部课程培训费6800元,包含听课费、资料费、上机费、每日三餐。

    有兴趣的话 可以看看这个网址http://www.genomics.cn/edu.php?id=261

    • 以下是三位讲师的资料

      Darin London is a Lead Programmer at the Institute for Genome Sciences and Policy, Duke University Medical Center. He is involved with automating analyses for clinical trials, developing data sharing systems to facilitate collaborative research, and designing analysis pipelines. Previously he was a lead developer of the BioMart system at the European Bioinformatics Institute, and has also held a position with the Bioinformatics Unity at GlaxoSmithkline, Inc. He has a Masters of Biology from Texas Tech University.

      William Piel is Associate Director for Evolutionary Informatics at the Yale Peabody Museum. He has developed and managed TreeBASE, a database of phylogenetic knowledge, and is involved in various projects relating to phyloinformatics, such as pPOD, PhyloWidget, and PhyloDB. He is currently active in developing a new version of TreeBASE, mapping the evolution of wing patterns in butterflies, assembling a tree of all plants as an iPlant Grand Challenge, and developing new tree visualization tools for the Encyclopedia of Life. Piel has a Ph.D. in Organismic and Evolutionary Biology from Harvard University.

      Rutger Vos is a postdoctoral research fellow in Wayne Maddison’s lab at the University of British Columbia where he studies computational biology, phylogenetics, and evolution. He is the main developer for the Bio::Phylo and NeXML open source projects, and contributes to CIPRES, TreeBASE, and Mesquite. Rutger has taught programming, phylogenetic theory, and phylogenetic methods at the University of Amsterdam, Simon Fraser University, and the U.S. National Evolutionary Synthesis Center. Rutger received a Ph.D. from Simon Fraser University with a dissertation on big tree inference.

      分别来自杜克大学 耶鲁大学和不列颠哥伦比亚大学

      •   本次暑期班立足深圳,面向亚太地区招生,针对在校学生的技能型训练班。课程不仅提供理论指导,同时也为广大学员提供了亲自动手上机实践的机会,并由讲师团队提供全程技术支持。课程还特别邀请到了来自耶鲁大学的William Piel博士和英属哥伦比亚大学的Rutger Vos博士担任主讲师。两位博士同时也是Google Summer of Code 计划导师。[通过这项计划,Google在每年的5月到8月期间将会为全球任何地方的参与编写开放资源软件的学生提供5000美元补助。到目前为止Google已经资助了98个国家大约2500名学生。]我们鼓励有志于在2011年暑期为系统发育信息学编写开放代码的同学来到课程中与Dr. Piel和Dr. Vos探讨其研究方向。
          
          
          BGI同时也对报名学员提供资助,其需满足如下条件:
             1、中华人民共和国公民
             2、中国境内高校在读学生
             3、已填写报名表并通过审核
            补助标准:以有效报名时间(学员汇款日期)为序,第1~5个报名的学生将会获得3400元人民币的补助,第6~10个报名学生将会获得1700元人民币的补助。
            请得到补助确认资格的同学发送有效在读证明和导师推荐信发送至training@genomics.org.cn。

  133. 您好:
    我想请问一下我怎么注册这个网站啊?还想问一下我现在有gi|149338249|ref|NC_000068.6|NC_000068
    这样一组号,并且知道在基因组上的起始位点,该怎么获取该位点上下游500kp的序列呢?可不可以把答案发到我邮箱啊?谢谢!

  134. 博主你好!小弟不是第一次来这取经了,这次又遇上麻烦了,希望博主能赐教:
    1.做blast的时候,小弟遇到了一个有“Matrix”的选项,里面有:
    PAM 30
    PAM 70
    BLOSUM 80
    BLOSUM 62
    BLOSUM 45
    这几个选项,小弟不知道该如何选择。
    2.选择数据库的时候,小弟也不知道该选哪个,小弟用的核酸序列比对:
    masked assembly
    unmasked assembly
    Frozen gene catalog
    all gene model(transcripts)
    filtered gene model(transcripts)
    chromosome or scaffolds(transcripts)
    EST or Reagent seq
    期待博主的指导!谢谢!

    • 小弟提问的时候没有注意博主的告示,真是抱歉。
      但是小弟在生物云那个网站上没有办法注册,能不能麻烦楼主教导一下如何注册。

      • 为什么没有办法注册? 找到注册,在右下角。点一下。填一个用户名与密码就行了。
        这个也要教? [擦汗]

        • 填上了,可是没有注册的按钮,不知道该点哪个。要是点登陆的话,又说“无效用户名”……继续请教……

  135. 兄弟啊我的站的友情链接怎不在你首页显示啊?我访问你这里的时候还是挺频繁的啊?也留言了啊? [可爱]

  136. 你好,我用了你开发的地图插件,显示最新文章了,可就是不显示文章分类,我不知道怎么回事,谢谢了。。
    这是我的地图页面:http://chormer.tk/sitemap.html

  137. 你好,你那个Baidu Sitemap Generator,使用时需要勾选下面的什么选项,精华标准?文章分类?谢谢您了 [呲牙]

  138. 博主,你好
    我昨天在wordpress的后台添加了你的那个自动添加关键字链接的插件。使用没任何问题。
    但今天,我打算多导入2两条相应链接设置到链接列表(一个一个设置很麻烦),然后我是在editplus下编辑那个cvs文件然后导入的,保存时我不小心选择了ansi的编码,导入之后出现乱码。接着我打算修改,然后提示好多的错误。
    我是对程序是一窍不通,被吓着了。
    接着我删除了插件,再重新安装,但是激活后,wordpress出现如下两行提示代码:

    Warning: krsort() expects parameter 1 to be array, string given in /home/holdonin/public_html/wp-content/plugins/rejected-wp-keyword-link-rejected/wp_keywordlink.php on line 577

    Warning: array_pop() [function.array-pop]: The argument should be an array in /home/holdonin/public_html/wp-content/plugins/rejected-wp-keyword-link-rejected/wp_keywordlink.php on line 594

    而且激活之后,我的博客出现的全部是乱码!但是如果我停用插件之后,博客就恢复正常了。
    望解答,感激不尽!!! [擦汗]

    • 进入你的数据库。到wp_options里搜索,option_name里填写wp_keywordlinkoption搜索。

      把出来的结果删掉就正常的了。 如果导出还能用的话,就先导出备份吧。导入前再修改为正确的格式。

      下次更新时我再想想办法,把导入功能完善一些吧。 [抱拳]

  139. 博主好,请教您怎样在genbank上提交16s序列获得编号,麻烦您发到我的信箱,谢谢了!!

  140. [握手] 希望在txt文档里的序列名允许自定义,所自定义的内容可以通过什么符号或其它什么方式和原序列名分隔开,这样标识后的序列容易区分,方便使用。非常您的付出!

  141. 补充下,txt文档里的原序列名加上自定义内容是无法批量下载的,所以希望在原序列名加上自定义名称后还能支持批量下载,非常感谢!

  142. 你好,可否开发一个类似Advanced Wiki Links的插件?
    因为这个插件太好用了,只是在一些博客上貌似不能兼容~~
    这个插件可以实现安装文章标题、目录自动加链接
    比柳城的 wp keyword link强多了 呵呵

    我想如果这样的插件开发出来一定会大受欢迎。。。

      • 打错字了,是“按照文章标题”自动链接

        这个插件没有中文的,用着有点困难,我一个博客用得很好,另一个就不行,郁闷

  143. 没有骗你啊,在百度中site:www.mcc123.com什么都没有啊!在百度中输入:www.mcc123.com连首页也是没有啊,这样不是被K了吗?谷歌是正常的

  144. 看你这个柳城这个博客很久了,我自己是广西柳城的,看来你的应该是广东柳城的吧。只能说有缘了……

  145. 中文Entrez序列查询工具,http://liucheng.name/entrez/
    请问这个是自己实现的吗,我想用在我的设计里可以吗?

      • 你好,请问是调用的什么工具,可以说下是怎么调用的吗。我基础有些差,所以请教一下。 [抱拳]

          • 我刚接触不是很久,在技术上有所欠缺,关于http://liucheng.name/entrez/的实现,请问有没有代码可以作为参考资料来学习,还望不吝赐教 [抱拳] 。谢谢,邮箱mjsyc@126.com。

              • PHP也行,也能看懂。主要是学习一些方法,在有些方面看高手写的代码学习效果比较好,效率也高点。如果方便的话,就麻烦您了。

              • 大哥,可以把代码发我邮箱吗,你放心,我只是用于学习,没有别的用途,只是理论加实例学习起来比较有效果,拜托!学校要放假了,回家也不方便上网。先谢谢了!

  146. 厦门谷悦网络服务有限公司诚招SEO工程师二名!具体要求如下:
    1.精通网站推广,熟悉SEO搜索引擎优化原理,精通Google, Baidu和Yahoo等排名机制和优化原则。

    2.具有丰富的网络营销及SEO实践经验,并有针对三大引擎进行网站优化的相关业务技能和成功案例。

    3.正确分析指定网站在GOOGLE,yahoo,BAIDU等网站上排名靠前或靠后的原因;精通网站日志分析
    4.对PR值、网站流量、关键词密度、外链等相关词语有所熟悉。
    5.熟悉Javascript .PHP .ASP .NET .CSS至少一种,html精通.等页面语言
    6.熟悉网站设计和制作;

    7.一年以上网站策划、网页设计、模块架构设计开发经验,善于沟通,能够根据客户的需要进行网站设计。
    8、熟练运用DREAMWAVER、PHOTOSOP、FLASH。熟悉DIV+CSS布局、Javascript、HTML、css脚本语言开发等软件。
    联系电话:0592-3129688
    欢迎有志者加入,共创未来!
    http://www.go-seo.cn

  147. Sall4
    Sall1
    Zfp219
    Arid3b
    Wdr5
    Zfp462
    Sox2
    Mga
    Ubp1
    Nac1
    Hcfc1
    Hells
    Rbpj
    Tcfcp2l1
    Requiem
    Esrrb
    Pml
    Foxp4
    Ctbp2
    Dax1
    Zfp143
    Klf5
    我有这样一个gene id list,怎样用R语言或perl进行go注释,
    再用柱状图分类,谢谢回答

  148. WP Keyword Link用得很不错,感谢你的开发出这么好的插件,希望能够实现在文章中自动给文章标题添加链接的功能。比如,已经有一篇文章标题叫“博百优大赛”,在其它文章页面出现“博百优大赛”时,自动添加上链接。

      • 是否可以考虑在新版本中增加这项功能呢?相信会有一些童鞋需要这样的功能。如果不考虑在新版本中增加这项功能,是否可以耽搁你一些时间修改下WP Keyword Link代码以增加这项功能,然后通过xielaien#sina.com发给我呢?万分感谢!!

  149. 你好,我刚刚接触NCBI ,查了一个有关胰岛素的基因序列,NT_009237,有3576个碱基,和我一个同学查的相差太远了,它才1431个碱基,我想请高手帮忙检测一下看看,还有怎么从基因序列中分出内含子和外显子呢?还有知道全名查和知道简称查会有什么区别?这问题太重要了,谢谢

  150. 你好,我还有个问题:在NCBI中有genen数据库还有nucleotide数据库,但基因就是核酸啊,为什么要分开为两个数据库?我发现在查的时候有时候用简称是不可以的.并且结果不一样,如全称:procalcitonin和简称PCT查的基因序列就是不一样,一个在1号染色体一个在11号,在11号的还是我猜的,因为他的介绍和procalcitonin不一样。我问题有点白痴,还麻烦耐心分图降解一下,谢谢

  151. 问个问题。。很喜欢你的插件。你的内链和静态的那个我都用了 不过有一个问题。。就是前台生成的静态在你的TAG旁边有个简洁版的那个。鼠标放到上面提示的是 查看Lc.Archivers的 文章 能不能让Lc.Archivers 显示文章的标题呢??

  152. WP Keyword Link用着不错,但是如果能够增加自动把在post中出现的和文章标题一样字段加上链接的功能就更完美了,期待下一版本增加这项功能。

  153. 你好,我是刚接触分子这范畴,有多地不懂。 特别是刚刚接触才一个多星期,便要做一个珊瑚的分子分类实验。 我选择了cyt b 基因和D-loop基因,但是引物的问题我不知道该如何解决。 我已经查了很多文献,有同一个纲的一个物种的引物,不知道能不能用? 还有请问你能不能帮我查一下,发到我的邮箱:dajum777@21cn.com 比较急

  154. 你好~柳城博主!
    我用mega4构建的进化树好像有些问题,换了很多种model和方法得到的bootstrap值都有些特别小的值,有的甚至为0.问题究竟出在哪儿呢?烦请赐教啊~
    不胜感激!

  155. 博主啊,用了你的Archivers插件,发现一个问题。我在刚开始把静态页面的目录填的是“jingjian”后来想修改为其他目录,发现没法修改,删除掉插件之后重新安装还是无法修改,难道插件在数据库里留下了垃圾信息了么?我要修改HTML文件的目录,怎么办呀?

  156. 老大,麻烦你帮WP Keyword Link改成中文的好吧! 或者默认就中文支持了。

    实在不行也可以自己选择下语言才好。明明是中国人用的中文插件却用的英文。。。纠结啊

  157. Google搜索博百优你第三名呢。。。

    话说博百优是什么 。 谁去办的。 为什么叫这个名字
    有啥用啊

  158. [呲牙] [呲牙] [呲牙] [呲牙] [呲牙] :) :) :) [偷笑] [偷笑] [疑问] [疑问] [擦汗] [得意] [衰] [衰] [抱拳] [抱拳] [大兵] [囧] [吓] :( [鼓掌] [阴险] [酷] [鄙视]

  159. 你都把博百优优化到第一了,真是人才啊!
    不过我是来看生物信息学的。

  160. 老大,很喜欢你这个WP Keyword Link插件,有点小小的疑问,不知能否解答一下?就是我想简称,这个插件到底能支持添加多少关键词链接,还是说可以无限的添加?

  161. 我自己对网站不了解,因为自己有素材资源,所以才想做个素材网站;网站是2008年开始做的,在今年3月的时候因为有些人本艺术的素材,服务器给封了近50天,5月解封开始到现在,我们基本每天都坚持上传20条左右的素材,基本都是自己重新编辑的原创素材,可问题一直都没有办法解决:
    1、百度收录到是很快,问题是每天都只收录首页,其他内容基本都不收录
    2、流量一直上不去,恢复不了以前每天2000多IP

    还有一问题是,如果这个网站做整体优化方面,能不能指点一下 要怎么样来做?