blast – 柳城

Blast的汇总，从入门到应用

2010年05月18日/48 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

Blast是真是非常常用的一个生物信息工具。只要是接触过序列的朋友，没玩过Blast，那好像是不大可能的。

Blast基本上也就是生物信息的入门工具。虽说是入门，但要真正学好，还是蛮复杂的。但是常用的，还是要了解一些的。

今天就来汇总一下，关于Blast的文章。包括Blast介绍。Blast的下载。本地Blast。与NCBI的Blast。

都是热门啊。阅读更多 →

2010年02月2日/19 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

批量做Blast的问题还是蛮多网友问起的。既然这样，在这里就稍微讲讲吧。其它的Blast基础知识就略过了，不懂的就去Google本地Blast用法。

这篇文章默认为你已有了Blast的基础。阅读更多 →

2010年02月2日/6 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

在前些日子，我已经发表过一篇文章，指出Blast较低版本的一个Bug，是非标准密码子的问题。有兴趣的请围观：http://liucheng.name/1109/

最近有一个同事，在使用Blast时又发现一个奇异的结果。如用下面的氨基酸序列做Blastp：阅读更多 →

2009年11月13日/20 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

NCBI系统维护，北京时间：2009/11/14 4:00AM ~ 11/15号 9:00AM

在这段时间期间，PubMed、Blast等服务将受到影响，出现间隔性地缓慢（如果出现NCBI上不了也是属于正常的）。

还有，像数据提交这类系统，如BankIt，GEO, SRA，PubChem等将会暂时停用。阅读更多 →

2009年11月3日/8 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。关于BLAST程序的详细介绍看： http://liucheng.name/1008/

在做BLAST序列比对的过程中，发现了一个比较奇异的问题。阅读更多 →

2009年09月25日/4 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST都是蛋白序列与蛋白序列之间的Blast比对。

Standard protein BLAST is designed for protein searches.

Blastp用于确定查询的氨基酸序列在蛋白数据库中找到相似的序列。跟其它的Blast程序一样，目的是要找到相似的区域。阅读更多 →

2009年09月25日/3 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法。

BlastN : 应该是出现较早的算法。比对的速度慢，但允许更短序列的比对（如短到7个碱基的序列）。

MEGABLAST : 主要用来鉴定一段新的核酸序列，它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性，而只注重被比对序列是否是数据库未收录的，是否为新的提交序列或基因。速度快。同一物种间的。

Discontiguous MEGABLAST : 灵敏度（sensitivity）更高，用于更精确的比对。主要用于跨物种之间的同源比对。阅读更多 →

2009年09月25日/2 评论/在：生物信息学 /通过：柳城

　BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。

　　BLAST 采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。如果您想进一步了解BLAST算法，您可以参考NCBI的BLAST Course ，该页有BLAST算法的介绍。阅读更多 →