用Perl打印序列 2010年07月21日/61 评论/在: Biocompute /通过: 柳城azalea用Python漂亮地打印序列:http://i.azpala.com/2010/07/15/print-sequence-beatifully-using-python/ 我也用perl玩玩,不怎么漂亮的打印序列。 代码写得不咋得。 阅读更多 → http://liucheng.name/logo.gif 0 0 柳城 http://liucheng.name/logo.gif 柳城2010-07-21 10:04:392010-07-21 10:04:39用Perl打印序列
用perl统计一个六种类型的数据 2010年05月9日/28 评论/在: 数据分析 /通过: 柳城 rebecca 童鞋还是第一次问我数据处理的问题阿。其实我对这种问题是比较感兴趣的。 数据是这样子的。 阅读更多 → http://liucheng.name/logo.gif 0 0 柳城 http://liucheng.name/logo.gif 柳城2010-05-09 12:30:432010-05-09 10:40:16用perl统计一个六种类型的数据
用perl匹配字符串并返回该匹配的位置 2010年05月8日/22 评论/在: 数据分析 /通过: 柳城这次讲讲perl里跟模式匹配或叫正则表达式有关的东西。 最近 ghxiao 童鞋常常问我用perl处理数据的问题。今天来分享一段代码吧。 比如说,给出一个序列文件,里面都是Fasta格式的序列。 然后序列里面有一些NNNNNN的连续字符。 问题就是要得出这些NNNN的一段字符在该序列的具体位置。(就是匹配某字符串) 阅读更多 → http://liucheng.name/logo.gif 0 0 柳城 http://liucheng.name/logo.gif 柳城2010-05-08 12:30:522010-05-08 12:30:52用perl匹配字符串并返回该匹配的位置
Perl grep函数 2010年03月26日/5 评论/在: Biocompute /通过: 柳城学习Perl语言编程中…… 介绍: grep (EXPR, LIST) Perl grep函数从LIST中提取符合EXPR的值。grep函数是比较常用,也比较好用的一个函数。我在shell里是经常用grep的。Perl grep函数在标量环境中,返回为真的次数。在列表环境中,返回EXPR为真的元素的列表。 阅读更多 → http://liucheng.name/logo.gif 0 0 柳城 http://liucheng.name/logo.gif 柳城2010-03-26 12:21:462010-03-26 12:21:46Perl grep函数
用Perl抓取网页和提交表格 2010年02月25日/25 评论/在: 数据分析 /通过: 柳城这里简单介绍一下用Perl来实现抓好取网页的源代码,以及用POST的方法来提交表格,并返回结果。难的讲不来,讲讲简单的。 这里讲到的Perl模块有: use LWP::Simple; use LWP::UserAgent; 用perldoc查看详细的用法。 阅读更多 → http://liucheng.name/logo.gif 0 0 柳城 http://liucheng.name/logo.gif 柳城2010-02-25 14:20:242010-02-25 14:21:26用Perl抓取网页和提交表格
Perl split函数 2010年01月30日/33 评论/在: Biocompute /通过: 柳城学习Perl语言编程中…… 介绍: split /PATTERN/, EXPR split /PATTERN/ split Perl split函数扫描字符串中EXPR给出的分隔符,并把该字符串劈成一个子字符串列表。简单地意思就是把字符串,按照/PATTERN/里的分隔符来分隔,返回一个数组。/PATTERN/可以是分隔符(逗号空格等),也可以是正则表达式。 阅读更多 → http://liucheng.name/logo.gif 0 0 柳城 http://liucheng.name/logo.gif 柳城2010-01-30 13:22:562010-01-30 13:29:59Perl split函数
Perl处理Fasta序列的又一实例 2010年01月13日/25 评论/在: 数据分析 /通过: 柳城今天再来分享一小段Perl脚本,其实是比较简单的。主要是用来处理Fasta格式的序列。 网友niche Says: 你好,你有没有分割fasta文件的perl脚本,我需要把一个fasta文件按两条序列一组分成若干个fasta文件,谢谢! 如果不懂fasta文件,可以再看一下解释: 阅读更多 → http://liucheng.name/logo.gif 0 0 柳城 http://liucheng.name/logo.gif 柳城2010-01-13 09:41:122010-01-13 12:23:34Perl处理Fasta序列的又一实例
快速提取序列的Perl脚本 2010年01月4日/27 评论/在: Biocompute /通过: 柳城是这么回事的,整理一下一些有用的提问。感谢大家的提问。 网友sun: 我从miRbase数据库下载到了,matrue.fa,即里面有测出来的物种的成熟miRNA,里面有human 我想用perl把human的提出来另外存到一个文件.这是其中人的一条的 >hsa-miR-96 MIMAT0000095 Homo sapiens miR-96 UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU 怎么把所有的都提出来. ps:正则表达式不是这个$s=~/^>hsa/期待你的回信. 阅读更多 → http://liucheng.name/logo.gif 0 0 柳城 http://liucheng.name/logo.gif 柳城2010-01-04 14:05:172010-01-04 21:45:07快速提取序列的Perl脚本