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Bioperl:使用和解析 BLAST

转自:Perlchina.org

使用和解析 BLAST
生物信息学中最流行的数据库搜索程序就是 BLAST 了,和前面获取序列数据的原则一样,也有两种方法可以让你使用BLAST:在 NCBI 等站点上运行它并得到返回结果,或者下载到本地运行。 阅读更多

Bioperl:获取序列数据

转自:PerlChina.org

有两种方法: 1, 使用 Bio::DB::GenBank (使用Web Interface获取序列数据,当需要获取大量数据的时候不建议使用,否则 ip 有可能被 ban) 2, 下载整个 NCBI 数据库到本地,使用 Bio::DB::Flat 对它建立 index。 阅读更多