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tice: NCBI系统维护

Notice: NCBI系统维护

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NCBI系统维护，北京时间：2009/11/14  4:00AM ~ 11/15号 9:00AM

在这段时间期间，PubMed、Blast等服务将受到影响，出现间隔性地缓慢（如果出现NCBI上不了也是属于正常的）。

还有，像数据提交这类系统，如BankIt，GEO, SRA，PubChem等将会暂时停用。 阅读更多 →

NCBI首页（即将成为历史）

NCBI和PubMed改版

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这里所说的改版是首页版面的改版。截几张图。

NCBI简介

NCBI是美国国立卫生院建设的关于生物医学网站，提供文献、基因序列、蛋白序列等的功能性数据库，其Blast分析功能和PubMed文献为广大科研工作者提供了极大的方便。

详细：NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介

NCBI的首页正在准备改版。过不久，就会把新的放出来。看两张图对比一下。 阅读更多 →

PubMed使用指南之：如何获取PubMed全文？

PubMed使用指南

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PubMed简介

PubMed是美国国家医学图书馆 (NLM) 所属的国家生物技术信息中心 (NCBI) 开发的因特网生物医学信息检索系统，位于美国国立卫生研究院（NIH）的平台上。该系统通过网络途径免费提供包括MEDLINE在内的自1950年以来全世界70多个国家4300多种主要生物医学文献的书目索引和摘要，并提供部分免费和付费全文链接服务。

  • PubMed是美国家医学图书馆(NLM)下属的国家生物技术信息中心(NCBI)开发的、基于WWW的查询系统。
  • PubMed是NCBI Entrez 数个数据库查询系统下中的一个。
  • PubMed 是提供免费的MEDLINE、PREMEDLINE与其他相关数据库接入服务，MEDLINE是一个拥有1亿字条以上的巨大数据库。
  • PubMed也包含着与提供期刊全文的出版商网址的链接，来自第三方的生物 学数据，序列中心的数据等等。
  • PubMed提供与综合分子生物学数据库的链接与接入服务，这个数据库归NCBI所有，其内容包括：DNA与蛋白质序列，基因图数据、3D蛋白构象，人类孟德尔遗传在线。 阅读更多 →

如何在NCBI实现大批量数据的一一对应

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有时我们手头会有一批数据，或者是只有大量的某些id。比方说：accession number、gi、geneid、symbol、go、unigene、pubmed、taxid等等。事实大部分数据库都会有提供一些专门的文件或工具来实现这些数据间大批量的一一对应。

先来讲讲NCBI的。

用FTP登陆ftp.ncbi.nih.gov（windows下可以直接打开或是用迅雷/Flastget等下载工具）。cd gene/DATA（windows下依次找到gene/DATA这个文件夹）。ls一下，里面的文件大概有: 阅读更多 →

用RSS订阅NCBI-PubMed文献

用RSS订阅NCBI-PubMed文献

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　　文献跟踪是少不了的，无论是某检索式的跟踪、某篇文章引文的跟踪，还是某个主题的跟踪等等。以往进行文献跟踪大多为邮件订阅，然而，利用RSS订阅会更加及时方便。
         RSS需要有阅读器才能使用，这样的阅读器很多，有在线阅读器（打开一个网址就可以），离线阅读器（安装软件），还有些浏览器中也有RSS阅读器的插件，目前来看，在线阅读器还是更好一些，我这里推荐google reader. 阅读更多 →