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如何构建本地Blast？

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BLAST一种是在线的(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)，一种是本地的(Local BLAST，单机版BLAST，Standalone BLAST)。
对于少量的序列，如果要在跟整个（或者某一物种）核酸或者蛋白库比对，一般采用在线BLAST，简单易用，直观，容易被人接受其；对于大量序列，或者是目前不方便公开的数据库，或者是自定义的数据库，一般采用本地BLAST，其效率高，能满足用户更多的要求，但操作相对有点繁琐； 阅读更多 →

NCBI在线blast数据库的简要说明

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Peptide Sequence Databases蛋白序列的数据库

nr
All non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF
所有非冗余的的GenBank CDS区的翻译序列 + 参考序列的蛋白 + PDB数据库 + SwissProt蛋白数据库 + PRF蛋白数据库 阅读更多 →

NCBI在线blast页面

NCBI在线Blast的图文说明

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BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。 阅读更多 →

Bioperl:使用和解析 BLAST

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转自:Perlchina.org

使用和解析 BLAST
在生物信息学中最流行的数据库搜索程序就是 BLAST 了，和前面获取序列数据的原则一样，也有两种方法可以让你使用BLAST：在 NCBI 等站点上运行它并得到返回结果，或者下载到本地运行。 阅读更多 →

本地blast下载

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Overview

The blast archives contain utilities that allow you to run searches on your own computer. The netblast archives contain a command-line network client that allows you to submit searches to NCBI. The wwwblast archives contain an example of a blast web server. Known bugs/workarounds may be found on the errata page. 阅读更多 →

本地blast的详细用法

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本地blast的详细使用方法

blastall -p blastn -i myRNA.fasta -d humanRNA.fasta -o myresult.blastout -a 2 -F F -T T -e 1e-10
解释如下：

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