生物信息软件介绍
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Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍
/4 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城BlastN/MegaBlast/Discontiguous MegaBlast 的区别
/3 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法。
简单而言
BlastN : 应该是出现较早的算法。比对的速度慢,但允许更短序列的比对(如短到7个碱基的序列)。
MEGABLAST : 主要用来鉴定一段新的核酸序列,它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性,而只注重被比对序列是否是数据库未收录的,是否为新的提交序列或基因。 速度快。同一物种间的。
Discontiguous MEGABLAST : 灵敏度(sensitivity)更高,用于更精确的比对。主要用于跨物种之间的同源比对。 阅读更多 →
BLAST 核酸/氨基酸序列相似性比较的工具
/2 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城两个在线基因预测工具Glimmer和ORF Finder比较
/10 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城ORF Finder和Glimmer两个都是基因预测的NCBI在线工具:
ORF Finder的主页是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/gorf/,
Glimmer在线的主页是http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi
关于ORF Finder的详细介绍看:ORF Finder使用说明及基因预测
关于Glimmer的详细介绍看: 微生物基因组注释和基因预测工具:Glimmer 阅读更多 →
微生物基因组注释和基因预测工具:Glimmer
/3 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城简并引物的在线设计工具: GeneFisher
/5 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城GeneFisher提供一个在线的简并引物设计工具,基础是同源基因。目前的版本是2.0,加入了AJAX技术。
主页:http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/genefisher2/ 阅读更多 →