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用Perl打印序列

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azalea用Python漂亮地打印序列：http://i.azpala.com/2010/07/15/print-sequence-beatifully-using-python/

我也用perl玩玩，不怎么漂亮的打印序列。

代码写得不咋得。 阅读更多 →

用perl匹配字符串并返回该匹配的位置

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这次讲讲perl里跟模式匹配或叫正则表达式有关的东西。

最近 ghxiao 童鞋常常问我用perl处理数据的问题。今天来分享一段代码吧。

比如说，给出一个序列文件，里面都是Fasta格式的序列。 然后序列里面有一些NNNNNN的连续字符。

问题就是要得出这些NNNN的一段字符在该序列的具体位置。（就是匹配某字符串） 阅读更多 →

Perl grep函数

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学习Perl语言编程中……

介绍:

grep (EXPR, LIST)

Perl grep函数从LIST中提取符合EXPR的值。grep函数是比较常用，也比较好用的一个函数。我在shell里是经常用grep的。Perl grep函数在标量环境中，返回为真的次数。在列表环境中，返回EXPR为真的元素的列表。 阅读更多 →

用Perl抓取网页和提交表格

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这里简单介绍一下用Perl来实现抓好取网页的源代码，以及用POST的方法来提交表格，并返回结果。难的讲不来，讲讲简单的。

这里讲到的Perl模块有：

use LWP::Simple;
use LWP::UserAgent;

用perldoc查看详细的用法。 阅读更多 →

Perl split函数

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学习Perl语言编程中……

介绍:

split /PATTERN/, EXPR
split /PATTERN/
split

Perl split函数扫描字符串中EXPR给出的分隔符，并把该字符串劈成一个子字符串列表。简单地意思就是把字符串，按照/PATTERN/里的分隔符来分隔，返回一个数组。/PATTERN/可以是分隔符（逗号空格等），也可以是正则表达式。 阅读更多 →

Perl处理Fasta序列的又一实例

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今天再来分享一小段Perl脚本，其实是比较简单的。主要是用来处理Fasta格式的序列。

网友niche Says:

你好，你有没有分割fasta文件的perl脚本，我需要把一个fasta文件按两条序列一组分成若干个fasta文件，谢谢！

如果不懂fasta文件，可以再看一下解释： 阅读更多 →

快速提取序列的Perl脚本

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是这么回事的，整理一下一些有用的提问。感谢大家的提问。

网友sun：

我从miRbase数据库下载到了,matrue.fa,即里面有测出来的物种的成熟miRNA,里面有human 我想用perl把human的提出来另外存到一个文件.这是其中人的一条的
>hsa-miR-96 MIMAT0000095 Homo sapiens miR-96
UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU
怎么把所有的都提出来.
ps:正则表达式不是这个$s=~/^>hsa/期待你的回信.

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