产生背景及简介

随着不同物种基因组测序的快速发展，产生了大量的DNA 序列信息，这时就需要一种简便而快速的统计分析工具来对这些数据进行有效的分析，以提取其中包含的大量信息。MEGA 就是基于这种需求开发的。MEGA 软件的目的就是提供一个以进化的角度从DNA 和蛋白序列中提取有用的信息的工具，并且，此软件可以免费下载使用。 Continue Reading

MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析。 MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。

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一、引言

开始动笔写这篇短文之前，我问自己，为什么要写这样的文章？写这样的文章有实际的意义吗？我希望能够解决什么样的问题？带着这样的疑惑，我随手在丁香园（DXY）上以关键字“进化 分析 求助”进行了搜索，居然有289篇相关的帖子（2006年9月12日）。而以关键字“进化分析”和“进化”为关键字搜索，分别找到2,733和7,724篇相关的帖子。考虑到有些帖子的内容与分子进化无关，这里我保守的估计，大约有 3,000~4,000篇帖子的内容，是关于分子进化的。粗略地归纳一下，我大致将提出的问题分为下述的几类： Continue Reading

COBALT is a multiple sequence alignment tool that finds a collection of pairwise constraints derived from conserved domain database, protein motif database, and sequence similarity, using RPS-Blast, BLASTP, and PHI-BLAST.
Pairwise constraints are then incorporated into a progressive multiple alignment.

COBALT是一个蛋白的多序列比对工具，其实用法跟ClustalW是很像的。算法应该是不一样的。在我看来，COBALT是应该更加精确的。因为COBALT在多序列比对的同时，也用到RPS-BLAST, BLASTP, 和PHI-BLAST等工具，并且也用到了conserved domain database (CDD) 和PROSITE protein-motif database来保证COBALT比对结果的质量。最后比对的结果可以生成系统进化树。COBALT算是NCBI在线Blast功能的一个的延伸。 Continue Reading