Linux
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Linux下大文件的排序和去重复
Linux下我们用 sort 与 uniq 的命令来实现去重复行。
去重复行
简单的用法如下，如一个文件名：happybirthday.txt
cat happybirthday.txt (显示文件内容)
Happy Birthday to You!
Happy Birthday to You!
Happy Birthday Dear Tux!
Happy Birthday to You!
cat happybirthday.txt|sort （排序）
Happy Birthday Dear Tux!
Happy Birthday to You!
Happy Birthday to You!
Happy Birthday to You!
cat happybirthday.txt|sort|uniq (去重复行)
Happy Birthday Dear Tux!
Happy Birthday to You!
BioPerl安装指南:Unix/Linux/Windows下的安装
其实BioPerl的功能很强大。但是用的人却不多。最根本的原因可能是，太多数人都还是新手，相对而言Perl很难懂，不懂Perl的人根本搞不懂BioPerl。而且BioPerl安装也很复杂。又不像Perl一样打包成一个安装包，一键安装。
到现在，我前前后后安装过BioPerl好几次，每次都觉得很复杂，很难懂。我又不是计算机专业出身的，真的是连最基本的计算机算法或原理都是不懂的。我学BioPerl的确感到吃力。所以，接触了BioPerl这么久，都只是用BioPerl从NCBI上拿序列。其它的功能还没真正接触。
接下来可能花些时间慢慢学习。首先先安装好Perl（http://www.perl.org/get.html） 阅读更多 →
Cygwin在Windows上提供一个完整的UNIX shell
windows和linux各有其优越性，可以安装在同一台电脑上，装双系统要重启转换麻烦，安装虚拟机也需要配置很多东西。
cygwin是一个在windows平台上运行的unix模拟环境，是cygnus solutions公司开发的自由软件（该公司开发了很多好东西，著名的还有eCos，不过现已被Redhat收购）。
它对于学习unix/linux操作环境，或者从unix到windows的应用程序移植，或者进行某些特殊的开发工作，尤其是使用gnu工具集在windows上进行嵌入式系统开发，非常有用。随着嵌入式系统开发在国内日渐流行，越来越多的开发者对cygwin产生了兴趣。 阅读更多 →
linux:awk中的NR,FNR
关键词： NR,FNR
FNR表示当前文件的记录数 NR表示到此为止的记录数
对于单个 文件NR 和FNR 的 输出结果一样的 ： 阅读更多 →
linux:crontab命令用法
crond 是linux用来定期执行程序的命令。当安装完成操作系统之后，默认便会启动此任务调度命令。crond命令每分锺会定期检查是否有要执行的工作，如果有要执行的工作便会自动执行该工作。而linux任务调度的工作主要分为以下两类：
1、系统执行的工作：系统周期性所要执行的工作，如备份系统数据、清理缓存
2、个人执行的工作：某个用户定期要做的工作，例如每隔10分钟检查邮件服务器是否有新信，这些工作可由每个用户自行设置
如何用COBALT构建本地的多序列比对（Linux系统）
COBALT是一个蛋白的多序列比对工具，也用到RPS-BLAST, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具，并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。关于在线COBALT的用法看另一篇文章” COBALT：NCBI在线蛋白多序列比对（比ClustalW还强大的工具） ”。