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如何批量Blast
/19 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城批量做Blast的问题还是蛮多网友问起的。既然这样,在这里就稍微讲讲吧。其它的Blast基础知识就略过了,不懂的就去Google本地Blast用法。
这篇文章默认为你已有了Blast的基础。 阅读更多 →
Blast2.2.21版本的一个BUG
/6 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城Notice: NCBI系统维护
/20 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城发现低版本Blast程序的一个BUG与非标准密码子
/8 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。关于BLAST程序的详细介绍看: http://liucheng.name/1008/
在做BLAST序列比对的过程中,发现了一个比较奇异的问题。 阅读更多 →
Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST 的详细介绍
/4 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城BlastN/MegaBlast/Discontiguous MegaBlast 的区别
/3 评论/在: 生物信息学 /通过: 柳城三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN,就是核酸序列比对核酸序列的算法。
简单而言
BlastN : 应该是出现较早的算法。比对的速度慢,但允许更短序列的比对(如短到7个碱基的序列)。
MEGABLAST : 主要用来鉴定一段新的核酸序列,它并不注重比对各个碱基的不同和序列片断的同源性,而只注重被比对序列是否是数据库未收录的,是否为新的提交序列或基因。 速度快。同一物种间的。
Discontiguous MEGABLAST : 灵敏度(sensitivity)更高,用于更精确的比对。主要用于跨物种之间的同源比对。 阅读更多 →