用BioPerl解析blast的代码
用BioPerl解析blast的代码。相关的文章请看:Bioperl:使用和解析 BLAST
用法: perl blast.pl out.blast out.parser
out.blast是blast的结果文件。out.parser是解析后输出的结果保存文件。 阅读更多 →
用BioPerl解析blast的代码。相关的文章请看:Bioperl:使用和解析 BLAST
用法: perl blast.pl out.blast out.parser
out.blast是blast的结果文件。out.parser是解析后输出的结果保存文件。 阅读更多 →
其实BioPerl的功能很强大。但是用的人却不多。最根本的原因可能是,太多数人都还是新手,相对而言Perl很难懂,不懂Perl的人根本搞不懂BioPerl。而且BioPerl安装也很复杂。又不像Perl一样打包成一个安装包,一键安装。
到现在,我前前后后安装过BioPerl好几次,每次都觉得很复杂,很难懂。我又不是计算机专业出身的,真的是连最基本的计算机算法或原理都是不懂的。我学BioPerl的确感到吃力。所以,接触了BioPerl这么久,都只是用BioPerl从NCBI上拿序列。其它的功能还没真正接触。
接下来可能花些时间慢慢学习。首先先安装好Perl(http://www.perl.org/get.html) 阅读更多 →
在对序列进行读写操作的时候需要对序列进行格式化,不同格式之间的转换往往是非常复杂的过程,虽然这些是perl程序的长项,即模式匹配和字符操作,但在写一个较长的程序的时候怎样提供一个规范化的接口,不仅使得输入变得轻松,在不同输出要求的时候通过修改一两个参数完全适应不同的情况。
其实这样的接口很多,很多程序包例如emboss、cgc都有这样的功能,当然也可以在perl程序中调用,但bioperl提供的可能是最强大也是最简单的解决方案。 阅读更多 →