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BLAST 核酸/氨基酸序列相似性比较的工具

 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

  BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BLAST算法,您可以参考NCBI的BLAST Course ,该页有BLAST算法的介绍。 阅读更多

如何构建本地Blast?

BLAST一种是在线的(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi),一种是本地的(Local BLAST,单机版BLAST,Standalone BLAST)。
对于少量的序列,如果要在跟整个(或者某一物种)核酸或者蛋白库比对,一般采用在线BLAST,简单易用,直观,容易被人接受其;对于大量序列,或者是目前不方便公开的数据库,或者是自定义的数据库,一般采用本地BLAST,其效率高,能满足用户更多的要求,但操作相对有点繁琐; 阅读更多