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生物信息学作业(四):未知蛋白质序列的功能预测

一、 实验内容

已知一段蛋白质序列,请对其功能进行预测:

点击这里看这段蛋白的序列

1、检查其基本属性及跨膜螺旋

2、利用BLASTp程序检索高同源序列。并比较结果。 阅读更多

蛋白质功能确定的思路及方法

1. 通过相似序列的数据库比对确定功能

具有相似性序列的蛋白质具有相似的功能。因此,最可靠的确定蛋白质功能的方法是进行数据库的相似性搜索。需要明确的是,一个显著的匹配应至少有25%的相同序列和超过80个氨基酸的区段。对于不少种类的数据库搜索工具,快速搜索工具(如BLASTP)速度快,也很容易发现匹配良好的序列,一般就没必要运行更花时间的工具(如FASTA、BLITZ);但当BLASTP不能发现显著的匹配时,就需要使用那些搜索速度较慢但很灵敏的工具了。所以,一般的策略就是先进行BLASTP检索,如果不能得到相应的结果,就可以运行FASTA,如果FASTA也无法得到相应结果,最后就需要选用完全根据Smith-Waterman 算法设计的搜索程序,如 BLITZ。 阅读更多

蛋白质功能预测相关概念介绍

1. 重叠群(contig):
    基因组测序中将许多序列片段经过比对找到重叠区,从而连接成长片段,称重叠连续群,简称重叠群。

2. 序列模体(motif): 
    通常指蛋白序列中相邻或相近的一组具有保守性的残基,与蛋白质分子及家族的功能有关。 阅读更多