用BioPerl解析blast的代码
用BioPerl解析blast的代码。相关的文章请看：Bioperl:使用和解析 BLAST
用法: perl blast.pl out.blast out.parser
out.blast是blast的结果文件。out.parser是解析后输出的结果保存文件。 阅读更多 →
文章
NCBI工具:BLAST 2 Sequences的用法
BLAST 2 Sequences，在很早前NCBI就有提供这种工具的了。最近在2008年底又重新改版了，改版后的功能更加强大。有许多非常实用，但你可能不是太清楚的功能。这里大概提一下，具体的详细用法，还是要靠你自己慢慢摸索。
功能介绍：
- 1，两个序列之间的比对（BLAST 2 Sequences），这是最初的功能
- 2，BLAST 多个序列。
- 3，BLAST 2 Sequences时，还能用点矩阵图（Dot Matrix）查看
- 4，BLAST 多个序列时，还能进一步做进化树分析。
构建Web页面的Blast(windows/linux)
准备1：Linux，下载blast。看最新版的blast下载，找到适合你的版本。假设安装在/usr/ncbi/blast/
准备2：php环境，运行一个例子看看。如果一切胜利。正常情况下，一般需要在你用户名（如zhenglc）下建个文件夹public_html，里面随便放个页面。内容可以是： 阅读更多 →
用Perl下载NCBI的Blast库（Blastdb）
有时你要构建本地的Blast，需要用到NCBI已经构建好的Blastdb。可以用FTP下载。这里NCBI还提供一个Perl程序来下载NCBI的blast库。
update_blastdb.pl – Download pre-formatted BLAST databases from NCBI。右键另存为 阅读更多 →
图文讲解如何用Blast验证引物-补充说明
介绍:
This search is similar to the standard protein-protein BLAST with the parameters set automatically to optimize for searching with short sequences.
Find primer binding sites or map short contiguous motifs
说明:
上一篇文章:图文讲解如何用Blast验证引物，应该是比较旧了。Blast界面改版后，现在的链接（Search for short, nearly exact matches）已经不在。没办法，NCBI经常更新的。 阅读更多 →
图文讲解如何用Blast验证引物
1、进入BLAST网页：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
2、点击Search for short, nearly exact matches 阅读更多 →