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Blast的汇总，从入门到应用

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Blast是真是非常常用的一个生物信息工具。只要是接触过序列的朋友，没玩过Blast，那好像是不大可能的。

Blast基本上也就是生物信息的入门工具。虽说是入门，但要真正学好，还是蛮复杂的。但是常用的，还是要了解一些的。

今天就来汇总一下，关于Blast的文章。包括Blast介绍。Blast的下载。本地Blast。与NCBI的Blast。

都是热门啊。 阅读更多 →

tice: NCBI系统维护

Notice: NCBI系统维护

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NCBI系统维护，北京时间：2009/11/14  4:00AM ~ 11/15号 9:00AM

在这段时间期间，PubMed、Blast等服务将受到影响，出现间隔性地缓慢（如果出现NCBI上不了也是属于正常的）。

还有，像数据提交这类系统，如BankIt，GEO, SRA，PubChem等将会暂时停用。 阅读更多 →

NCBI首页（即将成为历史）

NCBI和PubMed改版

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这里所说的改版是首页版面的改版。截几张图。

NCBI简介

NCBI是美国国立卫生院建设的关于生物医学网站，提供文献、基因序列、蛋白序列等的功能性数据库，其Blast分析功能和PubMed文献为广大科研工作者提供了极大的方便。

详细：NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介

NCBI的首页正在准备改版。过不久，就会把新的放出来。看两张图对比一下。 阅读更多 →

Figure 1: Chromosome 4 record from the GRCh37 primary reference assembly

(译文)NCBI发布版本37的人类基因组序列

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原标题：The Genome Reference Consortium Human Genome Build 37 now Available。其中“The Genome Reference Consortium”，找了好久都找不到正确的翻译。按我的理解，可译为基因组参照序列联盟（The Genome Reference Consortium，简称GRC）。

 在2009年8月份，NCBI发布了版本37的人类基因组序列（build 37 of the human genome）。这个版本包含了由GRC提供的新测序的序列和新组装的序列。

 GRC联盟

 GRC联盟是由英国Wellcome Trust Sanger研究中心（the Wellcome Trust Sanger Center）、华盛顿大学基因组中心（The Washington University Genome Center）、欧洲生物信息研究所（the European Bioinformatics Institute）和美国国家生物技术信息中心（NCBI）联合组成。 阅读更多 →

酵母菌的txid=4932

NCBI查找基因序列:酵母菌的细胞色素C与异柠檬酸裂解酶

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又是一个NCBI查找基因序列的实例分析。虽然我已经写过很多篇了，不过，这方面的需求还是挺大的。其实只要去google一下，就能找到我以前写的文章，看一看就会了。

一般而言，大多数人的问题是：在NCBI上面总是出来太多结果，无法筛选。

这次的NCBI查找基因序列的例子

菌名：酵母菌 (yeast、Saccharomyces cerevisiae)
基因：细胞色素C (Cytochrome C)、异柠檬酸裂解酶  (isocitrate lyase)

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用Erwinia关键词搜索，数据库选择Taxonomy

NCBI查找基因实例 某个菌属下所有菌种的某个基因

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关于标题的说明

某个菌属下所有菌种的某个基因，这个标题有些拗口，先来解释一下。其实应该叫做：在NCBI查找 某个“属”下所有“种”的某个基因。

比方说 稻属：光稃稻、粳稻、阔叶稻、糯稻、籼稻等。这里的实例分析是用某个菌属做为例子的。

如：Erwinia （包括有一百多个菌种，中文名：欧文菌属/欧文氏菌属）。

        基因名关键词名：16s rDNA

再具体一点的题目就叫做，查找 Erwinia菌属下所有种的16s rDNA基因

这个方法扩大的“科”下的所有“种”也是同样有效的。我当然没试验，有兴趣的就去试试。 阅读更多 →

如何在NCBI批量下载GenBank序列

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GenBank的序列很多，有时我们需要批量下载。这里介绍几种办法，如何从NCBI批量下载GenBank序列。有不对的地方，欢迎指正。

批量下载前须知

批量下载前，我们必须先清楚，下载大量的数据，对服务器是一种非常大的挑战。对网络也是一种大的挑战。NCBI的数据都是免费提供下载的，所以你要清楚，尽量不要使用多线程的工具下载，因为你的IP有可能给封；不要太频繁的大批量下载，中间要有间隔（即使是几秒）； 阅读更多 →

PubMed使用指南之：如何获取PubMed全文？

PubMed使用指南

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PubMed简介

PubMed是美国国家医学图书馆 (NLM) 所属的国家生物技术信息中心 (NCBI) 开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。该系统通过网络途径免费提供包括MEDLINE在内的自1950年以来全世界70多个国家4300多种主要生物医学文献的书目索引和摘要，并提供部分免费和付费全文链接服务。

  • PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。
  • PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。
  • PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务，MEDLINE是一个拥有1亿字条以上的巨大数据库。
  • PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物 学数据，序列中心的数据等等。
  • PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。 阅读更多 →