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用Perl打印序列

azalea用Python漂亮地打印序列:http://i.azpala.com/2010/07/15/print-sequence-beatifully-using-python/

我也用perl玩玩,不怎么漂亮的打印序列。

代码写得不咋得。 阅读更多

用perl匹配字符串并返回该匹配的位置

这次讲讲perl里跟模式匹配或叫正则表达式有关的东西。

最近 ghxiao 童鞋常常问我用perl处理数据的问题。今天来分享一段代码吧。

比如说,给出一个序列文件,里面都是Fasta格式的序列。 然后序列里面有一些NNNNNN的连续字符。

问题就是要得出这些NNNN的一段字符在该序列的具体位置。(就是匹配某字符串) 阅读更多

Perl grep函数

学习Perl语言编程中……

介绍:

grep (EXPR, LIST)

Perl grep函数从LIST中提取符合EXPR的值。grep函数是比较常用,也比较好用的一个函数。我在shell里是经常用grep的。Perl grep函数在标量环境中,返回为真的次数。在列表环境中,返回EXPR为真的元素的列表。 阅读更多

用Perl抓取网页和提交表格

这里简单介绍一下用Perl来实现抓好取网页的源代码,以及用POST的方法来提交表格,并返回结果。难的讲不来,讲讲简单的。

这里讲到的Perl模块有:

use LWP::Simple;
use LWP::UserAgent;

perldoc查看详细的用法。 阅读更多

Perl split函数

学习Perl语言编程中……

介绍:

split /PATTERN/, EXPR
split /PATTERN/
split

Perl split函数扫描字符串中EXPR给出的分隔符,并把该字符串劈成一个子字符串列表。简单地意思就是把字符串,按照/PATTERN/里的分隔符来分隔,返回一个数组。/PATTERN/可以是分隔符(逗号空格等),也可以是正则表达式。 阅读更多

Perl处理Fasta序列的又一实例

今天再来分享一小段Perl脚本,其实是比较简单的。主要是用来处理Fasta格式的序列。

网友niche Says:

你好,你有没有分割fasta文件的perl脚本,我需要把一个fasta文件按两条序列一组分成若干个fasta文件,谢谢!

如果不懂fasta文件,可以再看一下解释阅读更多

快速提取序列的Perl脚本

是这么回事的,整理一下一些有用的提问。感谢大家的提问。

网友sun:

我从miRbase数据库下载到了,matrue.fa,即里面有测出来的物种的成熟miRNA,里面有human 我想用perl把human的提出来另外存到一个文件.这是其中人的一条的
>hsa-miR-96 MIMAT0000095 Homo sapiens miR-96
UUUGGCACUAGCACAUUUUUGCU
怎么把所有的都提出来.
ps:正则表达式不是这个$s=~/^>hsa/期待你的回信.

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